Incorporation of NeuroLF and Bruker PET/MRI 3T

configs/config_test_wholebody_reference.yaml

@@ -0,0 +1,22 @@
+defaults:
+  - params: test_wholebody_reference
+interactive_mode: 0
+dir_stir: ${root_path:root}/include/STIR/install
+dir_simset: ${root_path:root}/include/SimSET/2.9.2
+matlab_mcr_path: ""
+spm_path: ""
+dir_data_path: ${root_path:root}/Data/Subjets
+dir_results_path: ${root_path:root}/Data/Results
+dir_stir_sino_corrections: ${root_path:root}/Normalization_sino_correction_Bruker_PET-MRI
+stratification: "true"
+forced_detection: "true"
+forced_non_absortion: "true"
+acceptance_angle: 90.0
+positron_range: "true"
+isotope: "f18"
+non_colinearity: "true"
+minimum_energy: 350.0
+weight_window_ratio: 1.0
+point_source_voxels: "false"
+coherent_scatter_object: "false"
+coherent_scatter_detector: "false"

configs/params/scanner/Bruker_PET_MRI_scanner.yaml

@@ -0,0 +1,39 @@
+scanner_name: "Bruker_PET_MRI_scanner"
+simset_material: 29 
+average_doi: 0.84
+scanner_radius: 5.25                         
+num_rings: 100                                                  
+axial_fov: 15
+z_crystal_size: 0.1497                                   
+transaxial_crystal_size: 0.241             
+crystal_thickness: 1 
+energy_resolution: 17 
+num_aa_bins: 68                       
+num_td_bins: 136     
+min_energy_window: 409    #20% 
+max_energy_window: 613 
+coincidence_window: 5    #5 
+numberOfSubsets: 1 
+numberOfIterations: 48   
+savingInterval: 16
+analytical_att_correction: 0
+stir_recons_att_corr: 1   
+analytic_scatt_corr_factor: 0.15
+stir_scatt_corr_smoothing: 0
+stir_scatt_simulation: 0
+analytic_randoms_corr_factor: 0.2
+stir_randoms_corr_smoothing: 0
+recons_type: "OSEM3D"
+inter_iteration_filter: 1 
+subiteration_interval: 48
+x_dir_filter_FWHM: 0.7
+y_dir_filter_FWHM: 1 
+z_dir_filter_FWHM: 0 
+psf_value: 0                       
+add_noise: 0                       
+max_segment: 99                         
+zoomFactor: 1.0294                   
+xyOutputSize: 120                  
+zOutputSize:  200   #200                  
+zOutputVoxelSize: 3.27           
+

configs/params/scanner/Neuro_LF/NeuroLF_BPET.yaml

@@ -0,0 +1,38 @@
+scanner_name: "NeuroLF_BPET"
+simset_material: 29
+average_doi: 0.84
+scanner_radius: 13.4
+num_rings: 48
+axial_fov: 16.318
+z_crystal_size: 0.319
+transaxial_crystal_size: 0.319
+crystal_thickness: 1
+energy_resolution: 14
+num_aa_bins: 128
+num_td_bins: 256
+min_energy_window: 425
+max_energy_window: 650
+coincidence_window: 8    #5 #falta por revisar
+numberOfSubsets: 8
+numberOfIterations: 128   #48
+savingInterval: 2      #8
+analytical_att_correction: 0        #falta por revisar
+stir_recons_att_corr: 1             #1 esta corrigiendo por attenuacion; 0 no esta corrigiendo 
+analytic_scatt_corr_factor: 0.15    #falta por revisar
+stir_scatt_corr_smoothing: 0        #falta por revisar
+stir_scatt_simulation: 0            #falta por revisar
+analytic_randoms_corr_factor: 0.2   #falta por revisar
+stir_randoms_corr_smoothing: 0      #falta por revisar
+recons_type: "OSEM3D"
+inter_iteration_filter: 1           #1 se está filtrando
+subiteration_interval: 4
+x_dir_filter_FWHM: 1.30            #valor inicial 1.5  #rango aceptable 1.20 a 1.45
+y_dir_filter_FWHM: 1.30            #valor inicial 1.5 #rango aceptable 1.20 a 1.45
+z_dir_filter_FWHM: 0.50               #valor inicial 1.5
+psf_value: 0
+add_noise: 0
+max_segment: 47
+zoomFactor: 1.264
+xyOutputSize: 325
+zOutputSize: 96
+zOutputVoxelSize: 1.64 #No hace nada

configs/params/scanner/Neuro_LF/NeuroLF_scanner_10mm.yaml

@@ -0,0 +1,38 @@
+scanner_name: "NeuroLF_BPET_claudia_scanner_10mm"
+simset_material: 29
+average_doi: 0.285    #0.285 # 0.6  
+scanner_radius: 13.4
+num_rings: 48
+axial_fov: 16.318
+z_crystal_size: 0.319
+transaxial_crystal_size: 0.319
+crystal_thickness: 1                    #*modif de 1 
+energy_resolution: 14                   #revizar por que nosotros entramos un valor y reporta otro en stir_sinogram.hs :Energy_resolution := 0.0273972602739726
+num_aa_bins: 128
+num_td_bins: 256
+min_energy_window: 425
+max_energy_window: 650
+coincidence_window: 5
+numberOfSubsets: 8  
+numberOfIterations: 48 
+savingInterval: 16 
+analytical_att_correction: 0            #1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si stir_recons_att_corr: 1 entonces analytical_att_correction debe ser 0  
+stir_recons_att_corr: 1                 # mas novedoso #1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si analytical_att_correction:1 entonces stir_recons_att_corr debe ser 0
+analytic_scatt_corr_factor: 0.15        #falta por revisar
+stir_scatt_corr_smoothing: 0            #falta por revisar
+stir_scatt_simulation: 0                #falta por revisar
+analytic_randoms_corr_factor: 0.2       #falta por revisar
+stir_randoms_corr_smoothing: 0          #falta por revisar
+recons_type: "OSEM3D"                   #OSEM3D
+inter_iteration_filter: 1               #1 se está filtrando
+subiteration_interval: 4
+x_dir_filter_FWHM: 1.45                 #    1.30            #valor inicial 1.5  #rango aceptable 1.20 a 1.45
+y_dir_filter_FWHM: 1.45                 #    1.30            #valor inicial 1.5 #rango aceptable 1.20 a 1.45
+z_dir_filter_FWHM: 0.60                 #    0.5               #valor inicial 1.5
+psf_value: 0 
+add_noise: 0
+max_segment: 47                         #47 3D   #1 PARA 2D
+zoomFactor: 1.264                       #1.264
+xyOutputSize: 325
+zOutputSize: 96
+zOutputVoxelSize: 1.64                  #No hace nada

configs/params/scanner/Neuro_LF/NeuroLF_scanner_20mm.yaml

@@ -0,0 +1,38 @@
+scanner_name: "NeuroLF_BPET_claudia_scanner_20mm"
+simset_material: 29
+average_doi: 0.285    #0.285 # 0.6  
+scanner_radius: 13.4
+num_rings: 48
+axial_fov: 16.318
+z_crystal_size: 0.319
+transaxial_crystal_size: 0.319
+crystal_thickness: 2                    #*modif de 1 
+energy_resolution: 14                   #revizar por que nosotros entramos un valor y reporta otro en stir_sinogram.hs :Energy_resolution := 0.0273972602739726
+num_aa_bins: 128
+num_td_bins: 256
+min_energy_window: 425
+max_energy_window: 650
+coincidence_window: 5
+numberOfSubsets: 8  
+numberOfIterations: 48 
+savingInterval: 16 
+analytical_att_correction: 0            #1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si stir_recons_att_corr: 1 entonces analytical_att_correction debe ser 0  
+stir_recons_att_corr: 1                 # mas novedoso #1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si analytical_att_correction:1 entonces stir_recons_att_corr debe ser 0
+analytic_scatt_corr_factor: 0.15        #falta por revisar
+stir_scatt_corr_smoothing: 0            #falta por revisar
+stir_scatt_simulation: 0                #falta por revisar
+analytic_randoms_corr_factor: 0.2       #falta por revisar
+stir_randoms_corr_smoothing: 0          #falta por revisar
+recons_type: "OSEM3D"                   #OSEM3D
+inter_iteration_filter: 1               #1 se está filtrando
+subiteration_interval: 4
+x_dir_filter_FWHM: 1.45                 #    1.30            #valor inicial 1.5  #rango aceptable 1.20 a 1.45
+y_dir_filter_FWHM: 1.45                 #    1.30            #valor inicial 1.5 #rango aceptable 1.20 a 1.45
+z_dir_filter_FWHM: 0.60                 #    0.5               #valor inicial 1.5
+psf_value: 0 
+add_noise: 0
+max_segment: 47                         #47 3D   #1 PARA 2D
+zoomFactor: 1.264                       #1.264
+xyOutputSize: 325
+zOutputSize: 96
+zOutputVoxelSize: 1.64                  #No hace nada

configs/params/scanner/Neuro_LF/NeuroLF_scanner_25mm.yaml

@@ -0,0 +1,38 @@
+scanner_name: "NeuroLF_BPET_claudia_scanner_25mm"
+simset_material: 29
+average_doi: 0.285    #0.285 # 0.6  
+scanner_radius: 13.4
+num_rings: 48
+axial_fov: 16.318
+z_crystal_size: 0.319
+transaxial_crystal_size: 0.319
+crystal_thickness: 2.5 #*modif de 1 
+energy_resolution: 14                   #revizar por que nosotros entramos un valor y reporta otro en stir_sinogram.hs :Energy_resolution := 0.0273972602739726
+num_aa_bins: 128
+num_td_bins: 256
+min_energy_window: 425
+max_energy_window: 650
+coincidence_window: 5
+numberOfSubsets: 8  
+numberOfIterations: 48 
+savingInterval: 16 
+analytical_att_correction: 0            #1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si stir_recons_att_corr: 1 entonces analytical_att_correction debe ser 0  
+stir_recons_att_corr: 1                 # mas novedoso #1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si analytical_att_correction:1 entonces stir_recons_att_corr debe ser 0
+analytic_scatt_corr_factor: 0.15        #falta por revisar
+stir_scatt_corr_smoothing: 0            #falta por revisar
+stir_scatt_simulation: 0                #falta por revisar
+analytic_randoms_corr_factor: 0.2       #falta por revisar
+stir_randoms_corr_smoothing: 0          #falta por revisar
+recons_type: "OSEM3D"                   #OSEM3D
+inter_iteration_filter: 1               #1 se está filtrando
+subiteration_interval: 4
+x_dir_filter_FWHM: 1.45                 #    1.30            #valor inicial 1.5  #rango aceptable 1.20 a 1.45
+y_dir_filter_FWHM: 1.45                 #    1.30            #valor inicial 1.5 #rango aceptable 1.20 a 1.45
+z_dir_filter_FWHM: 0.60                 #    0.5               #valor inicial 1.5
+psf_value: 0 
+add_noise: 0
+max_segment: 47                         #47 3D   #1 PARA 2D
+zoomFactor: 1.264                       #1.264
+xyOutputSize: 325
+zOutputSize: 96
+zOutputVoxelSize: 1.64                  #No hace nada

configs/params/scanner/Neuro_LF/NeuroLF_scanner_30mm.yaml

@@ -0,0 +1,38 @@
+scanner_name: "NeuroLF_scanner_30mm"
+simset_material: 29
+average_doi: 0.285   #0.285 # 0.6  
+scanner_radius: 13.4
+num_rings: 48
+axial_fov: 16.318
+z_crystal_size: 0.319
+transaxial_crystal_size: 0.319
+crystal_thickness: 3                         #*modif de 1 
+energy_resolution: 14                        #revizar por que nosotros entramos un valor y reporta otro en stir_sinogram.hs :Energy_resolution := 0.0273972602739726
+num_aa_bins: 128
+num_td_bins: 256
+min_energy_window: 425
+max_energy_window: 650
+coincidence_window: 5
+numberOfSubsets: 8  
+numberOfIterations: 48 
+savingInterval: 16 
+analytical_att_correction: 0                #1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si stir_recons_att_corr: 1 entonces analytical_att_correction debe ser 0  
+stir_recons_att_corr: 1                     # mas novedoso #1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si analytical_att_correction:1 entonces stir_recons_att_corr debe ser 0
+analytic_scatt_corr_factor: 0.15            #falta por revisar
+stir_scatt_corr_smoothing: 0                #falta por revisar
+stir_scatt_simulation: 0                    #falta por revisar
+analytic_randoms_corr_factor: 0.2           #falta por revisar
+stir_randoms_corr_smoothing: 0              #falta por revisar
+recons_type: "FBP2D"                       #OSEM3D
+inter_iteration_filter: 1                   #1 se está filtrando
+subiteration_interval: 4
+x_dir_filter_FWHM: 1.45                     #    1.30            #valor inicial 1.5  #rango aceptable 1.20 a 1.45
+y_dir_filter_FWHM: 1.45                     #    1.30            #valor inicial 1.5 #rango aceptable 1.20 a 1.45
+z_dir_filter_FWHM: 0.60                     #    0.5               #valor inicial 1.5
+psf_value: 0 
+add_noise: 0
+max_segment: 47                             #47 3D   #1 PARA 2D
+zoomFactor: 1.264                           #1.264
+xyOutputSize: 325
+zOutputSize: 96
+zOutputVoxelSize: 1.64                      #No hace nada

configs/params/scanner/Neuro_LF/NeuroLF_scanner_3mm_crystal_thickness.yaml

@@ -0,0 +1,38 @@
+scanner_name: "NeuroLF_BPET_claudia_scanner_3mm_crystal_thickness"
+simset_material: 29
+average_doi: 0.285  
+scanner_radius: 13.4
+num_rings: 48
+axial_fov: 16.318
+z_crystal_size: 0.319
+transaxial_crystal_size: 0.319
+crystal_thickness: 0.3 
+energy_resolution: 14 #revizar por que nosotros entramos un valor y reporta otro en stir_sinogram.hs :Energy_resolution := 0.0273972602739726
+num_aa_bins: 128
+num_td_bins: 256
+min_energy_window: 425
+max_energy_window: 650
+coincidence_window: 5
+numberOfSubsets: 8  
+numberOfIterations: 48 
+savingInterval: 16 
+analytical_att_correction: 0         #1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si stir_recons_att_corr: 1 entonces analytical_att_correction debe ser 0  
+stir_recons_att_corr: 1 #1              # mas novedoso #1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si analytical_att_correction:1 entonces stir_recons_att_corr debe ser 0
+analytic_scatt_corr_factor: 0.15    #falta por revisar
+stir_scatt_corr_smoothing: 0        #falta por revisar
+stir_scatt_simulation: 0            #falta por revisar
+analytic_randoms_corr_factor: 0.2   #falta por revisar
+stir_randoms_corr_smoothing: 0      #falta por revisar
+recons_type: "OSEM3D"  #OSEM3D
+inter_iteration_filter: 1           #1 se está filtrando
+subiteration_interval: 4
+x_dir_filter_FWHM: 1.45 #    1.30            #valor inicial 1.5  #rango aceptable 1.20 a 1.45
+y_dir_filter_FWHM: 1.45 #    1.30            #valor inicial 1.5 #rango aceptable 1.20 a 1.45
+z_dir_filter_FWHM: 0.60 #    0.5               #valor inicial 1.5
+psf_value: 0 
+add_noise: 0
+max_segment: 47  #47 3D   #1 PARA 2D
+zoomFactor: 1   #1.264
+xyOutputSize: 260   #325
+zOutputSize: 96
+zOutputVoxelSize: 1.64 #No hace nada

configs/params/scanner/Neuro_LF/NeuroLF_scanner_8bloques_axial_FOV.yaml

@@ -0,0 +1,38 @@
+scanner_name: "NeuroLF_scanner_8bloques_axial_FOV"
+simset_material: 29
+average_doi: 0.285  
+scanner_radius: 13.4
+num_rings: 64
+axial_fov: 20.5
+z_crystal_size: 0.319
+transaxial_crystal_size: 0.319
+crystal_thickness: 1 
+energy_resolution: 14 #revizar por que nosotros entramos un valor y reporta otro en stir_sinogram.hs :Energy_resolution := 0.0273972602739726
+num_aa_bins: 128
+num_td_bins: 256
+min_energy_window: 425
+max_energy_window: 650
+coincidence_window: 5
+numberOfSubsets: 8  
+numberOfIterations: 48 
+savingInterval: 16 
+analytical_att_correction: 0         #1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si stir_recons_att_corr: 1 entonces analytical_att_correction debe ser 0  
+stir_recons_att_corr: 1               # mas novedoso #1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si analytical_att_correction:1 entonces stir_recons_att_corr debe ser 0
+analytic_scatt_corr_factor: 0.15    #falta por revisar
+stir_scatt_corr_smoothing: 0        #falta por revisar
+stir_scatt_simulation: 0            #falta por revisar
+analytic_randoms_corr_factor: 0.2   #falta por revisar
+stir_randoms_corr_smoothing: 0      #falta por revisar
+recons_type: "OSEM3D"  #OSEM3D
+inter_iteration_filter: 1           #1 se está filtrando
+subiteration_interval: 4
+x_dir_filter_FWHM: 1.45 #    1.30            #valor inicial 1.5  #rango aceptable 1.20 a 1.45
+y_dir_filter_FWHM: 1.45 #    1.30            #valor inicial 1.5 #rango aceptable 1.20 a 1.45
+z_dir_filter_FWHM: 0.60 #    0.5               #valor inicial 1.5
+psf_value: 0 
+add_noise: 0
+max_segment: 63  #47 3D   #1 PARA 2D
+zoomFactor: 1.264   #1.264
+xyOutputSize: 325
+zOutputSize: 100
+zOutputVoxelSize: 1.64 #No hace nada

configs/params/scanner/Neuro_LF/NeuroLF_scanner_cristal_2mm.yaml

@@ -0,0 +1,38 @@
+scanner_name: "NeuroLF_BPET_claudia_scanner_cristal_2mm"
+simset_material: 29
+average_doi: 0.285  
+scanner_radius: 13.4
+num_rings: 76
+axial_fov: 16.318
+z_crystal_size: 0.2              
+transaxial_crystal_size: 0.2     
+crystal_thickness: 2.5 
+energy_resolution: 14                          #revizar por que nosotros entramos un valor y reporta otro en stir_sinogram.hs :Energy_resolution := 0.0273972602739726
+num_aa_bins: 128                               #128
+num_td_bins: 360                               #256
+bin_energy_window: 425
+max_energy_window: 650
+coincidence_window: 5
+numberOfSubsets: 8  
+numberOfIterations: 48 
+savingInterval: 16 
+analytical_att_correction: 0                   #1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si stir_recons_att_corr: 1 entonces analytical_att_correction debe ser 0  
+stir_recons_att_corr: 1 #1                     #mas novedoso,1 esta corrigiendo por atenuación; 0 no esta corrigiendo. Si analytical_att_correction:1 entonces stir_recons_att_corr debe ser 0
+analytic_scatt_corr_factor: 0.15               #falta por revisar
+stir_scatt_corr_smoothing: 0                   #falta por revisar
+stir_scatt_simulation: 0                       #falta por revisar
+analytic_randoms_corr_factor: 0.2              #falta por revisar
+stir_randoms_corr_smoothing: 0                 #falta por revisar
+recons_type: "OSEM3D"                          #OSEM3D
+inter_iteration_filter: 1                      #1 se está filtrando
+subiteration_interval: 4
+x_dir_filter_FWHM: 1.45                        #    1.30            #valor inicial 1.5  #rango aceptable 1.20 a 1.45
+y_dir_filter_FWHM: 1.45                        #    1.30            #valor inicial 1.5 #rango aceptable 1.20 a 1.45
+z_dir_filter_FWHM: 0.60                        #    0.5               #valor inicial 1.5
+psf_value: 0 
+add_noise: 0
+max_segment: 75                                # 75 3D   #1 PARA 2D
+zoomFactor: 1.37                              #1.264
+xyOutputSize: 498
+zOutputSize: 152                               #96
+zOutputVoxelSize: 1.64                         #No hace nada