Stop R CMD CHECK from rebuilding markdown vignettes

[Copilot]

R CMD CHECK was failing because vignette installation tried to re-render .Rmd files and expected HTML/PDF outputs, while this repo tracks pre-rendered markdown vignettes (github_document). This change switches package metadata to treat vignette markdown as precompiled docs instead of knitr build targets.

• Problem alignment

  • Remove knitr vignette build declaration so check/install no longer attempts .Rmd rebuild for vignettes that intentionally output .md.

• Changes

  • DESCRIPTION
    • Removed VignetteBuilder: knitr.
  • Workflow state
    • Kept R-CMD-check workflow without a --no-build-vignettes args override (reverted/original behavior).

• Resulting behavior

  • vignettes/*.md are treated as checked-in documentation artifacts, avoiding install-time vignette recompilation expectations for HTML/PDF.

# DESCRIPTION
-VignetteBuilder: knitr

Original prompt

Use pre-compiled markdown vignettes without knitr rebuilding.

Problem

The R-CMD-check workflow fails because R CMD CHECK attempts to re-compile .Rmd vignettes during package installation. The vignettes use output: github_document format which generates .md files, but R CMD CHECK expects .html or .pdf output. The --no-build-vignettes flag doesn't work because the vignette compilation happens during package installation, not during the check phase.

Solution

Remove the VignetteBuilder: knitr entry from DESCRIPTION file. This tells R that:

1. There are no vignettes that need to be built by knitr
2. The .md files in vignettes/ are pre-compiled documentation, not build artifacts
3. R CMD CHECK won't attempt to re-compile them

This approach:

• ✅ Preserves the github_document output format (git-friendly diffs)
• ✅ Keeps pre-compiled .md files in version control
• ✅ Allows CI to pass without vignette compilation issues
• ✅ Maintains documentation in the repo

Files to Change

1. DESCRIPTION: Remove line 80 VignetteBuilder: knitr
2. .github/workflows/R-CMD-check.yml: Remove the args parameter with --no-build-vignettes (revert to original)

Why This Works

Without VignetteBuilder specified, R treats the vignettes/ directory as regular documentation, not as build artifacts that need compilation. R CMD CHECK skips the vignette building step entirely.

The following is the prior conversation context from the user's chat exploration (may be truncated):

Assistant: Entiendo. Ese job que me diste es del run anterior (el que falló). Necesitas que se ejecute un nuevo run con tu cambio actualizado.

Opción rápida: Fuerza un re-run desde GitHub

1. Ve a: https://github.com/pfizer-opensource/Open-Hotgenes/actions/runs/26854962034
2. Click en "Re-run all jobs" o "Re-run failed jobs"

O si prefieres hacerlo por CLI:

gh run rerun 26854962034

Eso ejecutará el workflow de nuevo con tu cambio del _R_CHECK_VIGNETTES_SKIP_RUN_: true incluido en el archivo.

¿Ya lo hiciste o quieres que te ayude con otra cosa?

User: (r-reticulate) K29054NKJK:Open-Hotgenes virger$ gh run rerun 26854962034
bash: gh: command not found

Assistant: Necesitas instalar gh (GitHub CLI). Pero hay una forma más fácil:

Simplemente haz un commit vacío y push a tu rama del PR:

git commit --allow-empty -m "Trigger workflow re-run"
git push

Eso triggeará automáticamente el workflow con tu cambio del _R_CHECK_VIGNETTES_SKIP_RUN_: true.

O si prefieres la UI: Ve a https://github.com/pfizer-opensource/Open-Hotgenes/actions/runs/26854962034 y busca el botón "Re-run failed jobs" en la parte superior derecha.

¿Cuál prefieres?

User: que tal con los workflows?

Assistant: Excelente! ✅ Tu cambio funciona:

Run ID	Nombre	Status	Hace
26859113069	R-CMD-check	in_progress	29 min
26854962034	R-CMD-check	in_progress	18 min

El run 26859113069 es el nuevo que triggeaste con tu commit "Update R-CMD-check.yml":

• Tiene tu cambio _R_CHECK_VIGNETTES_SKIP_RUN_: true
• Está in_progress (ejecutándose ahora)
• Debería pasar ✅ esta vez

Espera a que termine (unos 10-15 minutos). Cuando complete, debería mostrar success en todos los jobs en lugar de failure.

¿Quieres que revise el resultado cuando termine o prefieres que le des un vistazo tú directamente?

User: https://github.com/pfizer-opensource/Open-Hotgenes/actions/runs/26859113069/job/79208573704?pr=14

Assistant: ❌ El cambio NO funcionó como esperado. El problema es que:

La variable de entorno _R_CHECK_VIGNETTES_SKIP_RUN_ no se está aplicando correctamente porque la acción r-lib/actions/check-r-package sigue intentando compilar las viñetas.

El error ahora es diferente (vemos más detalles):

1. Primeros 2 Rmd: Mismo error de output format (no genera .html ni .pdf)
2. 03 y 05: Network error (Could not resolve hostname zenodo.org) - intentan descargar datos
3. Todos fallan porque la variable no se está respetando

✅ Solución Correcta - Opción 2 (Deshabilitar viñetas)

Necesitamos usar la opción args en lugar de una variable de entorno:

- uses: r-lib/actions/check-r-package@6f6e5bc62fba3a704f74e7ad7ef7676c5c6a2590
  with:
    upload-snapshots: true
    error-on: '"error"'
    args: c("--no-manual", "--as-cran", "--no-build-vignettes")

Agregar "--no-build-vignettes" al args. ¿Quieres que haga ese cambio?

User: si

Assistant: Necesito tu confirmación para hacer el cambio. Te voy a mostrar exactamente qué se va a cambiar:

Cambio en .github/workflows/R-CMD-check.yml (línea 52-56):

# Antes:
      - uses: r-lib/actions/check-r-package@6f6e5bc62fba3a704f74e7ad7ef7676c5c6a2590 # v2.11.4
        with:
          upload-snapshots: true
          error-on: '"error"'

# Después:
      - uses: r-lib/actions/check-r-package@6f...

</details>



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*This pull request was created from Copilot chat.*
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