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Open Genomics

High-performance systems tools for genomics & beyond — C++/Rust: compression, SIMD kernels, bounded-memory pipelines.
  • China
README.md

Open Genomics

高性能生物信息学系统软件与中文知识库

High-performance systems software for genomics — compression, alignment, SIMD kernels, bounded-memory pipelines.

从 FASTQ 压缩、序列比对到高性能计算流水线，以及把它们讲清楚的知识库。 同一核心工具常设 C++23 与 Rust 两条实现线：前者面向极致性能与生产部署，后者面向内存安全与可移植性；已收敛的实验路线移入归档区保留。

工具链

序列压缩

项目 语言 说明
fq-compressor 🌐 C++23 FASTQ 专用压缩归档：列式分离 + 2-bit 碱基打包 + Zstd，三层 XXH64 校验，内存有界
fq-compressor-rust Rust 围绕块索引 .fqc 归档格式的独立实现，支持随机访问

⚠️ 两个 fqc 的格式族不同。 它们共享 fqc 命令名与 .fqc 后缀，但归档格式族互不兼容，不能互相解码。跨实现使用前请先确认格式族，详见各仓库 README。 两者的许可证也不同，详见各自 LICENSE。

序列处理与比对

项目 语言 说明
fastq-tools C++23 高性能 FASTQ 质控工具（统计 / 过滤）：零拷贝 I/O、TBB 流水线
minibwa-rust Rust lh3/minibwa（bwa-mem 继任者）的纯 Rust 移植：索引与 C 版字节级兼容，CI 对照验证，含配对端

归档

项目 语言 说明
bwa-rust Rust BWA-MEM 风格比对器的从零实现（FM-index → SMEM → chaining → SW → SAM 全链路），已由 minibwa-rust 承接，保留作教学参考

分析流程

项目 语言 说明
micos-2024 🌐 Python 2024「猛犸杯」参赛作品 · 宏基因组学端到端分析流程

知识库

项目 说明
wiki-bioinfo 🌐 面向中文社区的生物信息学体系化知识库：连接生物学对象、计算模型、核心算法、分析流程与数据资源
awesome-bioinfo-algorithms 精选生物信息学算法知识库，含复杂度分析、CLI 维护工具与双语文档

工程原则

  • 内存上界靠设计，不靠压测 — 有界队列 + credit 反压，worst-case RSS 在实现之前推导。
  • 基准是台账，不是截图 — 合成数据与真实语料分开报告，每次变更过回归。
  • Fail closed — 截断、校验和不匹配、内存超预算一律报错终止，绝不静默篡改。

参与贡献

  • 各仓库的 CONTRIBUTING.md 描述该项目的具体流程；未单独定义的，以组织的 贡献指南 为准
  • 安全问题请走各仓库的私有漏洞上报通道，详见 安全策略
  • 所有仓库遵循行为准则
  • 需要帮助或不确定该开在哪，见支持指南

Popular repositories Loading

  1. micos-2024 micos-2024 Public

    2024「猛犸杯」参赛作品：宏基因组学端到端分析流程 · End-to-end metagenomics pipeline

    Python 11 3

  2. fastq-tools fastq-tools Public

    高性能 FASTQ 质控工具（统计/过滤）：零拷贝 I/O、TBB 流水线（C++23）· High-throughput FASTQ QC and filtering

    C++ 4

  3. fq-compressor fq-compressor Public

    FASTQ 专用压缩归档：列式分离 + 2-bit 碱基打包 + Zstd，三层 XXH64 校验，内存有界（C++23 并发流水线）· Columnar streaming FASTQ compressor in C++23

    C++ 4

  4. awesome-bioinfo-algorithms awesome-bioinfo-algorithms Public

    精选生物信息学算法知识库：复杂度分析、CLI 维护工具与双语文档 · Curated bioinformatics algorithms with complexity analysis

    Python 3

  5. wiki-bioinfo wiki-bioinfo Public

    面向中文社区的生物信息学体系化知识库：连接生物学对象、计算模型、核心算法、分析流程与数据资源 · Structured bioinformatics knowledge base (Chinese)

    MDX 1

  6. minibwa-rust minibwa-rust Public

    lh3/minibwa（bwa-mem 继任者）的纯 Rust 移植：索引与 C 版字节级兼容，CI 对照验证，含配对端 · Pure-Rust port of lh3/minibwa, byte-compatible index

    Rust

Repositories

Showing 9 of 9 repositories
  • fq-compressor-rust Public

    FASTQ 压缩（Rust）：块索引 .fqc 归档，支持检视/校验/部分流式；与 C++ 版 fq-compressor 同名不同格式族 · Block-indexed FASTQ archives in Rust

    open-genomics/fq-compressor-rust's past year of commit activity
    Rust 0 GPL-3.0 0 0 2 Updated Oct 25, 2026
  • wiki-bioinfo Public

    面向中文社区的生物信息学体系化知识库：连接生物学对象、计算模型、核心算法、分析流程与数据资源 · Structured bioinformatics knowledge base (Chinese)

    open-genomics/wiki-bioinfo's past year of commit activity
    MDX 1 MIT 0 0 7 Updated Oct 25, 2026
  • .github Public

    Open Genomics 组织级配置：社区健康文件、Issue/PR 模板与 CI 工作流模板

    open-genomics/.github's past year of commit activity
    0 CC0-1.0 0 0 0 Updated Oct 25, 2026
  • awesome-bioinfo-algorithms Public

    精选生物信息学算法知识库：复杂度分析、CLI 维护工具与双语文档 · Curated bioinformatics algorithms with complexity analysis

    open-genomics/awesome-bioinfo-algorithms's past year of commit activity
    Python 3 CC0-1.0 0 0 0 Updated Oct 25, 2026
  • micos-2024 Public

    2024「猛犸杯」参赛作品：宏基因组学端到端分析流程 · End-to-end metagenomics pipeline

    open-genomics/micos-2024's past year of commit activity
    Python 11 MIT 3 0 0 Updated Oct 25, 2026
  • minibwa-rust Public

    lh3/minibwa（bwa-mem 继任者）的纯 Rust 移植：索引与 C 版字节级兼容，CI 对照验证，含配对端 · Pure-Rust port of lh3/minibwa, byte-compatible index

    open-genomics/minibwa-rust's past year of commit activity
    Rust 0 MIT 0 0 0 Updated Oct 25, 2026
  • fastq-tools Public

    高性能 FASTQ 质控工具（统计/过滤）：零拷贝 I/O、TBB 流水线（C++23）· High-throughput FASTQ QC and filtering

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    C++ 4 MIT 0 0 0 Updated Oct 25, 2026
  • fq-compressor Public

    FASTQ 专用压缩归档：列式分离 + 2-bit 碱基打包 + Zstd，三层 XXH64 校验，内存有界（C++23 并发流水线）· Columnar streaming FASTQ compressor in C++23

    open-genomics/fq-compressor's past year of commit activity
    C++ 4 0 0 0 Updated Oct 25, 2026
  • bwa-rust Public archive

    已归档：BWA-MEM 风格比对器的 Rust 从零实现，后续由 minibwa-rust 承接 · Archived, superseded by minibwa-rust

    open-genomics/bwa-rust's past year of commit activity
    Rust 0 MIT 0 1 0 Updated Oct 25, 2026

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