如何预测你的motif假节

直接输入标准的sto文件

• 将得到形成结构的序列与两侧单链序列的配对结果

在sto文件中添加#MPD

• 依据你设定标签的位置，改变选定预测的序列，并且输出配对峰。
  • 比如在输入框中输入 /demo/demo-i-HDV-7p.sto 文件中的所有字符， 将预测#MPD行中由<...> <.....>所选定的区域。配对峰表示，此区域的碱基发生配对的概率。

  #=MPD .........<..........>.............................................................................<...............>

参数的含义

• Number of sequences paired： 最小的配对个数，大于此个数的配对都将输出
• MSA motif： 输出多序列的结构文件
• Skeleton：输出结构的骨架
• Molecular evolutionary tree： 依据你输入的sto多序列文件，构建系统进化树
• R-scape predict new structure： 使用R-scape预测出新的motif结构