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refactor: 退役删除 cognizes / cognizes-ui 双项目——功能已被主栈全面取代，净 -6.1 万行 - #1132

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ThreeFish-AI/merge-cognizes-into-negentropy
Sep 10, 2026
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refactor: 退役删除 cognizes / cognizes-ui 双项目——功能已被主栈全面取代，净 -6.1 万行#1132
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摘要

退役删除 apps/cognizes（16,283 行 Python）与 apps/cognizes-ui（8,882 行 TS）及 5 条 cognizes 系 CI workflow。经三路并行取证确认：不适合「完全合并代码」，按「退役删除」处理——有价值的知识资产早已迁移完毕，剩余代码与主栈功能全面重复。

判定依据

cognizes 功能 Negentropy 主栈等价物
7 个 skill（pdf-reader/zh-translator/heartfelt 等） .agent/skills/ 同名 SKILL.md 1:1 存在且已入 DB（迁移 0098）
PDF 处理（pdfplumber 单引擎） negentropy-perceives 多引擎竞技 + LLM 裁决
翻译（单 prompt 直调） knowledge/translation/service.py（Claude Code harness + 确定性校验）
论文收集 / RAG / 记忆固化 / mind / sandbox paper+arxiv 工具 / knowledge/retrieval/ / engine/consolidation/ / faculties / engine/sandbox/
cognizes-ui 5 个业务页 negentropy-ui knowledge 域（上传/PDF 查看/翻译/管线）+ scheduler 域
  • 合并成本 ≈ 重写且产物重复：范式硬冲突（原生 SDK vs LiteLLM、独立 FastAPI vs ADK bootstrap 注入、torch 级重依赖）；前端 Tailwind 3→4 / 无鉴权→SSO / axios 直连→BFF；且 cognizes-ui 自身 API 三向漂移（搜索/统计页对着不存在的端点跑）。
  • 运营侧早已脱钩：根 compose / dev 脚本 / 发布管线零引用、全仓零跨包 import、自带 Dockerfile 已损坏。

变更内容（3 commit）

  1. refactor：删除双 app + 5 workflow + 引用面同步——SIBLING_LOCKS 摘条、.gitignore/pnpm-workspace/README「独立项目」注记清理、lockfile 重生成（包全集与版本集零变化，-1,143 行删除 + 72 行元数据注记）、移除 form-data 死 override 地板（ws 地板保留——jsdom@28 仍由 ui/wiki 消费）
  2. chore：注释级残留清理——workspace.py 参考文献内联化（不再引用已删 workflow）、cli.sh/sync_versions 措辞、9 个视频工程 .npmrc 先例注释泛化
  3. docs：knowledge-map / reference 索引加退役说明、4 处研究基线加「已退役」历史快照注记（加注不改史）、CHANGELOG Removed 条目、issue.md 立项 ISSUE-185

保留资产

  • docs/reference/cognizes/（18 篇设计白皮书 + PRD + DDL）整树保留——主栈源码注释（config.default.yaml、retrieval/repository.py）、alembic 迁移注释（0007/0008/0044/0047）与 wiki ingest 测试仍活跃引用
  • 代码可从 git 历史随时找回

关键约束与验证

  • workflow 与代码同 commit 删除：规避 push 事件按推送区间匹配 paths、在已删 working-directory 上触发 cognizes CI 必挂（全部完成后一次性 push）
  • 验证门全绿：hygiene 测试 4 passed（sibling locks 参数化剩 2 条）、pnpm install --frozen-lockfile 幂等、workspace 恰 4 项目、grep -ri cognizes .github/ 零命中、wiki lint / ui typecheck exit 0、ruff 双绿、series-consistency FAIL 0
  • 残留扫描白名单：迁移冻结注释 ×4、GitHub 上游外链 ×2、指向保留文档的活引用与既有死链（025/026/035/036 本就不在保留树，非本次所致）、tmp_path 合成 fixture——工程配置零残留
  • 附带收益：Dependabot ~52 条 cognizes 告警（104 条中的一半）随 manifest 删除自动消解
  • 已实证无风险：master 无 branch protection、无 fix/cognizes-ruff-* 残留分支、无开放 cognizes PR

Review 指引

  • ⚠️ 本 PR diff 巨大（含被跟踪的 600K playwright-report 删除），建议按 commit 逐个 review：7e88c155（删除主体）→ 69b983f6（注释清理）→ 16af5fc4（文档留痕）
  • 残留复核命令：git grep -in cognizes -- ':!CHANGELOG.md' ':!docs/.agents/issue.md' ':!docs/reference/cognizes'

退役决策记录与判定依据：ISSUE-185（docs/.agents/issue.md 文末）

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refactor(cognizes): 退役删除 cognizes/cognizes-ui 双 app 与五条 CI workflow（功…
7e88c15 
…能已被主栈全面取代）;

- 功能已被全面取代：7 个 skill 1:1 迁入 .agent/skills 且已入 DB（迁移 0098）；PDF→perceives 多引擎、翻译→knowledge/translation、论文→paper/arxiv 工具、RAG/记忆/沙箱均有等价物；cognizes-ui 业务页在 negentropy-ui knowledge/scheduler 域已有成熟实现
- 设计资产保留于 docs/reference/cognizes/（主栈源码注释与 wiki ingest 测试仍活跃引用），代码可从 git 历史找回
- pnpm workspace 收缩：lockfile 只减不增（包全集与版本集零变化，1143 删/72 元数据注记）、恰 4 项目；移除 form-data 死 override 地板
- 兄弟锁枚举（test_subproject_hygiene SIBLING_LOCKS）与 .gitignore/pnpm-workspace/README「独立项目」注记同步清理
- workflow 与代码同 commit 删除：规避 push 事件在已删 working-directory 上触发 cognizes CI 必挂

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chore(cognizes): 清理 cognizes 源码注释级残留引用;
69b983f 
- workspace.py 参考文献不再引用已删的 cognizes-ruff.yml，改为内联描述 auto-fix 分支前缀惯例（保留先例出处）
- cli.sh node_modules bin 竞态注释中的 cognizes-ui / travel-agent-ui 举例历史化（标注已退役）
- sync_versions.py「刻意排除 cognizes」措辞改为纯设计动机（显式登记制）
- 9 个视频工程 .npmrc「沿用 travel-agent-ui 解耦先例」注释泛化为独立解耦惯例

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docs(cognizes): cognizes 退役留痕——知识索引/参考总览/研究基线加退役注记，CHANGELOG Removed …
16af5fc 
…与 ISSUE-185 立项;

- knowledge-map「Cognizes 引擎与子系统设计」「项目级 PRD」两节与 reference/readme 分部索引加退役说明（链接均指向保留的设计参考资产，保持有效）
- 研究基线四处加「已退役」历史快照注记（020a 代码关联表 / 034a RRF·Reranker 死链 / 050-neo4j / 033-oceanbase「本项目」指称），加注不改史
- CHANGELOG Unreleased→Removed 记录退役条目（判定依据、保留资产、同 commit 删除约束、workspace 收缩）
- issue.md 立项 ISSUE-185：表因/判定依据/处理方式/后续防范（并行实现登记退役条件、注册表类资产同 commit 收回、产物目录 gitignore 预防性覆盖）

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ThreeFish-AI merged commit 2817db6 into feature/1.x.x Sep 10, 2026
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ThreeFish-AI deleted the ThreeFish-AI/merge-cognizes-into-negentropy branch September 10, 2026 07:41
@ThreeFish-AI ThreeFish-AI mentioned this pull request Sep 14, 2026
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ThreeFish-AI added a commit that referenced this pull request Sep 14, 2026
@ThreeFish-AI
fix(security): 核销 13 条 Dependabot 告警——next 16.3.5 + js-yaml 4.3.2，并厘清…
801136a 
…扫描分支错位 (#1143)

* build(deps): next 升至 16.3.5 核销 4 条 critical 告警，js-yaml 地板抬至 4.3.2 并补闭区间;

ui / wiki 的 next 停在 16.2.12，命中两条未认证 RCE：GHSA-p293-qw3h-jr36
（CVSS 9.0，Windows 宿主）与 GHSA-2xp9-vwfh-vxw4（Image Optimization API 的
AVIF 路径）。16.2 线无回溯补丁，升 16.3.x 是唯一路径；目标取 16.3.5 而非最低
修复版 16.3.3——16.3.3 是以停用 AVIF 图像优化换来的修复，16.3.4 才把 AVIF
正确恢复，停在 16.3.3 等于用功能退化换安全。

同时把根 workspace 的 js-yaml 地板由 >=4.2.0 抬至 >=4.3.2（GHSA-2883-xcg3-v3hh，
空 merge 源致 CPU 耗尽；根 lock 原解到 4.2.0，落在受影响区间但尚未被 Dependabot
标出）。地板须写闭区间：首次只写 >=4.3.2 时 pnpm 当场解到 5.4.2，而消费方
@eslint/eslintrc 声明的是 ^4.1.0——同 @babel/core / undici 的既有处置补齐 <5.0.0。

随附两处升级暴露的门禁回归（均非本仓代码缺陷）：
- @next/eslint-plugin-next 16.3.x 新增 no-location-assign-relative-destination
  规则，命中 AuthProvider 的 login / logout。二者都是必须的整页跳转——
  /api/auth/login 是 302 到外部 IdP 的 Route Handler，router.push() 无法承接
  跨源跳转；登出须整页重载以丢弃客户端状态。故加带理由的定向豁免，不改认证行为。
- 16.3 的 next build 扩大了构建期类型检查范围，暴露 WikiToc.test.tsx 一条已失效
  的 @ts-expect-error（TS2578）。该错误在基线上跑裸 tsc 同样报，属被暴露的存量债。

验证：ui lint / typecheck / typecheck:test / test（123 文件 1015 用例）/ build /
test:e2e（70 passed 1 skipped）全绿；wiki lint / test（14 文件 122 用例）/ build 全绿。

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* build(deps): 11 个视频工程 js-yaml 地板抬至 4.3.2，核销 9 条 high 告警;

GHSA-2883-xcg3-v3hh（CVSS 7.5）：js-yaml < 4.3.2 的 maxTotalMergeKeys 对空
merge 源不限流，致 CPU 耗尽。各 Remotion 视频工程经 cosmiconfig@8.3.6 传递
引入 4.3.1，直接依赖零位移，故只落在 override 层，package.json 一行不动。

video/pnpm-workspace.yaml 属 skeleton.toml 的 frozen 档（逐字节相同），11 份
追加内容完全一致，verify_skeleton.py --strict 保持「未登记漂移 0 处」。模板
与 10 个已发布集同步升级：模板不升会让日后 scaffold 出的新集从第一天起就带着
旧漏洞，且 Dependabot 尚未扫到的两集（context-layer / horizon-context）也一并
消因，避免 master 同步后再冒出两条新告警。

重锁经 pnpm install --lockfile-only 逐工程执行，每次之后比对仓库根
pnpm-lock.yaml 的 md5，全程零变更（ISSUE-175 第 ④ 坑：嵌套安装会静默覆写根
lockfile 并丢失全部 overrides）。模板目录只有 package.json.tmpl 没有
package.json，pnpm 会以「Scope: all 0 workspace projects」静默空跑，须临时渲染
出 package.json 重锁后再删除。

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* docs(issue): ISSUE-092 追加 2026-09-14 轮次，记录 Dependabot 扫描分支错位这一前提;

本轮 19 条 open 告警里有 6 条在 feature/1.x.x 上早已不存在（cognizes 双项目
随 #1132 整体删除、accelerate 随 #1131 升到 1.15.0 超出受影响区间），仍挂 open
只因 Dependabot 只扫默认分支 master，而 master 停在 2026-09-06、落后 15 个提交。
这条前提此前从未被记录，会让接手者对着已修好的东西反复「修」。

一并留档：13 条真实受影响告警的消除路径与版本取舍依据；这 6 条刻意不 dismiss
的理由（dismiss 的适用面是「不能修」，不是「已修但未发布」）；安全地板 override
须写闭区间的教训；以及区分「升级引入」与「升级暴露」的取证方法——用
git worktree add --detach 出基线树分别跑 tsc 与 build 对照。

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