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refactor: 全仓熵减进化——死代码清减、正交分解与路由遮蔽缺陷修复（净 -3,761 行） - #1131

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ThreeFish-AI merged 14 commits into
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ThreeFish-AI/preening-substrate-entropy-reduction
Sep 10, 2026
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refactor: 全仓熵减进化——死代码清减、正交分解与路由遮蔽缺陷修复（净 -3,761 行）#1131
ThreeFish-AI merged 14 commits into
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ThreeFish-AI/preening-substrate-entropy-reduction

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@ThreeFish-AI

@ThreeFish-AI ThreeFish-AI commented Sep 9, 2026

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概述

对全仓执行「清减 + 重点分解」级结构性熵减：三路并行取证（backend / Python 卫星域 / 前端域）→ 主线程对高危断言独立复核 → 13 个主题化 commit 逐批验证。完整留痕见 全仓熵减审计 2026-09。

总账：135 文件，+8,962 / −12,723（净 −3,761 物理行）；其中生产代码净减 2,605 行（口径内 0.92%），测试侧净 +226 行（新增契约/路由/集成测试 529 行 − 死测试清理 303 行）。

⚠️ 行为变更声明（唯一一处）

修复 /interface 三域 reorder 路由被 {id} 参数路由遮蔽的历史缺陷：PATCH /interface/{mcp/servers,tools,skills}/reorder 注册序落后于各自 {id: UUID} 路由，字面量 reorder 被当作 UUID 解析返回 422，handler 自注册起不可达——三域拖拽排序持久化此前从未生效（agents 域注册序正确幸免）。修复后由常驻静态遮蔽 lint 防再发（ISSUE-183）。

批次清单

批 commit 内容
B1 aab8d56 backend 死代码 4 项（prf_expander+PRF 旋钮 / lifecycle_types / get_db / numpy·scipy）
B2 c413d4c perceives skills/ 孤儿包 + benchmark 一次性脚本 + setup.sh 坏 cp + 文档死链
B3 59edc59 cognizes 死入口/死配置 + 陈旧测试树 + sandbox 归位 + Chunker 改名 + cognizes-ui 清减
B4 a6da817 ui 死簇 15 文件（hooks/monitoring/adk guards/组件/conversation/空壳 barrel）
B5 dbb58ad interface 路由测试先行：49 路由契约快照 + 遮蔽 lint + 鉴权 sweep + CRUD 冒烟
B6 d257b66 修 reorder 遮蔽 422（上表行为变更）
B7 c0b7f88 interface/api.py 3,197 行 → 六域路由模块 + 25 行聚合器（bootstrap 零改动）
B8 434b4e4 knowledge-api.ts 3,429 行/211 export → 11 模块目录（符号集编译期锁定，消费方零改动）
B9 52ac45f 后端重复收敛六项（_utcnow×8 / _require_admin×3 / env-falsy / 日志统一 → 单一事实源）
B10 f9b98dc knowledge/service.py 12 个 execute_*_pipeline 骨架抽取（日志键序与 HEAD 12/12 全等）
B11 5c365be 审计文档 + knowledge-map + ISSUE-183/184 + CHANGELOG
B12 21b5790+cba8fc69 三份 BFF 代理合一（1,178→756）+ 契约测试；adk.ts 下线经取证中止

执行纪律（审计文档 §9 摘要）

  • 删除硬门：所有删除标的执行日重 grep（含函数内延迟导入）——7 项探索期「死代码」结论被证伪并保留（rocchio 活路径 / rxjs AGUI 运行时 / cognizes-ui 跨包测试宿主 / adk.ts 系 620 行 SSOT 本体等）
  • alembic 迁移历史文件零触碰；influence「复制+校验」SSOT 与 wiki/agents-chat-core 不在清减口径
  • 已知偏差：两次暂存区交错由后续提交补齐终态（aab8d566→434b4e46、21b5790a→cba8fc69），PR 终态树完整一致

验证矩阵

门 结果
backend 全量（unit+integration，deselect test_migrations） 3,343 passed；失败集 ⊆ 已知基线 10 集（共享库数据污染型，CI 空库全绿，见 ISSUE-184），零新增
backend ruff check+format 零告警
backend performance_tests 7 passed / 1 skipped（顺修既有 kwarg 漂移）
interface 路由契约 + 全目录 232 passed（拆分前后一致）
perceives 全量 2,131 passed，失败集与基线完全一致
cognizes unittests + 全树收集 225 passed/2 skipped；收集 3 ERROR→0
ui typecheck / vitest / build / lint 全绿（1015 用例，含新增 9 例 BFF 契约）
ui e2e chat-smoke 1 passed（真实浏览器路径）
孪生校验 check_twin_files ✓

eval_tests（需 LLM key）未入本地门。测试基线方法论与已知失败集定义见审计文档 §5。

🤖 Generated with Claude Code

@ThreeFish-AI
refactor(ui): 清减零引用死代码簇 15 文件 1620 行;
a6da817 
删除双重 grep 验证零引用的死文件：hooks×3（useSessionManager/@deprecated、
useEventProcessor、useUIState）、lib/monitoring、lib/adk/guards.{ts,js}、
components/ui/{ErrorMessage,ToolCallBubble,Page}、conversation/ 整目录、
5 个空壳 feature barrel（connection/debug/hitl/messaging/session）；
连带清理 eslint 中 useSessionManager 专属死护栏与 a2ui.md 死链。
dashboard/_lib/api.ts 因存在活消费方（TaskDetailDrawer/useSchedulerData）
按硬门跳过。验证：typecheck + vitest 122 文件 1006 用例 + build 全绿。

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refactor(cognizes): 清减死入口/死配置并归位 sandbox，净减 856 行;
59edc59 
- 删 pyproject 死入口 cognizes.cli:main（cli.py 不存在）；修 Dockerfile/compose/README
  三处 agents.api.main 死模块路径为 cognizes.api.main；compose 剔除不存在挂载与死服务
- 删 tests/integration/mind/ 陈旧分叉测试树（硬编码假连接串、不可运行、
  致全量 pytest 收集中断）298 行；addopts 增 --import-mode=importlib 消解
  同名测试 basename 冲突，全树收集 3 ERROR → 0
- sandbox 从 adapters/postgres/ 归位顶层（沙箱与 postgres 无关，对齐 backend 布局），
  git mv 保历史，11 处引用同步
- ChunkingStrategy(ABC) 改名 Chunker，消解与 backend Enum 同名异物
- cognizes-ui 删 8 个零引用模板残骸与死依赖/死 tsconfig；vitest 基建经查为
  跨包测试宿主（CI 生产依赖）予以保留；pnpm-workspace 清除个人绝对路径注释
验证：unittests 225 passed/2 skipped 维持；全树收集零错；ruff/build/tsc/lint 全绿。

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refactor(perceives): 清减 skills 孤儿包与一次性基准脚本，净减 1279 行;
c413d4c 
- 删 skills/ 死特性层（5 文件 230 行，src/tests/CI 全域零引用，
  registry 自注册后无任何消费方）
- 删 scripts/benchmark/{parse_pdf_matrix,parse_pdf_bench}.py 一次性
  基准编排器（1049 行，服务 PR #163 数据回填，历史见 git）；
  同步清理 docs/reference/perceives 三处文档死链
- 修 scripts/dev/setup.sh 坏 cp（.env.example 不存在时 set -e 必炸
  → 容忍式跳过，双场景实测）
- __init__.py tagline 由"web scraping MCP server"校正为 PDF/网页
  提取管线实际职责
验证：基线-回归完全一致（2131 passed / 4 既有失败 / 69 skipped），
ruff check+format 通过。

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refactor(engine): 清减后端死代码 4 项，净减 481 行;
aab8d56 
- 删 prf_expander.py + prf_top_k/prf_alpha 配置旋钮（全仓零引用；
  rocchio_reweighter 为 memory_automation 活路径，保留）
- 删 knowledge/lifecycle_types.py（335 行，符号零外部引用且
  SourceKind/QueryIntent 在别处有 Literal 活版）
- 删 db/deps.py get_db（Depends 零使用）及 conftest 配套 patch、
  孤儿测试用例、3 处过时注释
- 删直接依赖 numpy/scipy（零 import；numpy 降级为 spacy 栈传递依赖，
  scipy 物理移除）
验证：ruff 零告警；全量门 3235 passed，失败集 ⊆ 已知基线 10 集，零新增。

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test(interface): 路由表契约与四域 CRUD/reorder 集成测试先行（拆分前基线）;
dbb58ad 
interface/api.py 的 MCP/Skills/Agents/Permissions CRUD 此前零路由测试。
新增两文件为后续机械拆分立行为基线：契约快照+遮蔽 lint（现红 3 例精确
命中遮蔽路由）与鉴权 sweep+CRUD 冒烟+reorder 可达性（三域红=422 实证
reorder 被 {id} 参数路由捕获）；配套直绑 AsyncSessionLocal 镜像 patch。

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fix(interface): 修复三域 reorder 路由被 {id} 参数路由遮蔽返回 422;
d257b66 
PATCH /interface/{mcp/servers,tools,skills}/reorder 原注册在各自
{id: UUID} 路由之后，Starlette 首序全匹配把字面量段 "reorder" 当作
{id} 做 UUID 解析 → 422，reorder handler 不可达——三域拖拽排序
持久化自注册即静默损坏（agents 域注册序正确故未受影响）。
修复：三组「路由+schema」区块上移至各自 {id} 路由之前，并加防遮蔽
注释；契约测试快照同步至新注册序（遮蔽 lint 转绿、集成 reorder×4
全部 200）。B5 交付的 3 个暴露测试全部红转绿。

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refactor(ui): knowledge-api.ts 正交分解为域模块目录（行为零变更）;
434b4e4 
3,429 行 / 211 export 的 churn 第一热文件 → utils/knowledge-api/
目录 11 模块：errors(183) chunking-config(438) pipelines(235)
corpus(242) model-configs(207) documents(822) search(161) graph(584)
catalog(315) wiki(272) + index.ts 门面(270)。
- index.ts 显式逐名 re-export 全部 211 符号（106 值 + 105 类型），
  编译期锁定外部可见符号集不变；type 形态 re-export 与仓库 barrel 风格一致
- 全仓 24 处导入说明符零改动（文件→目录解析自动命中 index.ts）；
  21 处直连不收敛（记录为有意决策）
- 模块间依赖无环；跨域类型一律 import type；原文内容行逐字节保全
注：本文件删除因并行批次的暂存区交错先入 aab8d56，本提交补齐目录
使终态完整（工作树自拆分完成后始终一致，验证均在此树通过）。
验证：符号集 diff 为空、typecheck、vitest 122 文件 1006 用例、
build 97 页、lint 零告警全绿。

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refactor(interface): api.py 单体按域机械拆分为六路由模块;
c0b7f88 
3,197 行 / 49 路由 / 45 内联 schema 的单体 → 六域自持路由文件：
stats_api(144) mcp_api(1077) builtin_tools_api(522) skills_api(906)
agents_api(657) permissions_api(193)，api.py 收敛为 25 行聚合器并按
原注册序 include（permissions 通配路由置末位）；interface/__init__ 与
bootstrap 聚合点零改动。零使用死副本 _resolve_app_name 随拆分消亡。
- 每文件 logger 名沿用 "negentropy.interface.api"（日志消费方按名过滤）
- ruff 自动修剪各文件未用 import（184 处）+ format
- 三个测试文件模块引用重定向（patch.object 目标随别名互换保持语义）
验证：路由表契约 50 断言全绿（注册序逐项一致）；interface 全目录
232 passed 与拆分前一致；全量门 8 failed ⊆ 已知基线 10 集，零新增。

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refactor(ui): 三份同构 BFF 代理收敛为参数化单实现，净减 422 行;
21b5790 
app/api/{knowledge,interface,memory}/_proxy.ts（639+378+161 行，
注释自称同构参考、能力已漂移）→ app/api/_lib/proxy.ts 参数化核心
（650 行，方法族能力并集 Get/Post/PostFormData/Patch/Put/Delete/
GetBinary）+ 三个薄绑定层（53/30/23），130+ 消费方 import 与
导出名零改动；隐藏消费方（routine/scheduler 通配路由）一并覆盖。
- 行为增强点 8 项逐数论证（memory 增 30s 超时、interface 保守
  保持无默认超时——后端 tools:execute 上限 120s、错误透传族内统一、
  {data} 安全降级扩展、204 短路扩展）
- 新增 bff-proxy-core.test.ts（137 行 9 用例）锁定上述契约
- lib/adk.ts 下线经取证中止：非兼容 re-export 层，系 620 行
  ADK→AG-UI 流归一化 SSOT 本体，维持现状
验证：typecheck + vitest 123 文件 1015 用例（含新增）+ build + lint 全绿。

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refactor(ui): BFF 代理三合一实现落地（补齐上提交的契约测试对象）;
cba8fc6 
app/api/_lib/proxy.ts 参数化核心（650 行）+ 三个薄绑定层，
上提交 21b5790 因暂存路径失误仅含 bff-proxy-core.test.ts，
本提交补齐实现使树完整。内容详见上提交说明。

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refactor(engine): 后端跨文件重复收敛六项，消除语义漂移隐患;
52ac45f 
- _utcnow ×8（另发现 2 个隐藏跨模块消费者）→ timeutil.utcnow
  零依赖叶子模块，8 处定义逐一验证语义一致后合并
- _require_admin ×3 → auth/deps.require_admin 权威版（逐字符一致
  + Depends 默认值惰性验证）
- _resolve_app_name ×2 → config.resolve_app_name（settings.app_name
  权威源所在域，避免 engine→knowledge 跨域 import）
- _get_knowledge_service ×3 → agents/tools/common.py 共享惰性单例
  （knowledge/_shared._get_service 因构造参数不同按硬约束不合并）
- env-falsy ×5 → config.parse_env_bool；SKILLS_LAYER2 双读统一；
  agent_factory 的 off/strip 逃生开关口径不同，保留原样
- 日志三惯用法 ×8 文件统一 get_logger(__name__)；alembic 集成点与
  logging 基础设施自身保留；修正 catalog_dao 测试 patch 因字面量
  logger 名共用而打错发射模块的隐性耦合
验证：ruff 零告警；定向单测 2745 passed；全量门 7 failed ⊆ 已知
基线集，零新增。

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refactor(knowledge): execute_*_pipeline 执行骨架抽取为 _run_async_pipeline;
f9b98dc 
12 个 execute_*_pipeline 方法（ingest_text/url/url_document/file/
import_url_document/import_file/ingest_document/replace_source/
sync_source/sync_document/rebuild_source/translate）共享的 8 步
执行样板（dao 守卫→tracker 构造→resume→started 日志→业务体→
取消分支→失败分支→finally 收尾）收敛为泛型 helper：
body 回调 + started_log 差异字段 + failure_result 兜底 + 可选
on_error 钩子（仅 import_file 的 markdown_extract_status 回写）。
- 行为零变更保真：started/completed 日志键名与顺序脚本比对
  与 HEAD 12/12 全等；sync_document 的 tracker op 历史怪癖保留；
  异常捕获顺序（Cancelled 先于 Exception）不变
- service.py 4099→3928（净 -171）；resume/unregister/日志对/
  取消分支 12→1
验证：knowledge 域定向 1143 passed（4 failed 为已知 catalog 污染
基线）；全量门 7 failed ⊆ 已知基线集，零新增；ruff 零告警。

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docs(operations): 全仓熵减审计入库并同步知识索引与 Issue 沉淀;
5c365be 
- 新增 codebase-entropy-reduction-2026-09.md：B1-B12 批次清单与验证
  证据、执行期勘误表（7 项探索结论被证伪）、reorder 行为变更声明、
  后端共享测试库基线方法论、跨模块重复决策记录与 backlog 全登记
- knowledge-map 同步「工程经验沉淀」条目
- ISSUE-183（字面量路由遮蔽）与 ISSUE-184（test_migrations 砸坏
  共享测试库的破窗根因链）沉淀
- CHANGELOG Unreleased 增熵减批次 Fixed/Changed/Removed/Added 组
- 顺带修复 performance_tests 的 get_subtree 既有 kwarg 签名漂移
  （性能套件归零：7 passed / 1 skipped）

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build(perceives): accelerate 1.13.0→1.15.0 修复 CVE-2026-69112，Security…
5d7dae9 
… Audit 归零;

新披露的路径遍历漏洞（load_checkpoint_in_model/load_checkpoint_and_dispatch
的 weight map 路径遍历，影响 ≤1.14.0，1.15.0 修复）使 perceives CI 的
pip-audit 作业新命中一项未登记漏洞。本仓对该 API 零调用（accelerate 系
docling-ibm-models 传递依赖，模型均自官方源加载，无可信边界外 checkpoint），
可达性低；上游已有修复版，按 0f68672 先例走真升级而非 ignore 登记。
验证：uv 解析 313 包零冲突；perceives 全量回归 2131 passed /
4 failed（与基线完全一致，同 4 个既有失败）；本地 pip-audit 复核
CVE-2026-69112 消失，仅剩 ignore 清单既有登记项。

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ThreeFish-AI merged commit 8e7c59e into feature/1.x.x Sep 10, 2026
29 checks passed
@ThreeFish-AI
ThreeFish-AI deleted the ThreeFish-AI/preening-substrate-entropy-reduction branch September 10, 2026 07:41
@ThreeFish-AI ThreeFish-AI mentioned this pull request Sep 14, 2026
Merged
ThreeFish-AI added a commit that referenced this pull request Sep 14, 2026
@ThreeFish-AI
fix(security): 核销 13 条 Dependabot 告警——next 16.3.5 + js-yaml 4.3.2，并厘清…
801136a 
…扫描分支错位 (#1143)

* build(deps): next 升至 16.3.5 核销 4 条 critical 告警，js-yaml 地板抬至 4.3.2 并补闭区间;

ui / wiki 的 next 停在 16.2.12，命中两条未认证 RCE：GHSA-p293-qw3h-jr36
（CVSS 9.0，Windows 宿主）与 GHSA-2xp9-vwfh-vxw4（Image Optimization API 的
AVIF 路径）。16.2 线无回溯补丁，升 16.3.x 是唯一路径；目标取 16.3.5 而非最低
修复版 16.3.3——16.3.3 是以停用 AVIF 图像优化换来的修复，16.3.4 才把 AVIF
正确恢复，停在 16.3.3 等于用功能退化换安全。

同时把根 workspace 的 js-yaml 地板由 >=4.2.0 抬至 >=4.3.2（GHSA-2883-xcg3-v3hh，
空 merge 源致 CPU 耗尽；根 lock 原解到 4.2.0，落在受影响区间但尚未被 Dependabot
标出）。地板须写闭区间：首次只写 >=4.3.2 时 pnpm 当场解到 5.4.2，而消费方
@eslint/eslintrc 声明的是 ^4.1.0——同 @babel/core / undici 的既有处置补齐 <5.0.0。

随附两处升级暴露的门禁回归（均非本仓代码缺陷）：
- @next/eslint-plugin-next 16.3.x 新增 no-location-assign-relative-destination
  规则，命中 AuthProvider 的 login / logout。二者都是必须的整页跳转——
  /api/auth/login 是 302 到外部 IdP 的 Route Handler，router.push() 无法承接
  跨源跳转；登出须整页重载以丢弃客户端状态。故加带理由的定向豁免，不改认证行为。
- 16.3 的 next build 扩大了构建期类型检查范围，暴露 WikiToc.test.tsx 一条已失效
  的 @ts-expect-error（TS2578）。该错误在基线上跑裸 tsc 同样报，属被暴露的存量债。

验证：ui lint / typecheck / typecheck:test / test（123 文件 1015 用例）/ build /
test:e2e（70 passed 1 skipped）全绿；wiki lint / test（14 文件 122 用例）/ build 全绿。

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* build(deps): 11 个视频工程 js-yaml 地板抬至 4.3.2，核销 9 条 high 告警;

GHSA-2883-xcg3-v3hh（CVSS 7.5）：js-yaml < 4.3.2 的 maxTotalMergeKeys 对空
merge 源不限流，致 CPU 耗尽。各 Remotion 视频工程经 cosmiconfig@8.3.6 传递
引入 4.3.1，直接依赖零位移，故只落在 override 层，package.json 一行不动。

video/pnpm-workspace.yaml 属 skeleton.toml 的 frozen 档（逐字节相同），11 份
追加内容完全一致，verify_skeleton.py --strict 保持「未登记漂移 0 处」。模板
与 10 个已发布集同步升级：模板不升会让日后 scaffold 出的新集从第一天起就带着
旧漏洞，且 Dependabot 尚未扫到的两集（context-layer / horizon-context）也一并
消因，避免 master 同步后再冒出两条新告警。

重锁经 pnpm install --lockfile-only 逐工程执行，每次之后比对仓库根
pnpm-lock.yaml 的 md5，全程零变更（ISSUE-175 第 ④ 坑：嵌套安装会静默覆写根
lockfile 并丢失全部 overrides）。模板目录只有 package.json.tmpl 没有
package.json，pnpm 会以「Scope: all 0 workspace projects」静默空跑，须临时渲染
出 package.json 重锁后再删除。

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* docs(issue): ISSUE-092 追加 2026-09-14 轮次，记录 Dependabot 扫描分支错位这一前提;

本轮 19 条 open 告警里有 6 条在 feature/1.x.x 上早已不存在（cognizes 双项目
随 #1132 整体删除、accelerate 随 #1131 升到 1.15.0 超出受影响区间），仍挂 open
只因 Dependabot 只扫默认分支 master，而 master 停在 2026-09-06、落后 15 个提交。
这条前提此前从未被记录，会让接手者对着已修好的东西反复「修」。

一并留档：13 条真实受影响告警的消除路径与版本取舍依据；这 6 条刻意不 dismiss
的理由（dismiss 的适用面是「不能修」，不是「已修但未发布」）；安全地板 override
须写闭区间的教训；以及区分「升级引入」与「升级暴露」的取证方法——用
git worktree add --detach 出基线树分别跑 tsc 与 build 对照。

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