Standardisation sortie modele Cox by AckaFun · Pull Request #44 · Oncostat/grstat

AckaFun · 2025-01-03T14:34:57Z

notamment suppression de test_standardisation

DanChaltiel · 2025-01-03T15:02:20Z

Fonctions principales dans flextable :

flextable() pour faire une flextable
bold(), italic(), color(), bg(), etc pour modifier le format
border(), vline(), hline() pour les bordures
merge_v() et merge_h() pour merger les cellules (aussi fix_border_issues() parfois)
set_table_properties(ft, width = .5, layout = "autofit")
add_header_row(), voire set_header_df() si header complexe
colformat_xxx() si besoin de formattage particulier. Permet de modifier la flextable sans transformer les données en character.
les arguments i et j en formule permettent de sélectionner des lignes et colonnes conditionnelement aux données, genre bold(i=~pvalue<0.05, j="pvalue"). Implique que pvalue soit numérique...

Cheat sheet très utile : https://ardata-fr.github.io/flextable-book/static/pdf/cheat_sheet_flextable.pdf

Documentation très très longue: https://ardata-fr.github.io/flextable-book/

Lpierott · 2025-02-19T13:47:57Z

+# On ne lance pas les fonctions on charge le package avec ctrl+shift+l
+# Enlever les librarys d'ici
+
+test_that("shit works", {


Watch your mouth young boy!

Mise à jour des avancées sur les sorties de modèle

DanChaltiel

Nickel !
Au final jsp ce que j'ai dit la dernière fois, pour cette PR centrée sur Cox c'est largement suffisant de faire un tableau et un paragraphe.

Pour le tableau, cf. mes quelques commentaires, mais sinon c'est bon pour moi.

Pour report_coxph(), je pense qu'on peut l'améliorer, voici ce que j'ai utilisé pour mon dernier rapport.

Je n'ai eu aucun problème de HP donc il faudrait l'ajouter au texte.
J'ai essayé de détecter le type de pvalue mais je ne suis pas 100% sûr de moi.
C'est très axé médicament, il faut peut-être être plus souple dans le glue()

report_coxph = function(fit, label, conf.level=0.95, 
                        trt_term="ARMtreatment"){
  chk = fit %>% cox.zph() %>% .$table %>% as.data.frame() %>% filter(p<0.05)
  if(nrow(chk)>0){
    #TODO add coxzph in result if this ever happens, like "hypoth was met / violated"
    browser()
  }
  is_stratif = fit$terms %>% paste(collapse="--") %>% str_detect("strata\\(")
  p_type = if(is_stratif) "stratified" 
  else if(length(fit$coefficients)>1) "adjusted" 
  else "raw"

  a = broom::tidy(fit, conf.level=conf.level, exponentiate=TRUE, conf.int=TRUE) %>% 
    filter(term==trt_term) %>% 
    mutate(across(-term, ~round(.x, 2)))

  glue("In the Cox model, the Hazard Ratio of treatment for {label} was {a$estimate} [{100*conf.level}%CI {a$conf.low}; {a$conf.high}] ({p_type} p-value: {a$p.value}).")
}

Si tu veux, tu peux aussi ajouter une fonction de ce genre, on n'est pas strictement dans le Cox mais on reste dans le thème. Dans mon cas j'ai ajouté la pvalue mais pas sûr que ce soit bien, il faudrait le mettre NULL par défaut et gérer le cas.

report_survfit = function(fit, pval_stratif, time, label, ...){
  pval_stratif = pval_stratif
  sfit = summary(fit)
  
  #Brookmeyer-Crowley method for median CI
  med =
    sfit$table %>% 
    as_tibble(rownames="strata") %>% 
    select(strata, median, ci_inf="0.95LCL", ci_sup="0.95UCL") %>% 
    mutate(across(-strata, ~round(.x, 1)),
           strata = str_remove(strata, ".*="),
           label = if_else(is.na(median), "not attained",
                           glue("{median} [{ci_inf}; {ci_sup}]"))) %>% 
    glue_data("{label} in the {strata} arm")
  # all(is.na(sfit$table[,"median"]))
  par_med = format_inline("Median was {med}.")
  
  pars = tidy_survfit(fit, time=time, ...) %>% 
    select(strata, estimate, conf.low, conf.high) %>% 
    mutate(across(-strata, ~scales::percent(.x, 1))) %>% 
    glue_data("{estimate} [95%CI {conf.low}; {conf.high}] in the {strata} arm")
  par_surv = format_inline("{label} was {pars} (Log-rank stratified 2-sided p-value = {round(pval_stratif, 2)}).")
  
  c(par_surv, par_med)
}

DanChaltiel · 2026-04-16T11:56:25Z

+
+  a = broom::tidy(fit, exponentiate=TRUE, conf.int=TRUE) %>%
+    filter(substr(term, 1, nchar(arm))==arm) %>%
+    mutate(across(-term, ~round(.x, 2)))


format.pval() pour la pvalue

DanChaltiel · 2026-04-16T11:57:34Z

+report_coxph = function(fit, label, arm){
+
+  a = broom::tidy(fit, exponentiate=TRUE, conf.int=TRUE) %>%
+    filter(substr(term, 1, nchar(arm))==arm) %>%


str_starts() ?

DanChaltiel · 2026-04-16T12:43:09Z

+           HR = ifelse(is.na(conf.low),
+                       '1.00',
+                       glue("{format(round(estimate, 2), nsmall = 2)} [{round(conf.low, 2)};{round(conf.high, 2)}]"))) %>%


il faudrait ajouter un argument digits=2

DanChaltiel · 2026-04-16T12:44:08Z

+    group_by(var_label) %>%
+    mutate(rep = row_number()) %>%
+    ungroup() %>%


il vaut mieux éviter d'utiliser group_by:
mutate(rep = row_number(), .by=var_label)

DanChaltiel · 2026-04-16T12:44:50Z

+  attr(rtn, "header") =
+    c(
+      var_label = 'Variable',
+      label = '',
+      n = 'Number of events/N',
+      HR = 'HR [95% CI]',
+      p_new = 'p-value'
+    )


pourquoi ne pas simplement utiliser apply_labels() ?

DanChaltiel · 2026-04-16T13:03:05Z

+#' @export
+#'
+cox_regtable = function(fit){
+  rtn = tidy_plus_plus(fit, exponentiate = T, conf.int = T) %>%


La dépendance à broom::tidy n'est pas grave, mais tidy_plus_plus va ajouter pas mal de trucs.
Si on augmente les dépendances, l'installation de grstat prend 3 plombes.
On en a vraiment besoin ?

DanChaltiel · 2026-04-16T13:03:40Z

+
+
+test_that("cox_regtable() works", {
+  local_reproducible_output(width=125)


Utile seulement si tu fais un snapshot

DanChaltiel · 2026-04-16T13:04:58Z

+  lung = survival::lung
+  fit = coxph(Surv(time, status) ~ as.factor(ph.ecog) + age, data=lung)


withr::with_package("survival", {
fit = coxph(Surv(time, status) ~ as.factor(sex) + age + strata(ph.ecog) + ph.karno, data=lung)
})

Attention, il faudra ajouter survival (et withr) dans les "Suggests" du fichier DESCRIPTION

DanChaltiel · 2026-04-16T13:06:16Z

+  ald = cox_regtable(fit)
+  expect_s3_class(ald, "regtable")


Maintenant il faut ajouter des tests sur ald, sur as_flextable(ald), et sur report_coxph(fit).
Un snapshot sera sans doute suffisant.

DanChaltiel · 2026-04-16T13:26:00Z

+#' @importFrom tidyr unite
+#' @export
+#'
+cox_regtable = function(fit){


Je suis nul en naming, mais si on garde report_coxph() ce serait plus logique d'appeler ta fonction table_coxph() non ?
Ou alors report_cox et table_cox ?

AckaFun added 2 commits January 2, 2025 17:28

Creation de fichiers R pour premiers tests

4970ef0

Mise au propre

c72870b

notamment suppression de test_standardisation

DanChaltiel assigned AckaFun Jan 3, 2025

DanChaltiel linked an issue Feb 17, 2025 that may be closed by this pull request

Standardisation des sorties de modeles #28

Open

8 tasks

Lpierott reviewed Feb 19, 2025

View reviewed changes

one two one two

37af7db

Mise à jour des avancées sur les sorties de modèle

DanChaltiel requested changes Apr 16, 2026

View reviewed changes



		test_that("cox_regtable() works", {
		local_reproducible_output(width=125)

		lung = survival::lung
		fit = coxph(Surv(time, status) ~ as.factor(ph.ecog) + age, data=lung)

Conversation

AckaFun commented Jan 3, 2025

Uh oh!

DanChaltiel commented Jan 3, 2025

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

DanChaltiel left a comment

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Reviewers

Assignees

Labels

Projects

Milestone

Development

Uh oh!

3 participants