Formaat Observations / Patient v. Selfcare

[beauvangemert1990]

Het formaat v. de Observation FHIR RDF's dat weggeschreven wordt is niet conform, waardoor de visualisaties v. de PIMS niet goed getoond worden.

Dit is een screenshot van de diff die ik destijds maakte:

Hieronder een copy van het mailtje dat ik destijds stuurde:

Wij hebben eens gekeken naar wat jullie wegschrijven in de kluis en ook de RDF gevalideerd volgens de FHIR ShEx bestanden.

Hieronder de bevindingen:

• Momenteel gebruiken jullie een fhir:Bundle, wat O.K. is al zou het wel beter zijn om de entries (fhir:Observation’s + fhir:Patient) apart weg te schrijven onder de folder weare/http%3A%2F%2Fhl7.org%2Ffhir%2FObservation/ en weare/http%3A%2F%2Fhl7.org%2Ffhir%2FPatient/.
  Maak dus beter geen gebruik van Blank Nodes voor de fhir:Observation en fhir:Patient, en voeg voor de observation ook steeds “a fhir:Observation” toe en bij de fhir:Patient steeds “a fhir:Patient” m.b.t. vindbaarheid en ook bij gevaar voor duplicaten (fhir:Patient).

• Wat je dus best doet is op deze manier te werk gaan (met named node i.p.v. blank node). Dat zou ook de vindbaarheid ten goede komen alsook de toekomstige validatie minder complex maken in de toekomst.

• De fhir:entry object van de fhir:Bundle moet ook een lijst zijn, dat zou er dan uiteindelijk zo uitzien (gebruik de braces op begin en einde):

• De FHIR RDF validatie faalt ook op fhir:type van de fhir:Bundle. Dat zou zoals hieronder moeten worden:

Als ik dan de fhir:entry’s valideer (observation) dan krijg ik nog dit. Vind de gearceerde zaken.

M.b.t. de patient ook dit:

Commentaar van Frederik bij #29 is ook relevant:

• </034d13b1-45cd-4028-82e4-a7369900ab1c> dat zou de complete url moeten worden. Ik zie nu dat ik dat hierboven mis heb gezegd idd! Dat is mijn schuld! tussen de <> moeten valide urls staan, dus ik bedoelde daar eigenlijk heel de /weare/observation//. Sorry!

• de status moet: <named_node> http://hl7.org/fhir/v "final" worden... . Welke lib gebruik je voor de RDF te construeren?

en die code is ook nog iet smis, maar dat zie ik niet zo goed. Ik gebruik de shex validator van Beau. We kunnen daar maandag effe over bellen en zien dat we het tegoei krijgen...

[gilles-danneels]

@beauvangemert1990 Ik heb de formatting aangepast, maar heb het gevoel dat er nog iets fout zit aangezien ik nog steeds geen mooie visualisatie krijg, kunnen jullie dit eens bekijken en laten weten wat er nog fout zit. Alvast bedankt.

[beauvangemert1990]

@gilles-danneels kan je hier een voorbeeld posten van een observation dat Selfcare wegschrijft?

[gilles-danneels]

Dit is wat ik terugkrijg via de netwerk tab van de we-are tool:

@Prefix fhir: http://hl7.org/fhir/ .
@Prefix rdf: http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns# .
@Prefix xsd: http://www.w3.org/2001/XMLSchema# .

http://hl7.org/fhir/Observation/0b43ffd9-ebf7-470f-96a7-90dc78155fb4 a fhir:Observation ;
fhir:category ( [ fhir:coding ( [ fhir:code [ fhir:v "activity"^^xsd:string ] ;
fhir:display [ fhir:v "Activity"^^xsd:string ] ;
fhir:index 0 ;
fhir:system [ fhir:v "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/observation-category"^^xsd:anyURI ] ] ) ;
fhir:index 0 ] ) ;
fhir:code [ fhir:coding ( [ fhir:code [ fhir:v "55423-8"^^xsd:string ] ;
fhir:display [ fhir:v "Number of steps"^^xsd:string ] ;
fhir:index 0 ;
fhir:system [ fhir:v "http://loinc.org"^^xsd:anyURI ] ] ) ;
fhir:text [ fhir:v "Number of steps"^^xsd:string ] ] ;
fhir:effective [ fhir:v "2026-06-01T00:00:00+00:00"^^xsd:dateTime ] ;
fhir:extension ( [ fhir:index 0 ;
fhir:url [ fhir:v "http://personalvault.com/fhir/StructureDefinition/data-source"^^xsd:anyURI ] ;
fhir:valueUri [ fhir:v "urn:source:system"^^xsd:string ] ] ) ;
fhir:id [ fhir:v "0b43ffd9-ebf7-470f-96a7-90dc78155fb4"^^xsd:string ] ;
fhir:identifier ( [ fhir:index 0 ;
fhir:system [ fhir:v "https://my.selfcare4me.com/fhir/observation-ids"^^xsd:anyURI ] ;
fhir:value [ fhir:v "7d379409-e0a3-4641-a341-e5699a3df499|STEPS_STEPS|2026-06-01|system"^^xsd:string ] ] ) ;
fhir:nodeRole fhir:treeRoot ;
fhir:status [ fhir:v "final"^^xsd:string ] ;
fhir:subject [ fhir:reference [ fhir:link http://hl7.org/fhir/Patient/7d379409-e0a3-4641-a341-e5699a3df499 ;
fhir:v "Patient/7d379409-e0a3-4641-a341-e5699a3df499"^^xsd:string ] ] ;
fhir:value [ a fhir:Quantity ;
fhir:code [ fhir:v "{step}"^^xsd:string ] ;
fhir:system [ fhir:v "http://unitsofmeasure.org"^^xsd:anyURI ] ;
fhir:unit [ fhir:v "{step}"^^xsd:string ] ;
fhir:value [ fhir:v 0 ] ] .

[beauvangemert1990]

Dag Gilles

In de omschrijving zie je een screenshot van hoe het eruit moet zien.

Een aantal dingen die ik opmerk:

1. De URI van de observatie die problemen geeft: http://hl7.org/fhir/Observation/0b43ffd9-ebf7-470f-96a7-90dc78155fb4
2. Dat moet de URI van de resource zijn (punctueel zonder hashes of wat dan ook)
3. Ik zie dat bv. fhir:effective een blank node is, dat moet een literal worden
4. Fhir:value is ook niet conform
5. {step} is niet gevuld
6. fhir:code > fhir:coding syntax met blank node lijkt niet conform RDF Turtle. Al komt dat misschien door de serialisatie?
7. ...

[gilles-danneels]

@beauvangemert1990
We hebben ondertussen het merendeel

• Observaties worden nu apart weggeschreven onder /weare/observation/ (geen Bundle meer)
• Named nodes met volledige pod-URL's als subject URI (bv. https://vault.we-are-services-acc.vito.be/.../weare/observation/8b229e78-...)
• a fhir:Observation type assertion aanwezig
• fhir:v wrapper voor alle primitieve waarden (status, code, system, etc.)
• RDF Collections voor arrays (category, coding)
• fhir:identifier als self-referencing xsd:anyURI
• fhir:effective met a fhir:dateTime type assertion

observaties worden correct weggeschreven op de pod (geen fouten), maar de PIMS toont ze nog steeds "raw" — de visualisatie werkt niet zoals bij de observaties van het WeAre-vragenlijstsysteem.

We zitten nu op een punt waar we zonder de exacte ShEx validatie moeilijk verder kunnen. Zou het mogelijk zijn om:

1. Een van onze huidige observaties (bv. 8b229e78-d004-4e36-833e-48a2339baa86 op de pod) door de ShEx validator van Beau te halen en de output te delen?
2. Of het ShEx shape-bestand zelf te delen zodat we er lokaal tegen kunnen valideren?

Dat zou ons in één keer de juiste richting geven in plaats van trial-and-error.

Huidige status:
@Prefix fhir: http://hl7.org/fhir/ .
@Prefix loinc: http://loinc.org/rdf# .
@Prefix rdf: http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns# .
@Prefix xsd: http://www.w3.org/2001/XMLSchema# .

https://vault.we-are-services-acc.vito.be/e60a42f0-d476-440a-86c2-5be8f3099c71/weare/observation/041ea24c-d0bf-42d6-b701-0725ee7a8b31 a fhir:Observation ;
fhir:category ( [ fhir:coding ( [ fhir:code [ fhir:v "activity" ] ;
fhir:display [ fhir:v "Activity" ] ;
fhir:system [ fhir:v "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/observation-category"^^xsd:anyURI ] ] ) ] ) ;
fhir:code [ fhir:coding ( [ a loinc:55423-8 ;
fhir:code [ fhir:v "55423-8" ] ;
fhir:display [ fhir:v "Number of steps" ] ;
fhir:system [ fhir:v "http://loinc.org"^^xsd:anyURI ] ] ) ;
fhir:text [ fhir:v "Number of steps" ] ] ;
fhir:effective [ a fhir:dateTime ;
fhir:v "2026-06-09T00:00:00+00:00"^^xsd:dateTime ] ;
fhir:identifier ( [ fhir:v "https://vault.we-are-services-acc.vito.be/e60a42f0-d476-440a-86c2-5be8f3099c71/weare/observation/041ea24c-d0bf-42d6-b701-0725ee7a8b31"^^xsd:anyURI ] ) ;
fhir:issued [ fhir:v "2026-06-09T00:00:00+00:00"^^xsd:dateTime ] ;
fhir:meta [ fhir:lastUpdated [ fhir:v "2026-06-09T09:35:00.212896+00:00"^^xsd:dateTime ] ;
fhir:versionId [ fhir:v "1" ] ] ;
fhir:status [ fhir:v "final" ] ;
fhir:subject [ fhir:link https://vault.we-are-services-acc.vito.be/e60a42f0-d476-440a-86c2-5be8f3099c71/weare/patient/7d379409-e0a3-4641-a341-e5699a3df499 ;
fhir:reference [ fhir:v "https://vault.we-are-services-acc.vito.be/e60a42f0-d476-440a-86c2-5be8f3099c71/weare/patient/7d379409-e0a3-4641-a341-e5699a3df499"^^xsd:anyURI ] ;
fhir:type [ fhir:v "Patient" ] ] ;
fhir:text [ fhir:v "Observatie - Number of steps - 2026-06-09T00:00:00Z" ] ;
fhir:value [ a fhir:Quantity ;
fhir:code [ fhir:v "{step}" ] ;
fhir:system [ fhir:v "http://unitsofmeasure.org"^^xsd:anyURI ] ;
fhir:unit [ fhir:v "{step}" ] ;
fhir:value [ fhir:v 0.0 ] ] .

We hebben ons gebasseerd op deze (die wel goed lijkt te werken):
https://vault.we-are-services-acc.vito.be/e60a42f0-d476-440a-86c2-5be8f3099c71/weare/observation/a13fb695-711f-4f65-aaad-2b9853e3b85a a http://hl7.org/fhir/Observation;
http://hl7.org/fhir/identifier _:b39_n3-157;
http://hl7.org/fhir/text _:b39_n3-159;
http://hl7.org/fhir/meta _:b39_n3-160;
http://hl7.org/fhir/issued _:b39_n3-163;
http://hl7.org/fhir/effective _:b39_n3-164;
http://hl7.org/fhir/code _:b39_n3-185;
http://hl7.org/fhir/category _:b39_n3-165;
http://hl7.org/fhir/status _:b39_n3-172;
http://hl7.org/fhir/subject _:b39_n3-173;
http://hl7.org/fhir/performer _:b39_n3-177;
http://hl7.org/fhir/derivedFrom _:b39_n3-181;
http://hl7.org/fhir/value _:b39_n3-190.
_:b39_n3-157 http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#first _:b39_n3-158;
http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#rest http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#nil.
_:b39_n3-159 http://hl7.org/fhir/v "Observatie - Date of birth - 2026-05-22T07:33:59.884Z".
_:b39_n3-160 http://hl7.org/fhir/versionId _:b39_n3-161;
http://hl7.org/fhir/lastUpdated _:b39_n3-162.
_:b39_n3-163 http://hl7.org/fhir/v "2026-05-22T07:33:59.884Z"^^http://www.w3.org/2001/XMLSchema#dateTime.
_:b39_n3-164 a http://hl7.org/fhir/dateTime;
http://hl7.org/fhir/v "2026-05-22T07:33:59.884Z"^^http://www.w3.org/2001/XMLSchema#dateTime.
_:b39_n3-185 http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#first _:b39_n3-186;
http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#rest http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#nil.
_:b39_n3-165 http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#first _:b39_n3-166;
http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#rest http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#nil.
_:b39_n3-172 http://hl7.org/fhir/v "final".
_:b39_n3-173 http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#first _:b39_n3-174;
http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#rest http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#nil.
_:b39_n3-177 http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#first _:b39_n3-178;
http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#rest http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#nil.
_:b39_n3-181 http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#first _:b39_n3-182;
http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#rest http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#nil.
_:b39_n3-190 a http://hl7.org/fhir/string;
http://hl7.org/fhir/v "2000".
_:b39_n3-158 http://hl7.org/fhir/v "https://vault.we-are-services-acc.vito.be/e60a42f0-d476-440a-86c2-5be8f3099c71/weare/observation/a13fb695-711f-4f65-aaad-2b9853e3b85a"^^http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI.
_:b39_n3-161 http://hl7.org/fhir/v "1".
_:b39_n3-162 http://hl7.org/fhir/v "2026-05-22T07:33:59.884Z"^^http://www.w3.org/2001/XMLSchema#dateTime.
_:b39_n3-186 a http://snomed.info/id/184099003;
http://hl7.org/fhir/code _:b39_n3-188;
http://hl7.org/fhir/system _:b39_n3-187;
http://hl7.org/fhir/display _:b39_n3-189.
_:b39_n3-166 http://hl7.org/fhir/text _:b39_n3-167;
http://hl7.org/fhir/Coding _:b39_n3-168.
_:b39_n3-174 http://hl7.org/fhir/link https://vault.we-are-services-acc.vito.be/e60a42f0-d476-440a-86c2-5be8f3099c71/weare/patient/b7283c34-76d3-4f92-96d3-6289c0ef54a1;
http://hl7.org/fhir/reference _:b39_n3-175;
http://hl7.org/fhir/type _:b39_n3-176.
_:b39_n3-178 http://hl7.org/fhir/link https://vault.we-are-services-acc.vito.be/e60a42f0-d476-440a-86c2-5be8f3099c71/weare/patient/b7283c34-76d3-4f92-96d3-6289c0ef54a1;
http://hl7.org/fhir/reference _:b39_n3-179;
http://hl7.org/fhir/type _:b39_n3-180.
_:b39_n3-182 http://hl7.org/fhir/link https://vault.we-are-services-acc.vito.be/e60a42f0-d476-440a-86c2-5be8f3099c71/weare/questionnaire-response/3dde393a-bec2-43e4-b217-7b8aba7afea5;
http://hl7.org/fhir/reference _:b39_n3-183;
http://hl7.org/fhir/type _:b39_n3-184.
_:b39_n3-188 http://hl7.org/fhir/v "184099003".
_:b39_n3-187 http://hl7.org/fhir/v "http://snomed.info/sct"^^http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI.
_:b39_n3-189 http://hl7.org/fhir/v "Date of birth".
_:b39_n3-167 http://hl7.org/fhir/v "Vragenlijst".
_:b39_n3-168 http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#first _:b39_n3-169;
http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#rest http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#nil.
_:b39_n3-175 http://hl7.org/fhir/v "https://vault.we-are-services-acc.vito.be/e60a42f0-d476-440a-86c2-5be8f3099c71/weare/patient/b7283c34-76d3-4f92-96d3-6289c0ef54a1"^^http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI.
_:b39_n3-176 http://hl7.org/fhir/v "Patient".
_:b39_n3-179 http://hl7.org/fhir/v "https://vault.we-are-services-acc.vito.be/e60a42f0-d476-440a-86c2-5be8f3099c71/weare/patient/b7283c34-76d3-4f92-96d3-6289c0ef54a1"^^http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI.
_:b39_n3-180 http://hl7.org/fhir/v "Patient".
_:b39_n3-183 http://hl7.org/fhir/v "https://vault.we-are-services-acc.vito.be/e60a42f0-d476-440a-86c2-5be8f3099c71/weare/questionnaire-response/3dde393a-bec2-43e4-b217-7b8aba7afea5"^^http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI.
_:b39_n3-184 http://hl7.org/fhir/v "QuestionnaireResponse".
_:b39_n3-169 http://hl7.org/fhir/code _:b39_n3-171;
http://hl7.org/fhir/system _:b39_n3-170.
_:b39_n3-171 http://hl7.org/fhir/v "survey".
_:b39_n3-170 http://hl7.org/fhir/v "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/observation-category"^^http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI.

[beauvangemert1990]

Dag Gilles, zijn deze aanpassingen gedeployed?