diff --git a/data/nextstrain/mpox/all-clades/CHANGELOG.md b/data/nextstrain/mpox/all-clades/CHANGELOG.md index cc7e49a00..dcb6ee2b2 100644 --- a/data/nextstrain/mpox/all-clades/CHANGELOG.md +++ b/data/nextstrain/mpox/all-clades/CHANGELOG.md @@ -1,3 +1,7 @@ +## Unreleased + +- Add an example mutation pattern for APOBEC3-like cytosine deamination (C>T in TCW context on both strands). It has no clustering, because these mutations are scattered across the genome + ## 2026-07-07T14:07:11Z - Breaking change: Clade Ib outbreak sh2023 now has lineages defined. Those lineages follow the same scheme as the existing clade IIb outbreak sh2017 lineage system. The root lineage is A, B might become an alias for another lineage than in IIb/sh2017. Hence, to unambiguously refer to a lineage, the outbreak must be included as well. To faciliate this, a new outbreakLineage field has been added that concatenates outbreak and lineage separated by a slash, e.g. `sh2017/B.1`. Existing `clade`, `outbreak`, and `lineage` fields remain unchanged - except that `lineage` `A` is now assigned to both clade Ib/sh2023 lineage `A` and clade IIb/sh2017 lineage `A`. The new `outbreakLineage` field is the way to unambiguously refer to a lineage. diff --git a/data/nextstrain/mpox/all-clades/pathogen.json b/data/nextstrain/mpox/all-clades/pathogen.json index 9b52a01df..b5c3e8674 100644 --- a/data/nextstrain/mpox/all-clades/pathogen.json +++ b/data/nextstrain/mpox/all-clades/pathogen.json @@ -26,6 +26,31 @@ "reference": "reference.fasta", "treeJson": "tree.json" }, + "mutationPatterns": { + "patterns": [ + { + "id": "apobec", + "name": "APOBEC3-like cytosine deamination", + "description": "APOBEC3-like cytosine deamination, observed as C>T in TCW context, and as G>A in WGA context on the opposite strand", + "events": [ + { + "type": "nucSubstitution", + "ref": [ + "C" + ], + "qry": [ + "T" + ], + "motifs": [ + "T(C)W" + ], + "bothStrands": true + } + ], + "cluster": false + } + ] + }, "qc": { "frameShifts": { "enabled": true, diff --git a/data/nextstrain/mpox/clade-i/CHANGELOG.md b/data/nextstrain/mpox/clade-i/CHANGELOG.md index fb115efc6..7d6374a04 100644 --- a/data/nextstrain/mpox/clade-i/CHANGELOG.md +++ b/data/nextstrain/mpox/clade-i/CHANGELOG.md @@ -1,3 +1,7 @@ +## Unreleased + +- Add an example mutation pattern for APOBEC3-like cytosine deamination (C>T in TCW context on both strands). It has no clustering, because these mutations are scattered across the genome + ## 2026-07-07T14:07:11Z - Breaking change: Clade Ib outbreak sh2023 now has lineages defined. Those lineages follow the same scheme as the existing clade IIb outbreak sh2017 lineage system. The root lineage is A, and B might become an alias for another lineage than in IIb/sh2017. Hence, to unambiguously refer to a lineage, the outbreak must be included as well. To facilitate this, a new `outbreakLineage` field has been added that concatenates outbreak and lineage separated by a slash, e.g. `sh2023/A.1`. Existing `clade`, `outbreak`, and `lineage` fields remain unchanged - except that `lineage` `A` is now assigned to both clade Ib/sh2023 lineage `A` and (in datasets that contain it) clade IIb/sh2017 lineage `A`. The new `outbreakLineage` field is the way to unambiguously refer to a lineage. diff --git a/data/nextstrain/mpox/clade-i/pathogen.json b/data/nextstrain/mpox/clade-i/pathogen.json index 96a32950c..27f06b1e4 100644 --- a/data/nextstrain/mpox/clade-i/pathogen.json +++ b/data/nextstrain/mpox/clade-i/pathogen.json @@ -26,6 +26,31 @@ "reference": "reference.fasta", "treeJson": "tree.json" }, + "mutationPatterns": { + "patterns": [ + { + "id": "apobec", + "name": "APOBEC3-like cytosine deamination", + "description": "APOBEC3-like cytosine deamination, observed as C>T in TCW context, and as G>A in WGA context on the opposite strand", + "events": [ + { + "type": "nucSubstitution", + "ref": [ + "C" + ], + "qry": [ + "T" + ], + "motifs": [ + "T(C)W" + ], + "bothStrands": true + } + ], + "cluster": false + } + ] + }, "qc": { "frameShifts": { "enabled": true, diff --git a/data/nextstrain/mpox/clade-iib/CHANGELOG.md b/data/nextstrain/mpox/clade-iib/CHANGELOG.md index a5c7ae6f0..3c10931a1 100644 --- a/data/nextstrain/mpox/clade-iib/CHANGELOG.md +++ b/data/nextstrain/mpox/clade-iib/CHANGELOG.md @@ -1,3 +1,7 @@ +## Unreleased + +- Add an example mutation pattern for APOBEC3-like cytosine deamination (C>T in TCW context on both strands). It has no clustering, because these mutations are scattered across the genome + ## 2026-07-07T14:07:11Z - A new `outbreakLineage` field has been added that concatenates outbreak and lineage separated by a slash, e.g. `sh2017/B.1`. It unambiguously identifies a lineage across outbreaks: clade Ib outbreak sh2023 now also has a lineage system that reuses the same lineage names (e.g. root lineage `A`) as clade IIb outbreak sh2017. Existing `clade`, `outbreak`, and `lineage` fields remain unchanged. Clade Ib sequences are not part of this clade IIb dataset; use `nextstrain/mpox/all-clades` or `nextstrain/mpox/clade-i` for those. diff --git a/data/nextstrain/mpox/clade-iib/pathogen.json b/data/nextstrain/mpox/clade-iib/pathogen.json index 2b40f81d3..65709fe21 100644 --- a/data/nextstrain/mpox/clade-iib/pathogen.json +++ b/data/nextstrain/mpox/clade-iib/pathogen.json @@ -26,6 +26,31 @@ "reference": "reference.fasta", "treeJson": "tree.json" }, + "mutationPatterns": { + "patterns": [ + { + "id": "apobec", + "name": "APOBEC3-like cytosine deamination", + "description": "APOBEC3-like cytosine deamination, observed as C>T in TCW context, and as G>A in WGA context on the opposite strand", + "events": [ + { + "type": "nucSubstitution", + "ref": [ + "C" + ], + "qry": [ + "T" + ], + "motifs": [ + "T(C)W" + ], + "bothStrands": true + } + ], + "cluster": false + } + ] + }, "qc": { "frameShifts": { "enabled": true, diff --git a/data/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/CHANGELOG.md b/data/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/CHANGELOG.md index 8d5a77875..df738dd65 100644 --- a/data/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/CHANGELOG.md +++ b/data/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/CHANGELOG.md @@ -1,3 +1,7 @@ +## Unreleased + +- Add example mutation patterns for ADAR-like RNA editing (A>G on both strands) and APOBEC3-like cytosine deamination (C>T in TCW context on both strands), with simulated example sequences + ## 2026-07-03T09:35:04Z - Include open 2026 Outbreak sequences as examples; diff --git a/data/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/examples.fasta b/data/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/examples.fasta index 835095a8b..f62c260b6 100644 --- a/data/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/examples.fasta +++ b/data/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/examples.fasta @@ -2815,3 +2815,3173 @@ CAAAAGTCTCAGTTGTTAGTTGTTGAGTTGTAAAACCCCCGTTAAAAATTTATTTTCCAC TTATAACTAATAATAATCATAGATCAGTATGGGTTGAGGCTACTTAGACCTTAGAAAAAT TGTGCGATGTTTTTTACCATGTCAATCTTGATTTCAATGATATTGGAGGGCTTGTCGATA AATTTAGTANTTAACATTAAGTCAG +>EXAMPLE_ADAR_CLUSTER adar 6 matches, clusters 5004-5042:6; apobec 0 matches, clusters none; qc.snpClusters 5004-5042:6 +CGGACACACAAAAAGAATGAAGGATTTTGAATCTTTATTGTGTGCGAGTAACTACGAGGA +AGATTAAAGATTTTCCTCTCATTGAAATTGAAATTGAGATTCTAATCTCGACGGATCGAT +CCCCAATACCAACATTGAGAATTGGCCTGAAGAAGTCATCTGCTCCTTGGCAAAACCAAG +AGCAGGCCCAAAGGGCCATTAGGCCACATCTGCTGAGCCTGCAGAACACGCAGGACTTAC +TTAGCAGAAGAGAGCGCGTGTCGAAGCCAGCCAACAAATTGACACAGCTGCTCACTCTGA +CCCTGAATTCATAAACAATATTAAGTTGACAACAGAGATACTAATCCAATATTCGGATCA +AGAATCAAAATAGTGAAACGACTGACTATCCCTCCTTAGAATTAGCAAAGATCCTTTTGT +AGACTATTGTGCTACATTCTCTATCCAAGACCTCAAAATGGATCCTCGTCCAATCAGAAC +CTGGATGATGCATAACACATCTGAAGTTGAAGCAGACTACCATAAGATTTTAACTGCCGG +ATTGTCCGTCCAGCAAGGCATTGTGAGACAAAGAATCATTCCTGTCTACCAAATCTCAAA +CCTGGAGGAAGTATGTCAACTCATCATACAGGCATTCGAGGCTGGCGTCGACTTCCAGGA +TAGTGCAGATAGCTTTTTGTTAATGCTATGTCTGCATCATGCCTATCAAGGGGATTATAA +ACAATTTTTGGAAAGTAATGCGGTAAAATACCTTGAAGGTCATGGATTCCGTTTTGAGAT +GAAGAAAAAGGAAGGTGTCAAGCGCCTGGAGGAACTACTCCCTGCTGCCTCAAGTGGAAA +GAACATCAAGAGAACATTGGCTGCAATGCCCGAGGAGGAAACAACAGAAGCAAATGCTGG +ACAATTTCTTTCATTTGCTAGTCTGTTTCTCCCAAAATTGGTTGTCGGAGAAAAGGCCTG +TCTGGAGAAGGTTCAACGACAAATCCAAGTGCACGCAGAACAAGGTCTGATTCAATATCC +GACATCTTGGCAATCGGTGGGACATATGATGGTCATCTTCAGACTGATGCGAACCAACTT +CCTGATTAAGTTCCTCCTAATACATCAAGGAATGCATATGGTTGCAGGGCATGATGCTAA +TGATGCCGTCATTGCCAACTCTGTAGCTCAAGCTCGTTTCTCCGGATTGTTGATAGTCAA +AACAGTGCTTGATCATATCCTCCAAAAAACAGAGCACGGAGTTCGCCTGCATCCCTTGGC +GCGAACAGCCAAAGTCAAAAATGAGGTGAGCTCTTTTAAGGCCGCTTTAGCCTCACTAGC +ACAACATGGAGAATATGCCCCGTTTGCTCGTCTGCTGAATCTATCTGGGGTTAACAATCT +TGAGCATGGGCTTTTCCCTCAACTCTCTGCAATTGCTTTGGGAGTAGCAACTGCACATGG +GAGCACTCTGGCTGGAGTCAATGTAGGAGAGCAATACCAACAACTGCGAGAAGCAGCCAC +TGAGGCCGAAAAGCAGTTGCAGAAATATGCTGAATCTCGTGAACTTGATCACCTAGGTCT +TGATGATCAGGAAAAGAAAATCCTAAAAGACTTCCATCAGAAAAAGAATGAGATCAGCTT +CCAGCAGACGACAGCCATGGTCACACTGCGGAAAGAGAGATTGGCCAAATTGACAGAAGC +TATTACTTCCACCTCTATCCTTAAAACAGGAAGGCGGTATGATGATGACAATGACATACC +CTTTCCAGGGCCAATCAATGATAACGAGAACTCGGGTCAGAACGATGACGATCCAACAGA +CTCCCAGGATACCACAATCCCGGATGTAATAATCGATCCAAACGATGGTGGGTATAATAA +TTACAGCGATTATGCAAATGATGCTGCAAGTGCTCCTGATGACCTAGTTCTTTTTGACCT +TGAAGACGAGGATGATGCTGATGACCCGGCTCAGAACACGCCAGAAAAAAATGATAGACC +AGCAACAACAAAGCTGAGAAATGGACGGGACCAGGATGGAAACCAAAGCGAAACTGCATC +CCCACGGGCAGCCCCCAACCAATACAAAGACAAGCCAATGCCACAAATACAGAACAGATC +CGAAAATCATGACCAAACCCTTCAAACACAGTCCAGGGTTTTGACTCCTATCAGCGAGGA +AGTAGACCCCAGCGACCACAACGATGGCGACAATGAAAGCATTCCTCCCCTGGAATCAGA +CGACGAGGGTAGCACTGATACTACTGCAGCAGAAACAAAGCCTGCCACTGCACCTCCCGC +TCCCGTCTACCGAAGTATCTCCGTAGATGATTCTGTCCCCTCAGAGAACATTCCCGCACA +GTCCAATCAAACGAACAATGAGGACAATGTCAGGAACAATGCCCAGTCGGAGCAATCCAT +TGCAGAAATGTATCAACATATCTTGAAAACACAAGGACCTTTTGATGCCATCCTTTACTA +CCATATGATGAAAGAAGAGCCCATCATTTTCAGCACTAGTGATGGGAAGGAGTATACATA +TCCAGACTCTCTTGAAGATGAGTATCCACCCTGGCTCAGCGAGAAGGAAGCCATGAACGA +AGACAATAGATTCATAACCATGGATGGTCAGCAGTTTTACTGGCCTGTGATGAATCATAG +AAATAAATTCATGGCAATCCTCCAGCATCACAGGTAATCCGACCTCTAAAACTGAGCTCC +TAACTACAAGCTACCACATCACTCTGCCGGAATGCCAGAACCTCCCTCCAAAACAGCTCC +ACATCGAGAACCTCCGACGCGGTACACAGGCAAGACAGGCAACCTAATGATGTTCCTGCC +CACCCACAACCGCAACCAACACTTGATCGACTTCCAAGACAACTACAACCCCCCTAGCCA +ACTCCACCACAGAAGCACCACCCCACAACAACAACCCCAAATTAACAACACTGCATGTAA +GTATTGTCTCACCCCAAGATGATCCCTGGACACCAACAACCCCCTAACCTCCCCAAGTTG +TCATTAAGAAAAAATATATGATGAAGATTAAAACCTTCATCGGAGCTATTTCTTCTACGC +TTGGTTAGGACCAGTATTCACAAACTATTTTACAATCCCTACCCAATATGACCTCTAACA +GAGCAAGGGTGACTTACAACCCACCACCAACAACCACAGGCACACGATCGTGTGGGCCGG +AACTTTCCGGGTGGATCTCTGAGCAATTGATGACAGGCAAGATTCCGATTACCGATATCT +TCAATGAAATTGAAACCTTACCTAGTATAAGTCCCTCGATCCACTCTAAAATCAAAACCC +CAAGTGTTCAAACACGCAGTGTCCAGACCCAAACTGACCCAAGTTGTAATCATGATTTTG +CAGAGGTTGTGAAAATGCTAACATCTCTAACCCTTGTCGTACAAAAACAAACCCTTGCAA +CTGAATCACTTGAGCAACGCATTACTGACCTGGAAGGTAGCCTGAAACCAGTGTCTGAGA +TCACCAAGATTGTTTCTGCACTAAATAGATCCTGTGCAGAGATGGTGGCCAAATATGATC +TTCTAGTAATGACAACTGGTCGTGCAACTGCCACTGCTGCAGCTACTGAAGCATACTGGG +CAGAACATGGACGTCCTCCACCGGGGCCCTCATTGTACGAGGAGGATGCAATCAGGACTA +AAATTGAAAAACAAGGGGATATAGTACCCAAGGAAGTGCAAGAGGCCTTCCGTAATCTGG +ATAGTACTGCCCTTCTAACGGAAGAGAATTTTGGGAAACCAGACATATCCGCAAAAGACT +TGCGCAATATCATGTATGATCACCTCCCAGGTTTTGGCACAGCATTTCATCAACTAGTGC +AAGTTATCTGCAAGTTAGGGAAGGACAATTCCTCACTTGATGTAATTCATGCAGAATTTC +AGGCCAGCCTTGCTGAAGGAGACTCTCCTCAGTGTGCCCTAATTCAGATAACCAAACGGA +TTCCTATTTTCCAAGATGCAGCACCACCCGTAATCCATATTCGTTCACGCGGTGATATAC +CAAAGGCGTGTCAAAAGAGCCTCCGCCCAGTTCCACCATCACCAAAGATTGATAGGGGTT +GGGTATGCATATTCCAGCTACAAGACGGAAAAACACTCGGACTCAAAATCTAAGGTGAAC +AATTGCACAACCTCCACAGTCGCCTATATTGCTTCCTTCCGGAATCAGGGTATGATCGCG +TAAAAAATAAGCTTCCAACATATTGATACACGATCCATATCCATAATGCCATCTCCAGGA +ATATGAGAACGCAAGGCCATATCAGGACCCGATCTCAATTCCAATGCAACCTACTGTTAA +GAATAAAATAACCAATGTCCTCTAGCCTCATATGTCCTCAAAAATACAAGTGATGAAGAT +TAAGAAAAAGCATCCTTTACTTGAGAGGAGCTAATTCTTTATACTTCATCTGATCTTTAA +GTAAGTTGATCATTACCACCATGAGGAGGGCAATTCTACCTACTGCACCGCCAGAATACA +TGGAGGCTGTCTACCCAATGAGAACGGTTAGTACTAGTATCAACAGTACCTCCAGTGGTC +CGAACTTTCCAGCACCGGATGTAATGATGAGTGATACACCCTCCAACTCACTCCGACCAA +TTGCTGATGATAACATCGATCATCCAAGTCATACACCAACCAGTGTTTCATCAGCCTTTA +TACTTGAGGCAATGGTGAATGTGATATCGGGGCCGAAGGTACTAATGAAGCAAATTCCCA +TATGGCTCCCCTTGGGTGTTGCTGATCAAAAAACATATAGTTTTGACTCAACTACAGCTG +CAATTATGCTCGCATCGTACACCATCACTCACTTTGGCAAAACCTCCAATCCGCTTGTGA +GAATCAATCGACTTGGTCCTGGGATCCCCGATCACCCGTTGCGGCTTCTAAGAATAGGAA +ATCAAGCCTTCTTGCAAGAGTTTGTGCTGCCTCCAGTTCAATTGCCGCAGTATTTCACTT +TTGACCTGACGGCTCTAAAGCTGGTCGCTCAGCCTCCCCCGGCAGCAACCCGGACAGATG +ACACTCCGACCGGTCCTACAGGAATACTTCGTCCTGGAATTTCCTTTCATCCCAAACTGA +GACCTATCCTATTGCCAGGGAAGACCGGGAAAAGAGGATCCAGCTCCGATCTTACTTCTC +CTGATAAAATACAAGCAATAATGAACTTTCTCCAAGACCTCAAACTCGTGCCGATTGATC +CAGCCAAGAACATTATGGGTATTGAAGTGCCGGAACTCTTGGTCCACAGACTTACTGGAA +AGAAAATCACAACAAAAAATGGTCAACCAATAATTCCTATTCTTCTACCAAAGTATATTG +GCATGGATCCCATTTCTCAGGGAGACCTCACAATGGTCATCACTCAAGACTGTGACACTT +GCCATTCTCCTGCTAGTCTTCCTCCAGTCAGCGAGAAATAAGCATGAAGTCCGAGGCTGC +CTGGCCCACACGGCCCCCAGGGCCCTCGTCCGGCCACCGAACCAACCATCCGACCCTCAC +CAAAACCAAAAAATACCACCACGCGAAAGCTAAAATGCAGGACCACAATCCAACCAGCAA +CACCATCCATACACAGGTATCAATTGGGCTGCCGCAGCATATAGACCCAATAGCAAGCTG +CTGTCCAGAAAATAGTTCCGGAAAGTAACTCAACCATCGCAAGCCCGATGCAGCTTTCAG +AGATCCGCCAGCAACCCAACTCCACTGTACCCCCAATATTAACCTGAATCGACTAACCGC +ACTTTAATTTGAAGCACATTTGTTCAATGGGTTCATGATTAACAGTGTTGCTTTTAGATT +GTACCTTTGCTTACAGATAGTAAATTGTTATGGTATCTAATCTTATTAAGAAAAAGAACG +CGATGAAGATTAACGCGACCTAGAGCGCTGCCTTCATCTCATCAATTTAACTTGTCAATA +GCGCAACCTAGTTTGTGATTACTCATCTTCCGTAGTTGGCAAACACTTTGCTGATTAATT +GTAGATATACCACAGTCATCATGGTTACATCAGGAATTCTACAATTGCCCCGTGAACGCT +TCAGAAAAACATCATTTTTTGTTTGGGTAATAATCCTATTTCACAAAGTTTTCCCTATCC +CATTGGGCGTAGTTCACAACAACACTCTCCAGGTAAGTGATATAGATAAATTGGTGTGCC +GGGATAAACTTTCCTCCACAAGTCAGCTGAAATCGGTCGGGCTTAATCTAGAAGGTAATG +GAGTTGCCACAGATGTACCAACAGCAACGAAGAGATGGGGATTCCGAGCTGGTGTTCCAC +CCAAAGTGGTGAACTACGAAGCTGGGGAGTGGGCTGAAAACTGCTACAACCTGGACATCA +AGAAAGCAGATGGTAGCGAATGCCTACCTGAAGCCCCTGAGGGTGTAAGAGGCTTCCCTC +GCTGCCGTTATGTGCACAAGGTTTCTGGAACAGGGCCGTGTCCTGAAGGTTTCGCGTTCC +ACAAAGAAGGCGCTTTCTTCCTGTATGATCGACTGGCATCAACAATCATTTATCGAAGCA +CCACGTTTTCAGAAGGTGTTGTGGCTTTCTTGATCCTCCCCAAGACTAAAAAGGACTTTT +TCCAATCACCACCACTACATGAACCGGCCAATATGACAACAGACCCATCCAGCTACTACC +ACACAGTCACACTTAATTATGTGGCTGACAATTTTGGGACCAATATGACTAACTTTCTGT +TTCAAGTGGATCATCTAACTTATGTGCAACTTGAACCAAGATTCACACCACAATTTCTTG +TCCAACTCAATGAGACCATTTATACTAATGGGCGTCGCAGCAACACCACAGGAACACTAA +TTTGGAAAGTAAATCCTACTGTTGACACCGGCGTAGGTGGATGGGCCTTCTGGGAAAATA +AAAAAACTTCACAAAAACCCTTTCAAGTGAAGAGCTGTCTGTCATATTTGTACCAAGAGC +CCAGGATCCAGGCAGCAATCAGAAGACGAAGGTCACTCCCACTAGCTTCGCCAACAACCA +AACCTCCAAGAACCACGAAGACTTGGTTCCAGAGGATCCCGCTTCAGTGGTTCAAGTGCG +AGACCTCCAGAGGGAAAACACAGTGCCGACCTCACCCTTAGACACAGTCCCCACAACTCT +GATCCCCGACACAATGGAGGAACAAACCACCAGCCACCACGAACTACCAAACATTTCCGG +AAACCATCAAGAGAGGAACAACACCGCACACCCCGAAACTCTCGCCAACAATCCCCCAGA +CAACACAACCCCGTCGACACCACCTCAAGACGGTGAGCGGACAAGTTCCCACACAACACC +CTCCCCCCGCCCAGTCCCAACCAGCACAATCCATCCCACCACACGAGAGACTCACATTCC +CACCACAATGATAACAAGCCATGATACTGACAGTAATCGACCTAACCCAATTGACATCAG +CGAGTCTACAGAGCCAGGACTACTCACCAACACCATAAGAGGGGTTGCAAATTTGCTGAC 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It has no clustering, because these mutations are scattered across the genome + +## 2026-07-07T14:07:11Z + +- Breaking change: Clade Ib outbreak sh2023 now has lineages defined. Those lineages follow the same scheme as the existing clade IIb outbreak sh2017 lineage system. The root lineage is A, B might become an alias for another lineage than in IIb/sh2017. Hence, to unambiguously refer to a lineage, the outbreak must be included as well. To faciliate this, a new outbreakLineage field has been added that concatenates outbreak and lineage separated by a slash, e.g. `sh2017/B.1`. Existing `clade`, `outbreak`, and `lineage` fields remain unchanged - except that `lineage` `A` is now assigned to both clade Ib/sh2023 lineage `A` and clade IIb/sh2017 lineage `A`. The new `outbreakLineage` field is the way to unambiguously refer to a lineage. +- New sequences that have become available on Pathoplexus between December 2025 and June 2026 are now included in the dataset. + +## 2026-04-14T11:55:23Z + +- Align `pathogen.json` metadata with the current Nextclade schema layout. + +## 2025-12-16T20:07:31Z + +- Fix clade labeling of some clade Ia sequences wrongly reported as `unassigned` instead of `Ia`. +- Add some newly released sequences. + +## 2025-12-12T16:44:41Z + +- Add placement priors to discourage attachment at the recombinant clade Ib/IIb. Previously, short sequences would be called recombinant even if they could just as well be clade Ib (which they more likely are). + +## 2025-12-10T14:52:38Z + +- Breaking change: outbreak nomenclature now follows the system described in [Ruis et al. (2025)](https://www.nature.com/articles/s41591-025-03820-6). As a result, outbreak `hMPXV-1` is now called `sh2017`. In addition, the clade Ib outbreak is labeled as outbreak `sh2023`, and the clade Ia outbreak described in [Wawina-Bokalanga et al. (2025)]() is labeled as outbreak `sh2024`. +- The clade Ib/IIb recombinant described in [Pullan et al. (2025)](https://virological.org/t/inter-clade-recombinant-mpox-virus-detected-in-england-in-a-traveller-recently-returned-from-asia/1015) is included in the reference tree with the ad-hoc clade and outbreak labels `Ib/IIb` and `recombinant`, respectively. + +## 2025-09-09T12:13:13Z + +- The 15 newly designated clade IIb outbreak lineages are now included in the dataset. A description of all new lineages is available in this [mpxv-lineages repo document](https://github.com/mpxv-lineages/lineage-designation/blob/master/designation_records/A.2.5-C.1.3-E.3.1-E-4-F.4.1-G.1-etc_2025-09-07.md). A notable new lineage is G.1, the 2025 Sierra Leone outbreak lineage, which is a descendant of A.2.2. +- Sequences released since the last update in April 2025 are now included. +- Add schema definition url to `pathogen.json`. This is a purely technical change, for convenience of dataset authors. The data itself is not modified. + +## 2025-04-25T12:24:24Z + +- Newly released sequences are included. +- Sequences are now downloaded from Pathoplexus instead of NCBI virus. This allows inclusion of restricted-use clade I sequences from INRB (Placide Mbala-Kingebeni's group) in the DRC. This nearly doubles clade I sequences available. +- Based on user feedback, the QC rule for missing data (Ns) has been made more lenient. +- Masked ranges that are ignored for placement have been updated. + +## 2024-11-19T14:18:53Z + +- 11 newly designated B.1 sublineages are now included. See for details. +- Newly shared sequences are now included + +## 2024-08-27T21:28:04Z + +- Clade Ia and clade Ib are now distinguished +- Sequences shared via Genbank since 2024 have been added + +## 2024-04-19T07:50:39Z + +- New hMPXV-1 lineages B.1.21, B.1.22, and C.1.1 are now included in the dataset. For more information on these lineages, see the [hMPXV-1 lineage definitions PR](https://github.com/mpxv-lineages/lineage-designation/pull/37) +- The sequences used in the reference trees have been updated to include the latest sequences available in Genbank as of 2024-04-16 + +## 2024-01-16T20:31:02Z + +Initial release of this dataset. This dataset is similar to the v2 dataset [`MPXV/ancestral`](https://github.com/nextstrain/nextclade_data/tree/2023-08-17--15-51-24--UTC/data/datasets/MPXV/references/ancestral/versions/2023-08-01T12%3A00%3A00Z/files) with some differences. + +### New and changed gene names + +Some genes have been renamed and one has been added. The new annotation is based on NCBI refseq annotations that were released in November 2022. The v2 dataset predates this refseq: + +- The 4 genes in the inverted terminal repeat segment (ITR) on both ends of the genome (OPG001, OPG002, OPG003,OPG015) are now all included. The genes on the 3' end (~positions 190000-197000) now have an `_dup` appended to distinguish them. +- The gene previously named `NBT03_gp052` is now called `OPG073` +- The gene previously named `NBT03_gp174` is now called `OPG016` +- The gene previously named `NBT03_gp175` is now called `OPG015_dup` +- Gene `OPG166` has been added diff --git a/data_output/nextstrain/mpox/all-clades/unreleased/README.md b/data_output/nextstrain/mpox/all-clades/unreleased/README.md new file mode 100644 index 000000000..c003210e6 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/mpox/all-clades/unreleased/README.md @@ -0,0 +1,29 @@ +# Nextclade dataset for "Mpox virus (All Clades)" + +| Key | Value | +| ---------------------- | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | +| authors | [Cornelius Roemer](https://neherlab.org), [Richard Neher](https://neherlab.org), [Nextstrain](https://nextstrain.org) | +| data source | Genbank | +| workflow | [github.com/nextstrain/mpox/nextclade](https://github.com/nextstrain/mpox/nextclade) | +| nextclade dataset path | nextstrain/mpox/all-clades | +| annotation | [NC_063383.1](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_063383) | +| clade definitions | [github.com/mpxv-lineages/lineage-designation](https://github.com/mpxv-lineages/lineage-designation) | +| related datasets | Mpox virus (Clade IIb): `nextstrain/mpox/clade-iib`
Mpox virus (Lineage B.1) `nextstrain/mpox/lineage-b.1`
Mpox virus (Clade I): `nextstrain/mpox/clade-i` | + +## Scope of this dataset + +This dataset is for Mpox viruses of all clades (Ia, Ib, IIa and IIb). For a focused analysis of sequences from clade IIb, you may want to use the more specific dataset: "Clade IIb" (`nextstrain/mpox/clade-iib`). For an even more focused analysis of clade IIb outbreak sh2017 lineage B.1 sequences (lineage B.1 and sublineages), you may want to use the even more specific dataset: "Lineage B.1" (`nextstrain/mpox/lineage-b.1`). For clade I sequences, you may want to use the dataset "Clade I" (`nextstrain/mpox/clade-i`). + +## Clade, outbreak and lineage nomenclature + +The clade, outbreak and lineage nomenclature used in this dataset is described in [Ruis et al. (2025)](https://www.nature.com/articles/s41591-025-03820-6). Clades comprise Ia, Ib, IIa, and IIb. Outbreaks are labeled as `sh2017` (clade IIb), `sh2023` (clade Ib), and `sh2024` (clade Ia). Some outbreaks have lineage systems that follow [Happi et al. (2022)](https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3001769). To unambiguously refer to a lineage, include the outbreak, e.g. `sh2017/B.1` for clade IIb outbreak sh2017 lineage B.1. Up to date outbreak and lineage definitions, including aliases, defining mutations and reference sequences are available at [github.com/mpxv-lineages/lineage-designation](https://github.com/mpxv-lineages/lineage-designation). + +## Reference sequence and reference tree + +The reference used in this dataset is the clade IIb NCBI refseq `NC_063383.1` (Isolate `MPXV-M5312_HM12_Rivers`). + +Sequences for the reference tree come from NCBI/Genbank and are downsampled to around 900 sequences from the diversity of clades, lineages, countries and collection dates. + +## Further reading + +Read more about Nextclade datasets in Nextclade documentation: https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/datasets.html diff --git a/data_output/nextstrain/mpox/all-clades/unreleased/dataset.zip b/data_output/nextstrain/mpox/all-clades/unreleased/dataset.zip new file mode 100644 index 000000000..c20260ba3 Binary files /dev/null and b/data_output/nextstrain/mpox/all-clades/unreleased/dataset.zip differ diff --git a/data_output/nextstrain/mpox/all-clades/unreleased/genome_annotation.gff3 b/data_output/nextstrain/mpox/all-clades/unreleased/genome_annotation.gff3 new file mode 100644 index 000000000..432d54659 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/mpox/all-clades/unreleased/genome_annotation.gff3 @@ -0,0 +1,391 @@ +##gff-version 3 +#!gff-spec-version 1.21 +#!processor NCBI annotwriter +##sequence-region NC_063383.1 1 197209 +##species https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=10244 +NC_063383.1 RefSeq region 1 197209 . + . ID=NC_063383.1:1..197209;Dbxref=taxon:10244;collection-date=2018-08;country=Nigeria: Rivers State;gbkey=Src;genome=genomic;genotype=MPXV clade 2;isolate=MPXV-M5312_HM12_Rivers;mol_type=genomic DNA;nat-host=Homo sapiens +NC_063383.1 RefSeq long_terminal_repeat 1 6422 . - . ID=id-NC_063383.1:1..6422;gbkey=repeat_region;rpt_type=long_terminal_repeat +NC_063383.1 RefSeq gene 835 1575 . - . 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ID=gene-NBT03_gp143;Dbxref=GeneID:72551559;Name=OPG165;gbkey=Gene;gene=OPG165;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp143;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-149 +NC_063383.1 RefSeq CDS 143516 144322 . + 0 ID=cds-YP_010377146.1;Parent=gene-NBT03_gp143;Dbxref=GenBank:YP_010377146.1,GeneID:72551559;Name=OPG165;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp149%3B Hypothetical protein%3B similar to VACV-WR A39R and VACV-Cop A37R;gbkey=CDS;gene=OPG165;locus_tag=NBT03_gp143;product=CPXV173 protein;protein_id=YP_010377146.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 144398 144577 . + . ID=gene-NBT03_gp144;Dbxref=GeneID:72551560;Name=OPG166;gbkey=Gene;gene=OPG166;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp144 +NC_063383.1 RefSeq CDS 144398 144577 . + 0 ID=cds-YP_010415322.1;Parent=gene-NBT03_gp144;Dbxref=GenBank:YP_010415322.1,GeneID:72551560;Name=OPG166;Note=Hypothetical protein%3B according to YP_233043.1%2C this VACV-WR protein was purified by sucrose gradient centrifugation%3B similar to VACWR161 and VARGAR-A43R;gbkey=CDS;gene=OPG166;locus_tag=NBT03_gp144;product=hypothetical protein;protein_id=YP_010415322.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 144574 145407 . - . ID=gene-NBT03_gp145;Dbxref=GeneID:72551561;Name=OPG167;gbkey=Gene;gene=OPG167;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp145;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-150 +NC_063383.1 RefSeq CDS 144574 145407 . - 0 ID=cds-YP_010377147.1;Parent=gene-NBT03_gp145;Dbxref=GenBank:YP_010377147.1,GeneID:72551561;Name=OPG167;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp150%3B integral membrane glycoprotein%3B immunoglobulin-like%3B regulation of the influx of extracellular Ca2+%3B CD47-like%3B similar to VACV-WR A40L and VACV-Cop A38L;gbkey=CDS;gene=OPG167;locus_tag=NBT03_gp145;product=CD47-like protein;protein_id=YP_010377147.1 +NC_063383.1 RefSeq sequence_feature 145423 145856 . + . ID=id-NC_063383.1:145423..145856;exon_number=OPG168;gbkey=misc_feature;number=OPG168 +NC_063383.1 RefSeq sequence_feature 145857 146039 . + . ID=id-NC_063383.1:145857..146039;exon_number=OPG169;gbkey=misc_feature;number=OPG169 +NC_063383.1 RefSeq gene 146113 146778 . - . ID=gene-NBT03_gp146;Dbxref=GeneID:72551562;Name=OPG170;gbkey=Gene;gene=OPG170;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp146;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-151 +NC_063383.1 RefSeq CDS 146113 146778 . - 0 ID=cds-YP_010377148.1;Parent=gene-NBT03_gp146;Dbxref=GenBank:YP_010377148.1,GeneID:72551562;Name=OPG170;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp151%3B secreted protein reducing infiltration of inflammatory cells into the infected area%3B Chemokine binding protein%3B similar to VACV-WR A41L and VACV-Cop A41L;gbkey=CDS;gene=OPG170;locus_tag=NBT03_gp146;product=Chemokine binding protein;protein_id=YP_010377148.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 146988 147389 . + . ID=gene-NBT03_gp147;Dbxref=GeneID:72551563;Name=OPG171;gbkey=Gene;gene=OPG171;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp147;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-152 +NC_063383.1 RefSeq CDS 146988 147389 . + 0 ID=cds-YP_010377149.1;Parent=gene-NBT03_gp147;Dbxref=GenBank:YP_010377149.1,GeneID:72551563;Name=OPG171;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp152%3B Profilin-like protein%2C ATI-localized%3B similar to VACV-WR A42R and VACV-Cop A42R;gbkey=CDS;gene=OPG171;locus_tag=NBT03_gp147;product=Profilin domain protein;protein_id=YP_010377149.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 147427 148017 . + . ID=gene-NBT03_gp148;Dbxref=GeneID:72551564;Name=OPG172;gbkey=Gene;gene=OPG172;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp148;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-153 +NC_063383.1 RefSeq CDS 147427 148017 . + 0 ID=cds-YP_010377150.1;Parent=gene-NBT03_gp148;Dbxref=GenBank:YP_010377150.1,GeneID:72551564;Name=OPG172;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp153%3B Type I membrane glycoprotein%3B similar to VACV-WR A43R and VACV-Cop A43R;gbkey=CDS;gene=OPG172;locus_tag=NBT03_gp148;product=Type-I membrane glycoprotein;protein_id=YP_010377150.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 148037 148261 . + . ID=gene-NBT03_gp149;Dbxref=GeneID:72551565;Name=OPG173;gbkey=Gene;gene=OPG173;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp149;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-154 +NC_063383.1 RefSeq CDS 148037 148261 . + 0 ID=cds-YP_010377151.1;Parent=gene-NBT03_gp149;Dbxref=GenBank:YP_010377151.1,GeneID:72551565;Name=OPG173;Note=Old product: MPXVgp154%3B Hypothetical protein%3B similar to VACV-WR A44R and VACV-Cop A43.5R;gbkey=CDS;gene=OPG173;locus_tag=NBT03_gp149;product=MPXVgp154;protein_id=YP_010377151.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 148355 149395 . - . 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ID=gene-NBT03_gp162;Dbxref=GeneID:72551578;Name=OPG192;gbkey=Gene;gene=OPG192;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp162;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-168 +NC_063383.1 RefSeq CDS 166731 167279 . + 0 ID=cds-YP_010377164.1;Parent=gene-NBT03_gp162;Dbxref=GenBank:YP_010377164.1,GeneID:72551578;Name=OPG192;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp169%3B Virulence%2C ER resident%3B similar to VACV-WR B8R and VACV-Cop B7R;gbkey=CDS;gene=OPG192;locus_tag=NBT03_gp162;product=Virulence protein;protein_id=YP_010377164.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 167334 168137 . + . 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ID=gene-NBT03_gp165;Dbxref=GeneID:72551581;Name=OPG197;gbkey=Gene;gene=OPG197;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp165;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-171 +NC_063383.1 RefSeq CDS 169670 169972 . + 0 ID=cds-YP_010377167.1;Parent=gene-NBT03_gp165;Dbxref=GenBank:YP_010377167.1,GeneID:72551581;Name=OPG197;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Hypothetical protein%3B similar to VACV-Cop-B11R;gbkey=CDS;gene=OPG197;locus_tag=NBT03_gp165;product=CPXV205 protein;protein_id=YP_010377167.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 170038 170886 . + . 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+>PQ220057.1 |Democratic Republic of the Congo: South Kivu, Kamituga|2024-01-10 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+>PQ178860.1 |Portugal|2024-07-16 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ATTCATGTGATTATACTAACAACCGTCCTACAATTAAACAACATTACTTTTATAACGGCGAAGAATATACTGAAATTG diff --git a/data_output/nextstrain/mpox/all-clades/unreleased/tree.json b/data_output/nextstrain/mpox/all-clades/unreleased/tree.json new file mode 100644 index 000000000..b699eb3b3 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/mpox/all-clades/unreleased/tree.json @@ -0,0 +1 @@ +{"version":"v2","meta":{"title":"Nextclade reference tree for Mpox virus (All clades) dataset","updated":"2026-06-30","build_url":"https://github.com/nextstrain/mpox/tree/master/nextclade","data_provenance":[{"name":"Pathoplexus","url":"https://pathoplexus.org/mpox"},{"name":"Genbank","url":"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/"}],"maintainers":[{"name":"Cornelius Roemer","url":"https://neherlab.org"},{"name":"Richard Neher","url":"https://neherlab.org"},{"name":"Nextstrain 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School of Public Health, Imperial College London, London, UK.; Instituto de Medicina Tropical, Departamento Mol\u00e9stias Infecciosas e Parasit\u00e1rias, Faculdade de Medicina da Universidade de S\u00e3o Paulo, S\u00e3o Paulo, S\u00e3o Paulo, Brazil.; University of Kentucky, Lexington, Kentucky, USA.; Federal University of Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.; University of Birmingham, Birmingham, UK.; Institut National de Recherche Biom\u00e9dicale, Kinshasa, Democratic Republic of 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Paris, France; Virology Laboratory, Institut Pasteur du Laos, Ministry of Health, Vientiane, Lao PDR ; Institut Pasteur de Bangui, Bangui, Central African Republic; Institut Pasteur, Universite Paris Cite, EPVO, Paris, France ; Institut Pasteur, Universite Paris Cite, EPVO, Paris, 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It has no clustering, because these mutations are scattered across the genome + +## 2026-07-07T14:07:11Z + +- Breaking change: Clade Ib outbreak sh2023 now has lineages defined. Those lineages follow the same scheme as the existing clade IIb outbreak sh2017 lineage system. The root lineage is A, and B might become an alias for another lineage than in IIb/sh2017. Hence, to unambiguously refer to a lineage, the outbreak must be included as well. To facilitate this, a new `outbreakLineage` field has been added that concatenates outbreak and lineage separated by a slash, e.g. `sh2023/A.1`. Existing `clade`, `outbreak`, and `lineage` fields remain unchanged - except that `lineage` `A` is now assigned to both clade Ib/sh2023 lineage `A` and (in datasets that contain it) clade IIb/sh2017 lineage `A`. The new `outbreakLineage` field is the way to unambiguously refer to a lineage. +- New sequences that have become available on Pathoplexus between December 2025 and June 2026 are now included in the dataset. +- The range 185990-186092 is no longer masked for placement. It is informative, reliable and relevant for assignment `sh2023/A.1`. + +## 2026-04-14T11:55:23Z + +- Align `pathogen.json` metadata with the current Nextclade schema layout. + +## 2025-12-10T14:52:38Z + +- Breaking change: outbreak nomenclature now follows the system described in [Ruis et al. (2025)](https://www.nature.com/articles/s41591-025-03820-6). As a result, outbreak `hMPXV-1` is now called `sh2017`. In addition, the clade Ib outbreak is labeled as outbreak `sh2023`, and the clade Ia outbreak described in [Wawina-Bokalanga et al. (2025)]() is labeled as outbreak `sh2024`. + +## 2025-09-09T12:13:13Z + +- Sequences released since the last update in April 2025 are now included. +- Add schema definition url to `pathogen.json`. This is a purely technical change, for convenience of dataset authors. The data itself is not modified. + +## 2025-04-25T12:24:24Z + +- Newly released sequences are included. +- Sequences are now downloaded from Pathoplexus instead of NCBI virus. This allows inclusion of restricted-use clade I sequences from INRB (Placide Mbala-Kingebeni's group) in the DRC. This nearly doubles clade I sequences available. +- Based on user feedback, the QC rule for missing data (Ns) has been made more lenient. +- Masked ranges that are ignored for placement have been updated. + +## 2025-03-26T11:47:13Z + +Fix GFF3 format issues in genome annotation + +## 2024-11-19T14:18:53Z + +- Newly shared sequences are now included + +## 2024-08-01T22:31:31Z + +Initial release of this dataset. diff --git a/data_output/nextstrain/mpox/clade-i/unreleased/README.md b/data_output/nextstrain/mpox/clade-i/unreleased/README.md new file mode 100644 index 000000000..58947476b --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/mpox/clade-i/unreleased/README.md @@ -0,0 +1,32 @@ +# Nextclade dataset for "Mpox virus (Clade I)" + +| Key | Value | +| ---------------------- | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | +| authors | [Cornelius Roemer](https://neherlab.org), [Richard Neher](https://neherlab.org), [Nextstrain](https://nextstrain.org) | +| data source | Genbank | +| workflow | [github.com/nextstrain/mpox/nextclade](https://github.com/nextstrain/mpox/nextclade) | +| nextclade dataset path | nextstrain/mpox/clade-i | +| reference | [DQ011155.1](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/DQ011155.1), isolate `Zaire_1979-005`, an early complete clade I sequence | +| annotation | based on [DQ011155.1](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/DQ011155.1), but with genes called by modern names (OPGXXX) | +| clade definitions | [github.com/mpxv-lineages/lineage-designation](https://github.com/mpxv-lineages/lineage-designation) | +| related datasets | Mpox virus (All clades): `nextstrain/mpox/all-clades`
Mpox virus (clade IIb) `nextstrain/mpox/clade-iib`
Mpox virus (Lineage B.1 within clade IIb) `nextstrain/mpox/lineage-b.1` | + +## Scope of this dataset + +This dataset is for Mpox viruses of clade I (Ia and Ib). A broader dataset for all clades I, IIa and IIb is available under `nextstrain/mpox/all-clades`. + +## Reference sequence and reference tree + +The reference used in this dataset is [DQ011155.1](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/DQ011155.1), an early complete clade I sequence (Isolate `Zaire_1979-005`). + +This is in contrast to the reference used in the other Nextclade mpox datasets, which use a clade IIb reference sequence. + +The reference tree consists of all good quality clade I sequences available within Genbank at the time of dataset creation (with identical sequences deduplicated to 1), as well as 3 outgroup genomes (a reconstructed ancestor of all clades, and one sequence for each of clade IIa and clade IIb). + +## Clade, outbreak and lineage nomenclature + +The clade, outbreak and lineage nomenclature used in this dataset is described in [Ruis et al. (2025)](https://www.nature.com/articles/s41591-025-03820-6). Clade I comprises clades Ia and Ib. The clade Ib outbreak is labeled `sh2023` and the clade Ia outbreak described in [Wawina-Bokalanga et al. (2025)]() is labeled `sh2024`. Clade Ib outbreak sh2023 now has a lineage system that follows [Happi et al. (2022)](https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3001769), reusing the same lineage names as clade IIb outbreak sh2017. To unambiguously refer to a lineage, include the outbreak, e.g. `sh2023/A.1` for clade Ib outbreak sh2023 lineage A.1. Up to date outbreak and lineage definitions, including aliases, defining mutations and reference sequences are available at [github.com/mpxv-lineages/lineage-designation](https://github.com/mpxv-lineages/lineage-designation). + +## Further reading + +Read more about Nextclade datasets in the Nextclade documentation: https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/datasets.html diff --git a/data_output/nextstrain/mpox/clade-i/unreleased/dataset.zip b/data_output/nextstrain/mpox/clade-i/unreleased/dataset.zip new file mode 100644 index 000000000..651b9adc4 Binary files /dev/null and b/data_output/nextstrain/mpox/clade-i/unreleased/dataset.zip differ diff --git a/data_output/nextstrain/mpox/clade-i/unreleased/genome_annotation.gff3 b/data_output/nextstrain/mpox/clade-i/unreleased/genome_annotation.gff3 new file mode 100644 index 000000000..e4894eabe --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/mpox/clade-i/unreleased/genome_annotation.gff3 @@ -0,0 +1,383 @@ +##gff-version 3 +##sequence-region NC_003310.1 1 196967 +NC_003310.1 RefSeq region 1 196967 . + . ID=NC_003310.1:1..196858;Dbxref=taxon:10244;collection-date=1996;country=Zaire: Sankuru subregion%2C Kasdai Oriental;gbkey=Src;genome=genomic;genotype=MPXV clade 1;mol_type=genomic DNA;nat-host=Homo sapiens;note=isolated in rhesus monkey kidney cell culture LLC-MK2 from a scab sample of a monkeypox patient residing in the Sankuru subregion%2C Kasdai Oriental%2C Zaire during a human monkeypox outbreak in 1996;strain=Zaire-96-I-16 +NC_003310.1 RefSeq long_terminal_repeat 1 6389 . - . ID=id-NC_003310.1:1..6378;gbkey=repeat_region;rpt_type=long_terminal_repeat +NC_003310.1 RefSeq gene 884 1624 . - . 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ID=gene-MPXV_gp046;Dbxref=GeneID:928998;Name=OPG065;gbkey=Gene;gene=OPG065;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp046 +NC_003310.1 RefSeq CDS 48166 48627 . - 0 ID=cds-NP_536479.1;Parent=gene-MPXV_gp046;Dbxref=GenBank:NP_536479.1,GeneID:928998;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: F3L%3B interferon resistance factor%3B two forms (25 kDa and 19 kDa) of the dsRNA-binding protein%3B inhibition of dsRNA-dependent protein kinase and 2-5A-synthet%3B dsRNA-binding protein%2C IFN resistance/PKR inhibitor (Z-DNA binding)%3B apoptosis inhibition%3B start of ORF is missing approx. 37 AA compared to CPXVs%3B similar to VACV-WR F3L and VACV-Cop E3L;gbkey=CDS;gene=OPG065;locus_tag=MPXV_gp046;product=Double-stranded RNA binding protein;protein_id=NP_536479.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 48788 49567 . - . ID=gene-MPXV_gp047;Dbxref=GeneID:929002;Name=OPG066;gbkey=Gene;gene=OPG066;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp047 +NC_003310.1 RefSeq CDS 48788 49567 . - 0 ID=cds-NP_536480.1;Parent=gene-MPXV_gp047;Dbxref=GenBank:NP_536480.1,GeneID:929002;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: F4L%3B RNA polymerase 30 kDa subunit (RPO30)%3B simultaneously intermediate stage promoter-specific transcription factor%2C VITF-1%3B similar to VACV-WR F4L and VACV-Cop E4L;gbkey=CDS;gene=OPG066;locus_tag=MPXV_gp047;product=DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide;protein_id=NP_536480.1 +NC_003310.1 RefSeq sequence_feature 49664 50452 . + . ID=id-NC_003310.1:49546..50341;Note=OPG067;gbkey=misc_feature +NC_003310.1 RefSeq gene 50588 52291 . + . 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ID=gene-MPXV_gp098;Dbxref=GeneID:928933;Name=OPG118;gbkey=Gene;gene=OPG118;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp098 +NC_003310.1 RefSeq CDS 100843 102756 . + 0 ID=cds-NP_536530.1;Parent=gene-MPXV_gp098;Dbxref=GenBank:NP_536530.1,GeneID:928933;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: E6R%3B early transcription factor%2C small subunit%2C VETF-s%3B Morphogenesis%3B similar to VACV-WR E6R and VACV-Cop D6R;gbkey=CDS;gene=OPG118;locus_tag=MPXV_gp098;product=Early transcription factor 70 kDa subunit;protein_id=NP_536530.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 102783 103268 . + . ID=gene-MPXV_gp099;Dbxref=GeneID:929015;Name=OPG119;gbkey=Gene;gene=OPG119;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp099 +NC_003310.1 RefSeq CDS 102783 103268 . + 0 ID=cds-NP_536531.1;Parent=gene-MPXV_gp099;Dbxref=GenBank:NP_536531.1,GeneID:929015;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: E7R%3B RNA polymerase%2C 18 kDa subunit (RPO18)%3B similar to VACV-WR E7R and VACV-Cop D7R;gbkey=CDS;gene=OPG119;locus_tag=MPXV_gp099;product=RNA polymerase subunit RPO18;protein_id=NP_536531.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 103231 104145 . - . ID=gene-MPXV_gp100;Dbxref=GeneID:929017;Name=OPG120;gbkey=Gene;gene=OPG120;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp100 +NC_003310.1 RefSeq CDS 103231 104145 . - 0 ID=cds-NP_536532.1;Parent=gene-MPXV_gp100;Dbxref=GenBank:NP_536532.1,GeneID:929017;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: E8L%3B IMV surface membrane 32 kDa protein%3B binding to cell surface chondroitin sulfate%3B IMV adsorption to cell surface%3B GAG-binding IMV membrane protein%3B similar to VACV-WR E8L and VACV-Cop D8L;gbkey=CDS;gene=OPG120;locus_tag=MPXV_gp100;product=Carbonic anhydrase;protein_id=NP_536532.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 104187 104828 . + . 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ID=gene-MPXV_gp122;Dbxref=GeneID:929000;Name=OPG142;gbkey=Gene;gene=OPG142;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp122 +NC_003310.1 RefSeq CDS 124312 124596 . - 0 ID=cds-NP_536553.1;Parent=gene-MPXV_gp122;Dbxref=GenBank:NP_536553.1,GeneID:929000;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A16L%3B Core protein%3B similar to VACV-WR A16L and VACV-Cop A15L;gbkey=CDS;gene=OPG142;locus_tag=MPXV_gp122;product=Core protein A15;protein_id=NP_536553.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 124580 125713 . - . 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ID=gene-MPXV_gp124;Dbxref=GeneID:928995;Name=OPG144;gbkey=Gene;gene=OPG144;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp124 +NC_003310.1 RefSeq CDS 125716 126330 . - 0 ID=cds-NP_536555.1;Parent=gene-MPXV_gp124;Dbxref=GenBank:NP_536555.1,GeneID:928995;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A18L%3B IMV surface membrane protein%3B early function in virion morphgenesis%3B similar to VACV-WR A18L and VACV-Cop A17L;gbkey=CDS;gene=OPG144;locus_tag=MPXV_gp124;product=IMV membrane protein P21;protein_id=NP_536555.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 126345 127823 . + . ID=gene-MPXV_gp125;Dbxref=GeneID:928993;Name=OPG145;gbkey=Gene;gene=OPG145;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp125 +NC_003310.1 RefSeq CDS 126345 127823 . + 0 ID=cds-NP_536556.1;Parent=gene-MPXV_gp125;Dbxref=GenBank:NP_536556.1,GeneID:928993;Note=Taxonomic breadth: poxviridae%3B Old product: A19R%3B virion core associated DNA helicase%3B post-replicative negative transcription elongation factor%3B transcript release factor%3B similar to VACV-WR A19R and VACV-Cop A18R;gbkey=CDS;gene=OPG145;locus_tag=MPXV_gp125;product=DNA helicase;protein_id=NP_536556.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 127804 128037 . - . 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ID=gene-MPXV_gp127;Dbxref=GeneID:928990;Name=OPG147;gbkey=Gene;gene=OPG147;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp127 +NC_003310.1 RefSeq CDS 128038 128385 . - 0 ID=cds-NP_536558.1;Parent=gene-MPXV_gp127;Dbxref=GenBank:NP_536558.1,GeneID:928990;Note=Taxonomic breadth: poxviridae%3B Old product: A21L%3B IMV membrane protein%2C entry/fusion complex component%3B similar to VACV-WR A21L and VACV-Cop A21L;gbkey=CDS;gene=OPG147;locus_tag=MPXV_gp127;product=IMV membrane protein A21;protein_id=NP_536558.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 128384 129664 . + . 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ID=gene-MPXV_gp131;Dbxref=GeneID:928976;Name=OPG151;gbkey=Gene;gene=OPG151;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp131 +NC_003310.1 RefSeq CDS 131322 134816 . + 0 ID=cds-NP_536562.1;Parent=gene-MPXV_gp131;Dbxref=GenBank:NP_536562.1,GeneID:928976;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A25R%3B RNA polymerase%2C 132 kDa subunit (RPO132)%3B similar to VACV-WR A25R and VACV-Cop A24R;gbkey=CDS;gene=OPG151;locus_tag=MPXV_gp131;product=DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo132;protein_id=NP_536562.1 +NC_003310.1 RefSeq sequence_feature 134794 138017 . - . ID=id-NC_003310.1:134679..137905;Note=OPG152;gbkey=misc_feature +NC_003310.1 RefSeq gene 138063 139613 . - . ID=gene-MPXV_gp132;Dbxref=GeneID:928967;Name=OPG153;gbkey=Gene;gene=OPG153;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp132 +NC_003310.1 RefSeq CDS 138063 139613 . - 0 ID=cds-NP_536565.1;Parent=gene-MPXV_gp132;Dbxref=GenBank:NP_536565.1,GeneID:928967;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A28L%3B major component of IMV surface tubules%3B A-type inclusion protein%3B P4c precursor%3B similar to VACV-WR A28L and VACV-Cop A26L;gbkey=CDS;gene=OPG153;locus_tag=MPXV_gp132;product=Orthopoxvirus A26L/A30L protein;protein_id=NP_536565.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 139664 139996 . - . ID=gene-MPXV_gp133;Dbxref=GeneID:928966;Name=OPG154;gbkey=Gene;gene=OPG154;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp133 +NC_003310.1 RefSeq CDS 139664 139996 . - 0 ID=cds-NP_536566.1;Parent=gene-MPXV_gp133;Dbxref=GenBank:NP_536566.1,GeneID:928966;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A29L%3B IMV surface membrane 14 kDa fusion protein%3B binding to cell surface heparan%3B similar to VACV-WR A29L and VACV-Cop A27L;gbkey=CDS;gene=OPG154;locus_tag=MPXV_gp133;product=IMV surface fusion protein;protein_id=NP_536566.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 139997 140437 . - . ID=gene-MPXV_gp134;Dbxref=GeneID:928965;Name=OPG155;gbkey=Gene;gene=OPG155;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp134 +NC_003310.1 RefSeq CDS 139997 140437 . - 0 ID=cds-NP_536567.1;Parent=gene-MPXV_gp134;Dbxref=GenBank:NP_536567.1,GeneID:928965;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A30L%3B IMV MP/Virus entry%3B similar to VACV-WR A30L and VACV-Cop A28L;gbkey=CDS;gene=OPG155;locus_tag=MPXV_gp134;product=Envelope protein A28 homolog;protein_id=NP_536567.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 140438 141355 . - . ID=gene-MPXV_gp135;Dbxref=GeneID:928963;Name=OPG156;gbkey=Gene;gene=OPG156;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp135 +NC_003310.1 RefSeq CDS 140438 141355 . - 0 ID=cds-NP_536568.1;Parent=gene-MPXV_gp135;Dbxref=GenBank:NP_536568.1,GeneID:928963;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A31L%3B RNA polymerase%2C 35 kDa subunit (RPO35)%3B similar to VACV-WR A31L and VACV-Cop A29L;gbkey=CDS;gene=OPG156;locus_tag=MPXV_gp135;product=DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit;protein_id=NP_536568.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 141318 141551 . - . ID=gene-MPXV_gp136;Dbxref=GeneID:928962;Name=OPG157;gbkey=Gene;gene=OPG157;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp136 +NC_003310.1 RefSeq CDS 141318 141551 . - 0 ID=cds-NP_536569.1;Parent=gene-MPXV_gp136;Dbxref=GenBank:NP_536569.1,GeneID:928962;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A32L%3B IMV protein%3B similar to VACV-WR A32L and VACV-Cop A30L;gbkey=CDS;gene=OPG157;locus_tag=MPXV_gp136;product=IMV membrane protein A30;protein_id=NP_536569.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 141584 141712 . - . ID=gene-MPXV_gp137;Dbxref=GeneID:74814293;Name=OPG158;gbkey=Gene;gene=OPG158;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp137 +NC_003310.1 RefSeq CDS 141584 141712 . - 0 ID=cds-YP_010466082.1;Parent=gene-MPXV_gp137;Dbxref=GenBank:YP_010466082.1,GeneID:74814293;Note=Viral membrane assembly proteins (VMAP)%3B similar to VACV-Cop A30.5L;gbkey=CDS;gene=OPG158;locus_tag=MPXV_gp137;product=A32.5L;protein_id=YP_010466082.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 141711 142148 . + . ID=gene-MPXV_gp138;Dbxref=GeneID:928961;Name=OPG159;gbkey=Gene;gene=OPG159;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp138 +NC_003310.1 RefSeq CDS 141711 142148 . + 0 ID=cds-NP_536570.1;Parent=gene-MPXV_gp138;Dbxref=GenBank:NP_536570.1,GeneID:928961;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A33R%3B Hypothetical protein%3B similar to VACV-WR A33R and VACV-Cop A31R;gbkey=CDS;gene=OPG159;locus_tag=MPXV_gp138;product=CPXV166 protein;protein_id=NP_536570.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 142115 143017 . - . ID=gene-MPXV_gp139;Dbxref=GeneID:928960;Name=OPG160;gbkey=Gene;gene=OPG160;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp139 +NC_003310.1 RefSeq CDS 142115 143017 . - 0 ID=cds-NP_536571.1;Parent=gene-MPXV_gp139;Dbxref=GenBank:NP_536571.1,GeneID:928960;Note=Taxonomic breadth: poxviridae%3B Old product: A34L%3B DNA packaging into virion%3B NTP-binding motif A%3B ATPase/DNA packaging protein%3B similar to VACV-WR A34L and VACV-Cop A32L;gbkey=CDS;gene=OPG160;locus_tag=MPXV_gp139;product=ATPase A32;protein_id=NP_536571.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 143045 143590 . + . ID=gene-MPXV_gp140;Dbxref=GeneID:928958;Name=OPG161;gbkey=Gene;gene=OPG161;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp140 +NC_003310.1 RefSeq CDS 143045 143590 . + 0 ID=cds-NP_536572.1;Parent=gene-MPXV_gp140;Dbxref=GenBank:NP_536572.1,GeneID:928958;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A35R%3B EEV envelope glycoprotein%2C needed for formation of actin-containing microvilli and cell-to-cell spread of virion%3B interacts with VAC A36R%3B EEV membrane phosphoglycoprotein%2C C-type lectin-like domain%3B similar to VACV-WR A35R and VACV-Cop A33R;gbkey=CDS;gene=OPG161;locus_tag=MPXV_gp140;product=EEV glycoprotein (1);protein_id=NP_536572.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 143595 144101 . + . ID=gene-MPXV_gp141;Dbxref=GeneID:928957;Name=OPG162;gbkey=Gene;gene=OPG162;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp141 +NC_003310.1 RefSeq CDS 143595 144101 . + 0 ID=cds-NP_536573.1;Parent=gene-MPXV_gp141;Dbxref=GenBank:NP_536573.1,GeneID:928957;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A36R%3B EEV envelope glycoprotein%2C lectin-like%3B required for infectivity of EEV%2C formation of actin-containing microvilli%2C and cell-to-cell spread of virion%3B C-type lectin-like IEV/EEV glycoprotein%3B similar to VACV-WR A36R and VACV-Cop A34R;gbkey=CDS;gene=OPG162;locus_tag=MPXV_gp141;product=EEV glycoprotein (2);protein_id=NP_536573.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 144145 144675 . + . ID=gene-MPXV_gp142;Dbxref=GeneID:928956;Name=OPG163;gbkey=Gene;gene=OPG163;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp142 +NC_003310.1 RefSeq CDS 144145 144675 . + 0 ID=cds-NP_536574.1;Parent=gene-MPXV_gp142;Dbxref=GenBank:NP_536574.1,GeneID:928956;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A37R%3B MHC class II antigen presentation inhibitor%3B similar to VACV-WR A37R and VACV-Cop A35R;gbkey=CDS;gene=OPG163;locus_tag=MPXV_gp142;product=MHC class II antigen presentation inhibitor;protein_id=NP_536574.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 144720 145358 . + . ID=gene-MPXV_gp143;Dbxref=GeneID:928954;Name=OPG164;gbkey=Gene;gene=OPG164;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp143 +NC_003310.1 RefSeq CDS 144720 145358 . + 0 ID=cds-NP_536575.1;Parent=gene-MPXV_gp143;Dbxref=GenBank:NP_536575.1,GeneID:928954;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A38R%3B IEV but not CEV envelope protein%3B plays critical role for actin tail formation%3B interacts with VAC A33R and A34R%3B IEV transmembrane phosphoprotein%3B similar to VACV-WR A38R and VACV-Cop A36R;gbkey=CDS;gene=OPG164;locus_tag=MPXV_gp143;product=IEV transmembrane phosphoprotein;protein_id=NP_536575.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 145460 146266 . + . ID=gene-MPXV_gp144;Dbxref=GeneID:928953;Name=OPG165;gbkey=Gene;gene=OPG165;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp144 +NC_003310.1 RefSeq CDS 145460 146266 . + 0 ID=cds-NP_536576.1;Parent=gene-MPXV_gp144;Dbxref=GenBank:NP_536576.1,GeneID:928953;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A39R%3B Hypothetical protein%3B similar to VACV-WR A39R and VACV-Cop A37R;gbkey=CDS;gene=OPG165;locus_tag=MPXV_gp144;product=CPXV173 protein;protein_id=NP_536576.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 146341 146520 . + . ID=gene-MPXV_gp145;Dbxref=GeneID:74814294;Name=OPG166;gbkey=Gene;gene=OPG166;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp145 +NC_003310.1 RefSeq CDS 146341 146520 . + 0 ID=cds-YP_010466083.1;Parent=gene-MPXV_gp145;Dbxref=GenBank:YP_010466083.1,GeneID:74814294;Note=Hypothetical protein%3B according to YP_233043.1%2C this VACV-WR protein was purified by sucrose gradient centrifugation%3B similar to VACWR161 and VARGAR-A43R;gbkey=CDS;gene=OPG166;locus_tag=MPXV_gp145;product=hypothetical protein;protein_id=YP_010466083.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 146517 147350 . - . ID=gene-MPXV_gp146;Dbxref=GeneID:928948;Name=OPG167;gbkey=Gene;gene=OPG167;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp146 +NC_003310.1 RefSeq CDS 146517 147350 . - 0 ID=cds-NP_536577.1;Parent=gene-MPXV_gp146;Dbxref=GenBank:NP_536577.1,GeneID:928948;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A40L%3B integral membrane glycoprotein%3B immunoglobulin-like%3B regulation of the influx of extracellular Ca2+%3B CD47-like%3B similar to VACV-WR A40L and VACV-Cop A38L;gbkey=CDS;gene=OPG167;locus_tag=MPXV_gp146;product=CD47-like protein;protein_id=NP_536577.1 +NC_003310.1 RefSeq sequence_feature 147366 147799 . + . ID=id-NC_003310.1:147270..147703;Note=OPG168;gbkey=misc_feature +NC_003310.1 RefSeq sequence_feature 147800 147982 . + . ID=id-NC_003310.1:147704..147886;Note=OPG169;gbkey=misc_feature +NC_003310.1 RefSeq gene 148077 148742 . - . ID=gene-MPXV_gp147;Dbxref=GeneID:928947;Name=OPG170;gbkey=Gene;gene=OPG170;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp147 +NC_003310.1 RefSeq CDS 148077 148742 . - 0 ID=cds-NP_536578.1;Parent=gene-MPXV_gp147;Dbxref=GenBank:NP_536578.1,GeneID:928947;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A41L%3B secreted protein reducing infiltration of inflammatory cells into the infected area%3B Chemokine binding protein%3B similar to VACV-WR A41L and VACV-Cop A41L;gbkey=CDS;gene=OPG170;locus_tag=MPXV_gp147;product=Chemokine binding protein;protein_id=NP_536578.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 148962 149363 . + . ID=gene-MPXV_gp148;Dbxref=GeneID:928946;Name=OPG171;gbkey=Gene;gene=OPG171;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp148 +NC_003310.1 RefSeq CDS 148962 149363 . + 0 ID=cds-NP_536579.1;Parent=gene-MPXV_gp148;Dbxref=GenBank:NP_536579.1,GeneID:928946;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A42R%3B Profilin-like protein%2C ATI-localized%3B similar to VACV-WR A42R and VACV-Cop A42R;gbkey=CDS;gene=OPG171;locus_tag=MPXV_gp148;product=Profilin domain protein;protein_id=NP_536579.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 149401 149997 . + . ID=gene-MPXV_gp149;Dbxref=GeneID:928944;Name=OPG172;gbkey=Gene;gene=OPG172;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp149 +NC_003310.1 RefSeq CDS 149401 149997 . + 0 ID=cds-NP_536580.1;Parent=gene-MPXV_gp149;Dbxref=GenBank:NP_536580.1,GeneID:928944;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A43R%3B Type I membrane glycoprotein%3B similar to VACV-WR A43R and VACV-Cop A43R;gbkey=CDS;gene=OPG172;locus_tag=MPXV_gp149;product=Type-I membrane glycoprotein;protein_id=NP_536580.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 150017 150241 . + . ID=gene-MPXV_gp150;Dbxref=GeneID:928941;Name=OPG173;gbkey=Gene;gene=OPG173;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp150 +NC_003310.1 RefSeq CDS 150017 150241 . + 0 ID=cds-NP_536581.1;Parent=gene-MPXV_gp150;Dbxref=GenBank:NP_536581.1,GeneID:928941;Note=Old product: A44R%3B Hypothetical protein%3B similar to VACV-WR A44R and VACV-Cop A43.5R;gbkey=CDS;gene=OPG173;locus_tag=MPXV_gp150;product=MPXV_gp150;protein_id=NP_536581.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 150336 151376 . - . ID=gene-MPXV_gp151;Dbxref=GeneID:928937;Name=OPG174;gbkey=Gene;gene=OPG174;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp151 +NC_003310.1 RefSeq CDS 150336 151376 . - 0 ID=cds-NP_536582.1;Parent=gene-MPXV_gp151;Dbxref=GenBank:NP_536582.1,GeneID:928937;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A45L%3B 3-b-Hydroxy-delta5-steroid dehydrogenase%3B 3 beta-hydroxysteroid dehydrogenase/delta 5->4 isomerase%3B similar to VACV-WR A45L and VACV-Cop A44L;gbkey=CDS;gene=OPG174;locus_tag=MPXV_gp151;product=Hydroxysteroid dehydrogenase;protein_id=NP_536582.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 151423 151800 . + . 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ID=gene-MPXV_gp154;Dbxref=GeneID:928926;Name=OPG178;gbkey=Gene;gene=OPG178;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp154 +NC_003310.1 RefSeq CDS 153487 154101 . + 0 ID=cds-NP_536586.1;Parent=gene-MPXV_gp154;Dbxref=GenBank:NP_536586.1,GeneID:928926;Note=Taxonomic breadth: poxviridae%3B Old product: A49R%3B thymidylate kinase%3B start of ORF is missing approx. 37 AA compared to CPXVs%3B similar to VACV-WR A49R and VACV-Cop A48R;gbkey=CDS;gene=OPG178;locus_tag=MPXV_gp154;product=Thymidylate kinase;protein_id=NP_536586.1 +NC_003310.1 RefSeq sequence_feature 154150 154635 . + . ID=id-NC_003310.1:154131..154616;Note=OPG179;gbkey=misc_feature +NC_003310.1 RefSeq gene 154667 156331 . + . ID=gene-MPXV_gp155;Dbxref=GeneID:928925;Name=OPG180;gbkey=Gene;gene=OPG180;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp155 +NC_003310.1 RefSeq CDS 154667 156331 . + 0 ID=cds-NP_536587.1;Parent=gene-MPXV_gp155;Dbxref=GenBank:NP_536587.1,GeneID:928925;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: A50R%3B ATP-dependent DNA ligase%3B similar to VACV-WR A50R and VACV-Cop A50R;gbkey=CDS;gene=OPG180;locus_tag=MPXV_gp155;product=DNA ligase (2);protein_id=NP_536587.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 156385 157389 . + . 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ID=gene-MPXV_gp157;Dbxref=GeneID:928920;Name=OPG185;gbkey=Gene;gene=OPG185;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp157 +NC_003310.1 RefSeq CDS 158635 159576 . + 0 ID=cds-NP_536590.1;Parent=gene-MPXV_gp157;Dbxref=GenBank:NP_536590.1,GeneID:928920;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: B2R%3B EEV envelope and cell membrane glycoprotein hemagglutinin%3B inhibition of the ability of infected cells to fuse%3B interacts with VAC F13L%3B similar to VACV-WR B2R and VACV-Cop A56R;gbkey=CDS;gene=OPG185;locus_tag=MPXV_gp157;product=Hemagglutinin;protein_id=NP_536590.1 +NC_003310.1 RefSeq sequence_feature 159594 160191 . + . ID=id-NC_003310.1:159576..160173;Note=OPG186;gbkey=misc_feature +NC_003310.1 RefSeq gene 160343 161242 . + . ID=gene-MPXV_gp158;Dbxref=GeneID:928918;Name=OPG187;gbkey=Gene;gene=OPG187;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp158 +NC_003310.1 RefSeq CDS 160343 161242 . + 0 ID=cds-NP_536591.1;Parent=gene-MPXV_gp158;Dbxref=GenBank:NP_536591.1,GeneID:928918;Note=Taxonomic breadth: poxviridae%3B Old product: B3R%3B serine%3B Ser/Thr Kinase essential for transcription of viral intermediate genes%3B similar to VACV-WR B3R and VACV-Cop B1R;gbkey=CDS;gene=OPG187;locus_tag=MPXV_gp158;product=Ser/thr kinase;protein_id=NP_536591.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 161317 162828 . + . ID=gene-MPXV_gp159;Dbxref=GeneID:928917;Name=OPG188;gbkey=Gene;gene=OPG188;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp159 +NC_003310.1 RefSeq CDS 161317 162828 . + 0 ID=cds-NP_536592.1;Parent=gene-MPXV_gp159;Dbxref=GenBank:NP_536592.1,GeneID:928917;Note=Taxonomic breadth: orthopoxvirus%3B Old product: B4R%3B schlafen-like%3B similar to VACV-WR B4R and VACV-Cop B2R;gbkey=CDS;gene=OPG188;locus_tag=MPXV_gp159;product=Schlafen (1);protein_id=NP_536592.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 163046 164731 . + . ID=gene-MPXV_gp160;Dbxref=GeneID:928916;Name=OPG189;gbkey=Gene;gene=OPG189;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp160 +NC_003310.1 RefSeq CDS 163046 164731 . + 0 ID=cds-NP_536593.1;Parent=gene-MPXV_gp160;Dbxref=GenBank:NP_536593.1,GeneID:928916;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: B5R%3B ankyrin-like%3B similar to VACV-WR B5R and VACV-Cop B4R;gbkey=CDS;gene=OPG189;locus_tag=MPXV_gp160;product=Ankyrin repeat protein (25);protein_id=NP_536593.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 164835 165788 . + . ID=gene-MPXV_gp161;Dbxref=GeneID:928902;Name=OPG190;gbkey=Gene;gene=OPG190;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp161 +NC_003310.1 RefSeq CDS 164835 165788 . + 0 ID=cds-NP_536594.1;Parent=gene-MPXV_gp161;Dbxref=GenBank:NP_536594.1,GeneID:928902;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: B6R%3B palmitated 42 kDa glycoprotein located both on the membranes of infected cells and on EEV envelope%3B complement control protein-like%3B EEV type-1 membrane glycoprotein%2C protective antigen%3B similar to VACV-WR B6R and VACV-Cop B5R;gbkey=CDS;gene=OPG190;locus_tag=MPXV_gp161;product=EEV type-I membrane glycoprotein;protein_id=NP_536594.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 165881 166411 . + . ID=gene-MPXV_gp162;Dbxref=GeneID:928901;Name=OPG191;gbkey=Gene;gene=OPG191;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp162 +NC_003310.1 RefSeq CDS 165881 166411 . + 0 ID=cds-NP_536595.1;Parent=gene-MPXV_gp162;Dbxref=GenBank:NP_536595.1,GeneID:928901;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: B7R%3B Ankyrin-like protein%3B similar to VACV-WR B7R and VACV-Cop B6R;gbkey=CDS;gene=OPG191;locus_tag=MPXV_gp162;product=Ankyrin-like protein (46);protein_id=NP_536595.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 166448 166996 . + . ID=gene-MPXV_gp163;Dbxref=GeneID:928900;Name=OPG192;gbkey=Gene;gene=OPG192;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp163 +NC_003310.1 RefSeq CDS 166448 166996 . + 0 ID=cds-NP_536596.1;Parent=gene-MPXV_gp163;Dbxref=GenBank:NP_536596.1,GeneID:928900;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: B8R%3B Virulence%2C ER resident%3B similar to VACV-WR B8R and VACV-Cop B7R;gbkey=CDS;gene=OPG192;locus_tag=MPXV_gp163;product=Virulence protein;protein_id=NP_536596.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 167051 167854 . + . ID=gene-MPXV_gp164;Dbxref=GeneID:928897;Name=OPG193;gbkey=Gene;gene=OPG193;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp164 +NC_003310.1 RefSeq CDS 167051 167854 . + 0 ID=cds-NP_536597.1;Parent=gene-MPXV_gp164;Dbxref=GenBank:NP_536597.1,GeneID:928897;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: B9R%3B secreted IFN-g binding protein%3B Soluble IFN-g receptor-like protein%3B similar to VACV-WR B9R and VACV-Cop B8R;gbkey=CDS;gene=OPG193;locus_tag=MPXV_gp164;product=Soluble interferon-gamma receptor-like protein;protein_id=NP_536597.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 167949 168614 . + . ID=gene-MPXV_gp165;Dbxref=GeneID:928885;Name=OPG195;gbkey=Gene;gene=OPG195;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp165 +NC_003310.1 RefSeq CDS 167949 168614 . + 0 ID=cds-NP_536598.1;Parent=gene-MPXV_gp165;Dbxref=GenBank:NP_536598.1,GeneID:928885;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: B10R%3B shope fibroma virus T4 protein-like%3B ER-localized apoptosis regulator%3B similar to VACV-WR B10R and VACV-Cop B9R;gbkey=CDS;gene=OPG195;locus_tag=MPXV_gp165;product=Intracellular viral protein;protein_id=NP_536598.1 +NC_003310.1 RefSeq sequence_feature 168720 169365 . + . ID=id-NC_003310.1:168727..169373;Note=OPG196;gbkey=misc_feature +NC_003310.1 RefSeq sequence_feature 169393 169779 . + . ID=id-NC_003310.1:169401..169677;Note=OPG197;gbkey=misc_feature +NC_003310.1 RefSeq gene 169845 170693 . + . ID=gene-MPXV_gp166;Dbxref=GeneID:928877;Name=OPG198;gbkey=Gene;gene=OPG198;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp166 +NC_003310.1 RefSeq CDS 169845 170693 . + 0 ID=cds-NP_536599.1;Parent=gene-MPXV_gp166;Dbxref=GenBank:NP_536599.1,GeneID:928877;Note=Taxonomic breadth: poxviridae%3B Old product: B11R%3B protein kinase-like%3B similar to VACV-WR B11R and VACV-Cop B12R;gbkey=CDS;gene=OPG198;locus_tag=MPXV_gp166;product=Ser/thr kinase;protein_id=NP_536599.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 170801 171835 . + . ID=gene-MPXV_gp167;Dbxref=GeneID:928996;Name=OPG199;gbkey=Gene;gene=OPG199;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp167 +NC_003310.1 RefSeq CDS 170801 171835 . + 0 ID=cds-NP_536600.1;Parent=gene-MPXV_gp167;Dbxref=GenBank:NP_536600.1,GeneID:928996;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: B12R%3B serine protease inhibitor-like%2C SPI-2%3B inhibition of the IL-1b converting enzyme%3B apoptosis inhibition%3B Serpin 1%2C2%2C3%3B similar to VACV-WR B12R and VACV-Cop K2L;gbkey=CDS;gene=OPG199;locus_tag=MPXV_gp167;product=Serpin;protein_id=NP_536600.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 171962 172411 . + . ID=gene-MPXV_gp168;Dbxref=GeneID:928905;Name=OPG200;gbkey=Gene;gene=OPG200;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp168 +NC_003310.1 RefSeq CDS 171962 172411 . + 0 ID=cds-NP_536601.1;Parent=gene-MPXV_gp168;Dbxref=GenBank:NP_536601.1,GeneID:928905;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: B13R%3B Hypothetical protein%3B Putative tlr signaling inhibitor%3B similar to VACV-WR B13R and VACV-Cop C16L and B15R;gbkey=CDS;gene=OPG200;locus_tag=MPXV_gp168;product=Bcl-2-like protein;protein_id=NP_536601.1 +NC_003310.1 RefSeq sequence_feature 173539 173982 . - . ID=id-NC_003310.1:173429..173872;Note=OPG202;gbkey=misc_feature +NC_003310.1 RefSeq sequence_feature 174123 174251 . + . ID=id-NC_003310.1:174013..174141;Note=OPG203;gbkey=misc_feature +NC_003310.1 RefSeq gene 174313 175371 . + . ID=gene-MPXV_gp170;Dbxref=GeneID:928988;Name=OPG204;gbkey=Gene;gene=OPG204;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp170 +NC_003310.1 RefSeq CDS 174313 175371 . + 0 ID=cds-NP_536604.1;Parent=gene-MPXV_gp170;Dbxref=GenBank:NP_536604.1,GeneID:928988;Note=Taxonomic breadth: orthopoxvirus%3B Old product: B16R%3B cell surface antigen and secreted IFN-a%3B IFN-alpha/beta receptor glycoprotein%3B similar to VACV-WR B16R and VACV-Cop B19R;gbkey=CDS;gene=OPG204;locus_tag=MPXV_gp170;product=IFN-alpha/beta-receptor-like secreted glycoprotein;protein_id=NP_536604.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 175440 177809 . + . ID=gene-MPXV_gp171;Dbxref=GeneID:929045;Name=OPG205;gbkey=Gene;gene=OPG205;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp171 +NC_003310.1 RefSeq CDS 175440 177809 . + 0 ID=cds-NP_536605.1;Parent=gene-MPXV_gp171;Dbxref=GenBank:NP_536605.1,GeneID:929045;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: B17R%3B ankyrin-like%3B similar to VACV-WR B17R and VACV-Cop B20R;gbkey=CDS;gene=OPG205;locus_tag=MPXV_gp171;product=Ankyrin repeat protein (44);protein_id=NP_536605.1 +NC_003310.1 RefSeq sequence_feature 177908 178707 . + . ID=id-NC_003310.1:177812..178611;Note=OPG206;gbkey=misc_feature +NC_003310.1 RefSeq gene 179059 180132 . + . ID=gene-MPXV_gp172;Dbxref=GeneID:928879;Name=OPG208;gbkey=Gene;gene=OPG208;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=MPXV_gp172 +NC_003310.1 RefSeq CDS 179059 180132 . + 0 ID=cds-NP_536607.1;Parent=gene-MPXV_gp172;Dbxref=GenBank:NP_536607.1,GeneID:928879;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: B19R%3B serine protease inhibitor-like%2C SPI-1%3B apoptosis inhibition%3B Serpin 1%2C2%2C3%3B Actual start may be at position 179%2C074%3B annotated start of ORF is missing approx. 17 AA compared to CPXVs%3B similar to VACV-WR B19R and VACV-Cop K2L;gbkey=CDS;gene=OPG208;locus_tag=MPXV_gp172;product=Serpin;protein_id=NP_536607.1 +NC_003310.1 RefSeq gene 180311 180883 . + . 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complete genome 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+>PP601223.1 Monkeypox virus isolate 24MPX0231V, complete genome 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ATTCATGTGATTATACTAACAACCGTCCTACAATTAAACAACATTACTTTTATAACGGCGAAGAATATACTGAAATTG diff --git a/data_output/nextstrain/mpox/clade-i/unreleased/tree.json b/data_output/nextstrain/mpox/clade-i/unreleased/tree.json new file mode 100644 index 000000000..9dc6305d5 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/mpox/clade-i/unreleased/tree.json @@ -0,0 +1 @@ +{"version":"v2","meta":{"title":"Nextclade reference tree for Mpox virus (Clade I)","updated":"2026-06-30","build_url":"https://github.com/nextstrain/mpox/tree/master/nextclade","data_provenance":[{"name":"Pathoplexus","url":"https://pathoplexus.org/mpox"},{"name":"Genbank","url":"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/"}],"maintainers":[{"name":"Cornelius Roemer","url":"https://neherlab.org"},{"name":"Richard Neher","url":"https://neherlab.org"},{"name":"Nextstrain 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Disease Analysis, School of Public Health, Imperial College London, London, UK.; Instituto de Medicina Tropical, Departamento Mol\u00e9stias Infecciosas e Parasit\u00e1rias, Faculdade de Medicina da Universidade de S\u00e3o Paulo, S\u00e3o Paulo, S\u00e3o Paulo, Brazil.; University of Kentucky, Lexington, Kentucky, USA.; Federal University of Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.; University of Birmingham, Birmingham, UK.; Institut National de Recherche Biom\u00e9dicale, Kinshasa, Democratic Republic of Congo."},"division":{"value":"U\u00edge"},"host":{"value":"Homo sapiens"},"clade_membership":{"value":"Ia"},"Pathoplexus_group":{"value":"FEEVIR 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Zoonotic Diseases, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Genomic Surveillance Platform, Insitut Pasteur de Bangui, Bagui, Central African Republic; Genomic Surveillance Platform, Insitut Pasteur de Bangui, Bagui, Central African Republic; Genomic Surveillance Platform, Insitut Pasteur de Bangui, Bagui, Central African Republic; Department of Pathogen Evolution, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Insttut Pasteur de Bangui, Bangui, Central African Republic; World Wide Fund for Nature, Bayanga, Central African Republic; Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh, Scotland; Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, Laboratory for Clinical and Epidemiological Virology, KU Leuven, Leuven, Belgium; Department of Pathogen Evolution, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Minist\u00e8re de la Sant\u00e9 et de la Population, Bangui, Central African Republic; Institut Pasteur de 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It has no clustering, because these mutations are scattered across the genome + +## 2026-07-07T14:07:11Z + +- A new `outbreakLineage` field has been added that concatenates outbreak and lineage separated by a slash, e.g. `sh2017/B.1`. It unambiguously identifies a lineage across outbreaks: clade Ib outbreak sh2023 now also has a lineage system that reuses the same lineage names (e.g. root lineage `A`) as clade IIb outbreak sh2017. Existing `clade`, `outbreak`, and `lineage` fields remain unchanged. Clade Ib sequences are not part of this clade IIb dataset; use `nextstrain/mpox/all-clades` or `nextstrain/mpox/clade-i` for those. +- New sequences that have become available on Pathoplexus between December 2025 and June 2026 are now included in the dataset. + +## 2026-04-14T11:55:23Z + +- Align `pathogen.json` metadata with the current Nextclade schema layout. + +## 2025-12-10T14:52:38Z + +- Breaking change: outbreak nomenclature now follows the system described in [Ruis et al. (2025)](https://www.nature.com/articles/s41591-025-03820-6). As a result, outbreak `hMPXV-1` is now called `sh2017`. + +## 2025-09-09T12:13:13Z + +- The 15 newly designated clade IIb outbreak lineages are now included in the dataset. A description of all new lineages is available in this [mpxv-lineages repo document](https://github.com/mpxv-lineages/lineage-designation/blob/master/designation_records/A.2.5-C.1.3-E.3.1-E-4-F.4.1-G.1-etc_2025-09-07.md). A notable new lineage is G.1, the 2025 Sierra Leone outbreak lineage, which is a descendant of A.2.2. +- Sequences released since the last update in April 2025 are now included. +- Add schema definition url to `pathogen.json`. This is a purely technical change, for convenience of dataset authors. The data itself is not modified. + +## 2025-04-25T12:24:24Z + +- Newly released sequences are included. +- Sequences are now downloaded from Pathoplexus instead of NCBI virus. This allows inclusion of restricted-use clade I sequences from INRB (Placide Mbala-Kingebeni's group) in the DRC. This nearly doubles clade I sequences available. +- Based on user feedback, the QC rule for missing data (Ns) has been made more lenient. +- Masked ranges that are ignored for placement have been updated. + +## 2024-11-19T14:18:53Z + +- 11 newly designated B.1 sublineages are now included. See for details. +- Newly shared sequences are now included +- The cluster QC metric's window size has been broadened to detect clusters that span a region of up to 1000bp (up from 100bp) + +## 2024-04-19T07:50:39Z + +- New hMPXV-1 lineages B.1.21, B.1.22, and C.1.1 are now included in the dataset. For more information on these lineages, see the [hMPXV-1 lineage definitions PR](https://github.com/mpxv-lineages/lineage-designation/pull/37) +- The sequences used in the reference trees have been updated to include the latest sequences available in Genbank as of 2024-04-16 + +## 2024-01-16T20:31:02Z + +Initial release of this dataset. This dataset is similar to the v2 dataset [`hMPXV/NC_063383.1`](https://github.com/nextstrain/nextclade_data/tree/2023-08-17--15-51-24--UTC/data/datasets/hMPXV/references/NC_063383.1/versions/2023-08-01T12%3A00%3A00Z/files) with some differences. + +### New and changed gene names + +Some genes have been renamed and one has been added. The new annotation is based on NCBI refseq annotations that were released in November 2022. The v2 dataset predates this refseq: + +- The 4 genes in the inverted terminal repeat segment (ITR) on both ends of the genome (OPG001, OPG002, OPG003,OPG015) are now all included. The genes on the 3' end (~positions 190000-197000) now have an `_dup` appended to distinguish them. +- The gene previously named `NBT03_gp052` is now called `OPG073` +- The gene previously named `NBT03_gp174` is now called `OPG016` +- The gene previously named `NBT03_gp175` is now called `OPG015_dup` +- Gene `OPG166` has been added diff --git a/data_output/nextstrain/mpox/clade-iib/unreleased/README.md b/data_output/nextstrain/mpox/clade-iib/unreleased/README.md new file mode 100644 index 000000000..e4d0e0119 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/mpox/clade-iib/unreleased/README.md @@ -0,0 +1,29 @@ +# Nextclade dataset for "Mpox virus (Clade IIb)" + +| Key | Value | +| ---------------------- | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | +| authors | [Cornelius Roemer](https://neherlab.org), [Richard Neher](https://neherlab.org), [Nextstrain](https://nextstrain.org) | +| data source | Genbank | +| workflow | [github.com/nextstrain/mpox/nextclade](https://github.com/nextstrain/mpox/nextclade) | +| nextclade dataset path | nextstrain/mpox/clade-iib | +| annotation | [NC_063383.1](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_063383) | +| clade definitions | [github.com/mpxv-lineages/lineage-designation](https://github.com/mpxv-lineages/lineage-designation) | +| related datasets | Mpox virus (All clades): `nextstrain/mpox/all-clades`
Mpox virus (Lineage B.1) `nextstrain/mpox/lineage-b.1` | + +## Scope of this dataset + +This dataset is for Mpox viruses of clade IIb. A more specific dataset just for outbreak lineage B.1 is available as `nextstrain/mpox/lineage-b.1`. There is also a broader dataset for all clades I, IIa and IIb under `nextstrain/mpox/all-clades`. + +## Reference sequence and reference tree + +The reference used in this dataset is the clade IIb NCBI refseq `NC_063383.1` (Isolate `MPXV-M5312_HM12_Rivers`). + +The reference tree consists of around 500 sequences with representatives from all clade IIb lineages. + +## Clade, outbreak and lineage nomenclature + +The clade, outbreak and lineage nomenclature used in this dataset is described in [Ruis et al. (2025)](https://www.nature.com/articles/s41591-025-03820-6). Clade IIb sequences belong to outbreak `sh2017`, which has a lineage system that follows [Happi et al. (2022)](https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3001769). To unambiguously refer to a lineage, include the outbreak, e.g. `sh2017/B.1` for clade IIb outbreak sh2017 lineage B.1. This matters because other outbreaks (e.g. clade Ib outbreak sh2023) reuse the same lineage names. Up to date outbreak and lineage definitions, including aliases, defining mutations and reference sequences are available at [github.com/mpxv-lineages/lineage-designation](https://github.com/mpxv-lineages/lineage-designation). + +## Further reading + +Read more about Nextclade datasets in Nextclade documentation: https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/datasets.html diff --git a/data_output/nextstrain/mpox/clade-iib/unreleased/dataset.zip b/data_output/nextstrain/mpox/clade-iib/unreleased/dataset.zip new file mode 100644 index 000000000..0365cd0c5 Binary files /dev/null and b/data_output/nextstrain/mpox/clade-iib/unreleased/dataset.zip differ diff --git a/data_output/nextstrain/mpox/clade-iib/unreleased/genome_annotation.gff3 b/data_output/nextstrain/mpox/clade-iib/unreleased/genome_annotation.gff3 new file mode 100644 index 000000000..432d54659 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/mpox/clade-iib/unreleased/genome_annotation.gff3 @@ -0,0 +1,391 @@ +##gff-version 3 +#!gff-spec-version 1.21 +#!processor NCBI annotwriter +##sequence-region NC_063383.1 1 197209 +##species https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=10244 +NC_063383.1 RefSeq region 1 197209 . + . ID=NC_063383.1:1..197209;Dbxref=taxon:10244;collection-date=2018-08;country=Nigeria: Rivers State;gbkey=Src;genome=genomic;genotype=MPXV clade 2;isolate=MPXV-M5312_HM12_Rivers;mol_type=genomic DNA;nat-host=Homo sapiens +NC_063383.1 RefSeq long_terminal_repeat 1 6422 . - . ID=id-NC_063383.1:1..6422;gbkey=repeat_region;rpt_type=long_terminal_repeat +NC_063383.1 RefSeq gene 835 1575 . - . 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ID=gene-NBT03_gp007;Dbxref=GeneID:72551423;Name=OPG022;gbkey=Gene;gene=OPG022;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp007;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-009 +NC_063383.1 RefSeq CDS 10478 10858 . - 0 ID=cds-YP_010377008.1;Parent=gene-NBT03_gp007;Dbxref=GenBank:YP_010377008.1,GeneID:72551423;Name=OPG022;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp009%3B secreted IL-18 binding protein%3B Soluble IL-18 binding protein (Bsh-D7L)%3B similar to VACV-WR D6L;gbkey=CDS;gene=OPG022;locus_tag=NBT03_gp007;product=Interleukin-18-binding protein;protein_id=YP_010377008.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 10918 12900 . - . 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ID=gene-NBT03_gp009;Dbxref=GeneID:72551425;Name=OPG024;gbkey=Gene;gene=OPG024;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp009;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-011 +NC_063383.1 RefSeq CDS 13034 13228 . - 0 ID=cds-YP_010377010.1;Parent=gene-NBT03_gp009;Dbxref=GenBank:YP_010377010.1,GeneID:72551425;Name=OPG024;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp011%3B ANK-containing protein%3B similar to VACV-WR D8L;gbkey=CDS;gene=OPG024;locus_tag=NBT03_gp009;product=retroviral pseudoprotease-like protein;protein_id=YP_010377010.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 13375 15267 . - . ID=gene-NBT03_gp010;Dbxref=GeneID:72551426;Name=OPG025;gbkey=Gene;gene=OPG025;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp010;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-012 +NC_063383.1 RefSeq CDS 13375 15267 . - 0 ID=cds-YP_010377011.1;Parent=gene-NBT03_gp010;Dbxref=GenBank:YP_010377011.1,GeneID:72551426;Name=OPG025;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp012%3B ankyrin-like%3B Type I IFN resistance%3B similar to VACV-WR D9L and VACV-Cop C9L;gbkey=CDS;gene=OPG025;locus_tag=NBT03_gp010;product=Ankyrin repeat protein (14);protein_id=YP_010377011.1 +NC_063383.1 RefSeq sequence_feature 15310 15854 . - . ID=id-NC_063383.1:15310..15854;exon_number=OPG026;gbkey=misc_feature;number=OPG026 +NC_063383.1 RefSeq gene 15925 16377 . - . ID=gene-NBT03_gp011;Dbxref=GeneID:72551427;Name=OPG027;gbkey=Gene;gene=OPG027;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp011;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-013 +NC_063383.1 RefSeq CDS 15925 16377 . - 0 ID=cds-YP_010377012.1;Parent=gene-NBT03_gp011;Dbxref=GenBank:YP_010377012.1,GeneID:72551427;Name=OPG027;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp013%3B host range%3B Type 1 IFN inhibitor%3B similar to VACV-WR D10L and VACV-Cop C7L;gbkey=CDS;gene=OPG027;locus_tag=NBT03_gp011;product=Host range protein;protein_id=YP_010377012.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 16602 17069 . - . ID=gene-NBT03_gp012;Dbxref=GeneID:72551428;Name=OPG029;gbkey=Gene;gene=OPG029;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp012;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-014 +NC_063383.1 RefSeq CDS 16602 17069 . - 0 ID=cds-YP_010377013.1;Parent=gene-NBT03_gp012;Dbxref=GenBank:YP_010377013.1,GeneID:72551428;Name=OPG029;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp014%3B Putative tlr signaling inhibitor%2C IFN-beta inhibitor%3B similar to VACV-WR D11L and VACV-Cop C6L;gbkey=CDS;gene=OPG029;locus_tag=NBT03_gp012;product=Bcl-2-like protein;protein_id=YP_010377013.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 17213 17833 . - . ID=gene-NBT03_gp013;Dbxref=GeneID:72551429;Name=OPG030;gbkey=Gene;gene=OPG030;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp013;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-015 +NC_063383.1 RefSeq CDS 17213 17833 . - 0 ID=cds-YP_010377014.1;Parent=gene-NBT03_gp013;Dbxref=GenBank:YP_010377014.1,GeneID:72551429;Name=OPG030;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp015%3B BTB domain of kelch-like protein%3B Kelch-like protein%3B similar to VACV-WR D12L and VACV-Cop C5L;gbkey=CDS;gene=OPG030;locus_tag=NBT03_gp013;product=Kelch-like protein (1);protein_id=YP_010377014.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 17878 18828 . - . 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ID=gene-NBT03_gp016;Dbxref=GeneID:72551432;Name=OPG035;gbkey=Gene;gene=OPG035;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp016;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-019 +NC_063383.1 RefSeq CDS 20051 20404 . - 0 ID=cds-YP_010377018.1;Parent=gene-NBT03_gp016;Dbxref=GenBank:YP_010377018.1,GeneID:72551432;Name=OPG035;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp023%3B secreted virulence factor%3B Putative tlr signaling inhibitor%3B Anti-apoptotic Bcl-2-like protein%3B similar to VACV-WR P1L and VACV-Cop N1L;gbkey=CDS;gene=OPG035;locus_tag=NBT03_gp016;product=Bcl-2-like protein;protein_id=YP_010377018.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 20531 21064 . - . ID=gene-NBT03_gp017;Dbxref=GeneID:72551433;Name=OPG036;gbkey=Gene;gene=OPG036;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp017;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-020 +NC_063383.1 RefSeq CDS 20531 21064 . - 0 ID=cds-YP_010377019.1;Parent=gene-NBT03_gp017;Dbxref=GenBank:YP_010377019.1,GeneID:72551433;Name=OPG036;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp024%3B Alpha amanatin target protein%3B Putative tlr signaling inhibitor%3B similar to VACV-WR P2L and VACV-Cop #N2L;gbkey=CDS;gene=OPG036;locus_tag=NBT03_gp017;product=Bcl-2-like protein;protein_id=YP_010377019.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 21105 22433 . - . 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ID=gene-NBT03_gp121;Dbxref=GeneID:72551537;Name=OPG142;gbkey=Gene;gene=OPG142;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp121;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-125 +NC_063383.1 RefSeq CDS 121914 122198 . - 0 ID=cds-YP_010377124.1;Parent=gene-NBT03_gp121;Dbxref=GenBank:YP_010377124.1,GeneID:72551537;Name=OPG142;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp126%3B Core protein%3B similar to VACV-WR A16L and VACV-Cop A15L;gbkey=CDS;gene=OPG142;locus_tag=NBT03_gp121;product=Core protein A15;protein_id=YP_010377124.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 122182 123315 . - . 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ID=gene-NBT03_gp140;Dbxref=GeneID:72551556;Name=OPG162;gbkey=Gene;gene=OPG162;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp140;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-146 +NC_063383.1 RefSeq CDS 141652 142158 . + 0 ID=cds-YP_010377143.1;Parent=gene-NBT03_gp140;Dbxref=GenBank:YP_010377143.1,GeneID:72551556;Name=OPG162;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp146%3B EEV envelope glycoprotein%2C lectin-like%3B required for infectivity of EEV%2C formation of actin-containing microvilli%2C and cell-to-cell spread of virion%3B C-type lectin-like IEV/EEV glycoprotein%3B similar to VACV-WR A36R and VACV-Cop A34R;gbkey=CDS;gene=OPG162;locus_tag=NBT03_gp140;product=EEV glycoprotein (2);protein_id=YP_010377143.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 142202 142732 . + . ID=gene-NBT03_gp141;Dbxref=GeneID:72551557;Name=OPG163;gbkey=Gene;gene=OPG163;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp141;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-147 +NC_063383.1 RefSeq CDS 142202 142732 . + 0 ID=cds-YP_010377144.1;Parent=gene-NBT03_gp141;Dbxref=GenBank:YP_010377144.1,GeneID:72551557;Name=OPG163;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp147%3B MHC class II antigen presentation inhibitor%3B similar to VACV-WR A37R and VACV-Cop A35R;gbkey=CDS;gene=OPG163;locus_tag=NBT03_gp141;product=MHC class II antigen presentation inhibitor;protein_id=YP_010377144.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 142778 143464 . + . ID=gene-NBT03_gp142;Dbxref=GeneID:72551558;Name=OPG164;gbkey=Gene;gene=OPG164;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp142;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-148 +NC_063383.1 RefSeq CDS 142778 143464 . + 0 ID=cds-YP_010377145.1;Parent=gene-NBT03_gp142;Dbxref=GenBank:YP_010377145.1,GeneID:72551558;Name=OPG164;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp148%3B IEV but not CEV envelope protein%3B plays critical role for actin tail formation%3B interacts with VAC A33R and A34R%3B IEV transmembrane phosphoprotein%3B similar to VACV-WR A38R and VACV-Cop A36R;gbkey=CDS;gene=OPG164;locus_tag=NBT03_gp142;product=IEV transmembrane phosphoprotein;protein_id=YP_010377145.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 143516 144322 . + . ID=gene-NBT03_gp143;Dbxref=GeneID:72551559;Name=OPG165;gbkey=Gene;gene=OPG165;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp143;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-149 +NC_063383.1 RefSeq CDS 143516 144322 . + 0 ID=cds-YP_010377146.1;Parent=gene-NBT03_gp143;Dbxref=GenBank:YP_010377146.1,GeneID:72551559;Name=OPG165;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp149%3B Hypothetical protein%3B similar to VACV-WR A39R and VACV-Cop A37R;gbkey=CDS;gene=OPG165;locus_tag=NBT03_gp143;product=CPXV173 protein;protein_id=YP_010377146.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 144398 144577 . + . ID=gene-NBT03_gp144;Dbxref=GeneID:72551560;Name=OPG166;gbkey=Gene;gene=OPG166;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp144 +NC_063383.1 RefSeq CDS 144398 144577 . + 0 ID=cds-YP_010415322.1;Parent=gene-NBT03_gp144;Dbxref=GenBank:YP_010415322.1,GeneID:72551560;Name=OPG166;Note=Hypothetical protein%3B according to YP_233043.1%2C this VACV-WR protein was purified by sucrose gradient centrifugation%3B similar to VACWR161 and VARGAR-A43R;gbkey=CDS;gene=OPG166;locus_tag=NBT03_gp144;product=hypothetical protein;protein_id=YP_010415322.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 144574 145407 . - . 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ID=gene-NBT03_gp162;Dbxref=GeneID:72551578;Name=OPG192;gbkey=Gene;gene=OPG192;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp162;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-168 +NC_063383.1 RefSeq CDS 166731 167279 . + 0 ID=cds-YP_010377164.1;Parent=gene-NBT03_gp162;Dbxref=GenBank:YP_010377164.1,GeneID:72551578;Name=OPG192;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp169%3B Virulence%2C ER resident%3B similar to VACV-WR B8R and VACV-Cop B7R;gbkey=CDS;gene=OPG192;locus_tag=NBT03_gp162;product=Virulence protein;protein_id=YP_010377164.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 167334 168137 . + . ID=gene-NBT03_gp163;Dbxref=GeneID:72551579;Name=OPG193;gbkey=Gene;gene=OPG193;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp163;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-169 +NC_063383.1 RefSeq CDS 167334 168137 . + 0 ID=cds-YP_010377165.1;Parent=gene-NBT03_gp163;Dbxref=GenBank:YP_010377165.1,GeneID:72551579;Name=OPG193;Note=Taxonomic breadth: chordopoxvirinae%3B Old product: MPXVgp170%3B secreted IFN-g binding protein%3B Soluble IFN-g receptor-like protein%3B similar to VACV-WR B9R and VACV-Cop B8R;gbkey=CDS;gene=OPG193;locus_tag=NBT03_gp163;product=Soluble interferon-gamma receptor-like protein;protein_id=YP_010377165.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 168230 168895 . + . 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+>Monkeypox/PT0008/2022|sampling_date_20220515 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diff --git a/data_output/nextstrain/mpox/clade-iib/unreleased/tree.json b/data_output/nextstrain/mpox/clade-iib/unreleased/tree.json new file mode 100644 index 000000000..066438566 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/mpox/clade-iib/unreleased/tree.json @@ -0,0 +1 @@ +{"version":"v2","meta":{"title":"Nextclade reference tree for Mpox virus (Clade IIb)","updated":"2026-06-30","build_url":"https://github.com/nextstrain/mpox/tree/master/nextclade","data_provenance":[{"name":"Pathoplexus","url":"https://pathoplexus.org/mpox"},{"name":"Genbank","url":"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/"}],"maintainers":[{"name":"Cornelius Roemer","url":"https://neherlab.org"},{"name":"Richard Neher","url":"https://neherlab.org"},{"name":"Nextstrain 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bundibugyoense)](https://ictv.global/report/chapter/filoviridae/filoviridae/orthoebolavirus) aligns to the reference sequence [NC_014373.1](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014373) and translates major CDS. It scores the sequence with respect to unexpected frameshifts or stop codons, missing sequence (in form of `NNN`s) and mixed bases. + +Data from the 2026 outbreak were generously shared by the groups of Prof. Placide Mbala-Kingebeni (INRB, DRC) and Dr Isaac Ssewanyana (CPHL, Uganda) to facilitate the public health response and containment of the virus. These data are described in a post on [Virological.org](https://virological.org/t/initial-genomes-from-may-2026-bundibugyo-virus-disease-outbreak-in-the-democratic-republic-of-the-congo-and-uganda/1032) and were deposited in Pathoplexus under [Restricted Data-Use terms](https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/restricted-data). Please consult the authors and the [data-use terms](https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/restricted-data) before using these sequences. + + + diff --git a/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/unreleased/dataset.zip b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/unreleased/dataset.zip new file mode 100644 index 000000000..4e8bdacf6 Binary files /dev/null and b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/unreleased/dataset.zip differ diff --git a/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/unreleased/examples.fasta b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/unreleased/examples.fasta new file mode 100644 index 000000000..f62c260b6 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/bdbv/unreleased/examples.fasta @@ -0,0 +1,5987 @@ +>PP_006X5RB +CGGACACACAAAAAGAATGAAGGATTTTGAATCTTTATTGTGTGCGAGTAACTACGAGGA +AGATTAAAGATTTTCCTCTCATTGAAATTGAAATTGAGATTCTAATCTCGACGGATCGAT +CCCCAATACCAACACTGAGAATTGGCCTGAAGAAGTCATCTGCTCCTTGGCAAAACCAAG +AGCAGGCCCAAAGGGCCATTAGGCCACATCTGCTGAGCCTGCAGAACACGCAGGACTTAC +TTAGCAGAAGAGAGCGCGTGCCGAAACCAGCCAACAAATTGACACAGCTGCTCACTCTGA +CCCTGAATTCATAAACAATATTAAGTTGACAACAGAGATACTAATCCAATATTTGGATCA +AGAATCAAAATAGTGAAACGACTGACTATCCCTCCTTAGAATTAGCAAAGATCCTTTTGT +AGACTATTGTGCTACATTCTCTATCCAAGACCTCAAAATGGATCCTCGTCCAATCAGAAC +CTGGATGATGCATAACACATCTGAAGTTGAAGCAGACTACCATAAGATTCTAACTGCCGG +ATTGTCCGTCCAGCAAGGCATTGTGAGACAAAGAATCATTCCTGTTTACCAAATCTCAAA +CCTGGAGGAAGTATGTCAACTCATCATACAGGCATTCGAGGCTGGCGTCGACTTCCAGGA +TAGTGCAGATAGCTTTTTGTTAATGCTATGTCTGCATCATGCCTATCAAGGGGATTATAA +ACAATTTTTGGAAAGTAATGCGGTAAAATACCTTGAAGGTCATGGATTCCGTTTTGAGAT +GAAGAAAAAGGAAGGTGTCAAGCGCCTGGAGGAACTACTCCCTGCTGCCTCGAGTGGAAA +GAACATCAAGAGAACATTGGCTGCAATGCCCGAGGAGGAAACAACAGAAGCAAATGCTGG +ACAATTTCTTTCATTTGCTAGTCTGTTTCTCCCAAAATTGGTTGTCGGAGAAAAGGCCTG +TCTGGAGAAGGTTCAACGACAAATCCAAGTGCACGCAGAACAAGGTCTGATTCAATACCC +GACATCTTGGCAATCGGTGGGACATATGATGGTCATCTTCAGACTAATGCGAACCAACTT +CCTGATTAAGTTCCTCCTAATACATCAAGGAATGCATATGGTTGCAGGGCATGATGCTAA +TGATGCCGTCATTGCCAACTCTGTAGCTCAAGCTCGTTTCTCCGGATTGTTGATAGTCAA +AACAGTGCTTGATCATATCCTCCAAAAAACAGAGCACGGAGTTCGCCTGCATCCCTTGGC +GCGAACAGCCAAAGTCAAAAATGAGGTGAGCTCTTTTAAGGCCGCTTTAGCCTCACTAGC +ACAACATGGAGAATATGCCCCGTTTGCTCGTCTGCTGAATCTATCTGGGGTTAATAATCT +TGAGCATGGGCTTTTCCCTCAACTTTCTGCAATTGCTTTGGGAGTAGCAACTGCACATGG +GAGCACTCTGGCTGGAGTCAATGTAGGAGAGCAATACCAACAACTGCGAGAAGCAGCCAC +TGAGGCCGAAAAGCAGTTGCAGAAATATGCTGAATCTCGTGAACTTGATCACCTAGGTCT +TGATGATCAGGAAAAGAAAATCCTAAAAGACTTCCATCAGAAAAAGAATGAGATCAGCTT +CCAGCAGACGACAGCCATGGTCACACTGCGGAAAGAGAGATTGGCCAAATTGACCGAAGC +TATTACTTCCACCTCTATCCTCAAAACAGGAAGGCGGTATGATGATGACAATGACATACC +CTTTCCAGGGCCAATCAATGATAACGAGAACTCTGGTCAGAACGATGACGATCCAACAGA +CTCCCAGGATACCACAATCCCGGATGTAATAATCGATCCAAACGATGGTGGGTATAATAA +TTACAGCGATTATGCAAATGATGCTGCAAGTGCTCCTGATGACCTAGTTCTTTTTGACCT +TGAGGACGAGGATGATGCTGATAACCCGGCTCAAAACACGCCAGAAAAAAATGATAGACC +AGCAACAACAAAGCTGAGAAATGGACAGGACCAGGATGGAAACCAAGGCGAAACTGCATC +CCCACGGGTAGCCCCCAACCAATACAGAGACAAGCCAATGCCACAAGTACAGGACAGATC +CGAAAATCATGACCAAACCCTTCAAACACAGTCCAGGGTTTTGACTCCTATCAGCGAGGA +AGCAGACCCCAGCGACCACAACGATGGTGACAATGAAAGCATTCCTCCCCTGGAATCAGA +CGACGAGGGTAGCACTGATACTACTGCAGCAGAAACAAAGCCTGCCACTGCACCTCCCGC +TCCCGTCTACCGAAGTATCTCCGTAGATGATTCTGTCCCCTCAGAGAACATTCCCGCACA +GTCCAATCAAACGAACAATGAGGACAATGTCAGGAACAATGCTCAGTCGGAGCAATCCAT +TGCAGAAATGTATCAACATATCTTGAAAACACAAGGACCTTTTGATGCCATCCTTTACTA +CCATATGATGAAAGAAGAGCCCATCATTTTCAGCACTAGTGATGGGAAGGAGTATACATA +TCCAGACTCTCTTGAAGATGAGTATCCACCCTGGCTCAGCGAGAAGGAAGCCATGAACGA +AGACAATAGATTCATAACCATGGATGGTCAGCAGTTTTACTGGCCTGTGATGAATCATAG +AAATAAATTCATGGCAATCCTCCAGCATCACAGGTGATCCGACCTCTAAAACTGAGCTCC +TAACTACAAGCTACCCCATCACTCTGCCGGAATGCCAGAACCTCCCTCCAAAACAGCTCC +ACATCGAGAACCTCCGACGCGGTACACAGGCAAGACAGGCAACCTAATGATGTTCCTGTT +CACCCACAACCGCAACCAACACTTGATCGACTTCCAAGACAACTACAACCCCCTTAGCCA +ACTCCACCACAGAAGCACCACCCCATAACAACAACCCCAAACCAACAACACTGCATGTAA +GTATTGTCTCACCCCAAGATGATCCCTGGACACCAACAACCCCCTAACCTCCCCAAGTTG +TCATTAAGAAAAAATATATGATGAAGATTAAAACCTTCATCAGAGCTATTTCTTCTACGC +TTGGTTAGGACCAGTATTCACAAACTATTTTACAATCCCTACCCAATATGACCTCTAACA +GAGCAAGGGTGACTTACAACCCACCACCAACAACCACAGGCACACGATCGTGTGGGCCGG +AACTTTCCGGGTGGATCTCTGAGCAATTGATGACAGGCAAGATTCCGATTACCGATATCT +TCAATGAAATTGAAACCTTACCTAGTATAAGTCCCTCGATCCACTCCAAAATCAAAACCC +CAAGTGTTCAAACACGCAGTGTCCAGACCCAAACTGACCCAAATTGTAATCATGATTTTG +CAGAGGTTGTGAAAATGCTAACATCTCTAACCCTTGTCGTACAAAAACAAACCCTTGCAA +CTGAATCACTTGAGCAACGCATTACTGACCTGGAAGGTAGCCTGAAACCAGTGTCTGAGA +TCACCAAGATTGTTTCTGCACTAAATAGATCCTGTGCAGAGATGGTGGCCAAATATGATC +TTCTAGTAATGACGACTGGTCGTGCAACTGCCACTGCTGCAGCTACTGAAGCATACTGGG +CAGAACATGGACGTCCTCCACCGGGGCCCTCATTGTACGAGGAGGATGCAATCAGGACTA +AAATTGGAAAACAAGGGGATATGGTACCCAAGGAAGTGCAAGAGGCCTTCCGTAATCTGG +ATAGTACTGCCCTTCTAACGGAAGAGAATTTTGGGAAACCAGACATATCCGCAAAAGACT +TGCGCAATATCATGTATGATCACCTCCCAGGTTTTGGCACAGCATTTCATCAACTAGTGC +AAGTTATCTGCAAGTTAGGGAAGGACAATTCCTCACTTGATGTAATTCATGCAGAATTTC +AGGCCAGCCTTGCTGAAGGAGACTCTCCTCAGTGTGCCCTGATTCAGATAACCAAACGGA +TTCCTATTTTCCAAGATGCAGCACCACCCGTAATCCATATTCGGTCACGCGGTGATATAC +CAAAGGCGTGTCAAAAGAGCCTCCGCCCTGTTCCACCATCACCAAAGATTGATAGGGGTT +GGGTATGCATATTCCAGCTACAAGACGGAAAAACACTCGGACTCAAAATCTAAGGTGAAC +AATTGCGCAACCTCCACAGTCGCCTATATTGCTTCCTTCCGGAATCAGGGTATGATCGCG +TAAAAAATAAGCTTCCAACATATTGATACACGATCCATATCCATAATGCCATCTCCAGGA +ATATGAGAACGCAAGGCCATATCAGGACCCGATCTCAATTCCAATGCAACCTACTGTTAA +GAATAAAATAACCAATGTCCTCTAGCCTTATATGTTCTCAAAAATACAAGTGATGAAGAT +TAAGAAAAAGCATCCTTTACTTGAGAGGAGCTAATTCTTTATACTTCATCTAATCTTTAA +GTAAGTTGATCACTACCACCATGAGGAGGGCAATTCTACCTACTGCACCGCCAGAATACA +TAGAGGCTGTCTACCCAATGAGAACGGTTAGTACTAGTATCAACAGTACTGCCAGTGGTC +CGAACTTTCCAGCACCGGATGTAATGATGAGTGATACACCCTCCAACTCACTCCGACCAA +TTGCTGATGATAACATCGATCATCCAAGTCATACACCAACCAGTGTTTCATCAGCCTTTA +TACTCGAGGCAATGGTGAATGTGATATCGGGGCCGAAGGTACTAATGAAGCAAATTCCTA +TATGGCTCCCCTTGGGTGTTGCTGATCAAAAAACATATAGTTTTGACTCAACTACAGCTG +CAATTATGCTCGCATCGTACACCATCACTCACTTTGGCAAAACCTCCAATCCGCTTGTGA +GAATCAATCGACTTGGTCCTGGGATCCCCGATCACCCGTTGCGGCTTCTAAGAATAGGAA +ATCAAGCCTTCTTGCAAGAGTTTGTGCTGCCTCCAGTTCAATTGCCGCAGTATTTCACTT +TTGACCTGACGGCTCTAAAGCTGATCACTCAACCTCTCCCGGCAGCAACCTGGACGGATG +ATACTCCGACCGGTCCTACAGGAATACTTCGTCCTGGAATTTCCTTTCATCCCAAACTGA +GACCTATCCTATTGCCAGGGAAGACCGGGAAAAGAGGATCCAGCTCCGATCTTACTTCTC +CTGATAAAATACAAGCAATAATGAACTTTCTCCAAGACCTCAAACTCGTGCCGATTGATC +CAGCCAAGAACATTATGGGTATTGAAGTGCCGGAACTCTTGGTCCACAGACTAACTGGAA +AGAAAATCACAACAAAAAATGGTCAACCAATAATTCCTATTCTTCTACCAAAGTATATTG +GCATGGATCCCATTTCTCAGGGAGACCTCACAATGGTCATCACTCAAGACTGTGACACTT +GCCATTCTCCTGCTAGTCTTCCTCCAGTCAGCGAGAAATGAGCATGAAGTCCGAGGCTGC +CCGGCCCACACGACCCCCAGGGCCTTCGTCCGGCTACCGAACCAACCATCCGACCTTCAT +CAAAACCAAAAAATACCGCCACGCGAAAGCTAAAATGCAGGACCACAATCCAACCAGCAA +CACCATCCATACACAGGTATCAATTGGGCTGCCGCAGCATATAGACCCAATAGCAAGCTG +CTGTCCAGAAAATAGTTCCGGAAAGTAACTCAACCATCGCAAGCCCAATGCAGCTTTCAG +AAATCCGCCAGCAACCCAACTCCACTGTACCCCCAATATTAACCTGAATCGACTAACCGC +ACTTTAATTTGAAGTACATTTGTTCAATGGGTTCATTATTAACAGTGTTGCTTTTAGATT +GTACCTTTGCTCACAGATAGTAAATTGTTATGGTATCAAATCTTATTAAGAAAAAGAACA +CGATGAAGATTAACGCGACCTAGAGCGCTGCCTTCATCTCATCAATTTAACTTGTCAATA +GAGCAACCTAGTTTGTGATTACTCATCTTCCGTAGTTGACAAACACTTTGCTGGTTAATT +GTAAATATACCACAGTCATCATGGTTACATCAGGAATTCTACAATTGCCCCGTGAACGCT +TCAGAAAAACATCATTTTTTGTTTGGGTAATAATCCTATTTCACAAAGTTTTCCCTATCC +CATTGGGCGTAGTTCACAACAACACTCTCCAGGTAAGTGATATAGATAAATTGGTGTGCC +GGGATAAACTTTCCTCCACAAGTCAGCTGAAATCGGTCGGGCTTAATCTAGAAGGTAATG +GAGTTGCCACAGATGTACCAACAGCAACGAAGAGATGGGGATTCCGAGCTGGTGTTCCAC +CCAAAGTGGTGAACTACGAAGCTGGGGAGTGGGCTGAAAACTGCTACAACCTGGACATCA +AGAAAGCAGATGGTAGCGAATGCCTACCTGAAGCCCCTGAGGGTGTAAGAGGCTTCCCTC +GCTGCCGTTATGTGCACAAGGTTTCTGGAACAGGGCCGTGCCCTGAAGGTTACGCTTTCC +ACAAAGAAGGCGCTTTCTTCCTGTATGATCGACTGGCATCAACAATCATCTATCGAAGCA +CCACGTTTTCAGAAGGTGTTGTGGCTTTCTTGATCCTCCCCGAAACTAAAAAGGACTTTT +TCCAATCGCCACCACTACATGAACCGGCCAATATGACAACAGACCCATCCAGCTACTACC +ACACAGTCACACTTAATTATGTGGCTGACAATTTTGGGACCAATATGACTAACTTTCTGT +TTCAAGTGGATCATCTAACTTATGTGCAACTTGAACCAAGATTCACACCACAATTTCTTG +TCCAACTCAATGAGACCATTTATACTAATGGGCGTCGCAGCAACACCACAGGAACACTAA +TTTGGAAAGTAAATCCTACTGTTGACACCGGCGTAGGTGAATGGGCCTTCTGGGAAAATA 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+TTGGACTAAGAACATTACTGACAAAATAGATCAAATCATTCATGATTTCATTGATAAACC +TCTACCAGATCAAACAGATAATGACAATTGGTGGACAGGGTGGAGGCAATGGGTTCCTGC +CGGGATCGGGATCACGGGGGTAATAATCGCAGTTATAGCACTGCTGTGTATTTGCAAATT +TCTACTCTAATCTAGTCCGACTCTGTACCAGCATAATGGCCTCTAAAATAAGCTTTTGCT +TCTGCTTCCTATAGTTAATACATTTCAGCAAAAATCAACTATTAAGTCAAAAGAAGATCC +CTCTAATAATCCTAATTACCTTCAAAAATCTAGAACTTTATTAATTCTCAGGGTATTTAG +AACAGCCAGATGACTTGACTAAGTTTGTACTGTAATAAAAAGATACTTGATGAAGATTAA +GAAAAAGACAGTCTTGTGATTGTCACTAATCTTCATCTCAAAACATATTATTTTACCAGA +AGCTACTATAGCCTACCTCCTTGACACATAGCAAACCTTACTCATGTTGATAATTGTTTG +CCTGCTATTTACATATTTACTAACTTACAAAATTATCTTGGGGATTTCTCTGAACATATA +ATCAGAATTGGCATTTAAAACACAAGTTAGTCCTAATGGACTCATTTCATGAGAGAGGGC +GTAGCAGAACTATTCGACAGAGTGCAAGAGATGGGCCGAGTCATCAAGTAAGAACAAGAT +CATCCTCCAGAGACAGCCACCGCAGCGAATATCATACACCTAGGAGCTCTTCCCAAGTTC +GAGTCCCGACTGTGTTTCATCGGAAGCGTACTGATTCTTTGACAGTTCCACCAGCACCAA +AGGACATATGTCCTACCTTAAGGAAAGGATTTTTGTGTGACAGCAATTTTTGTAAAAAGG +ACCATCAACTAGAAAGTTTAACAGATAGGGAGCTGCTTTTGCTGATTGCACGGAAAACCT +GCGGCTCCCTTGAACAACAATTGAACATCACTGCTCCTAAAGATACACGATTAGCAAATC +CAATTGCAGATGATTTCCAACAAAAAGACGGCCCAAAAATTACACTATTGACACTTTTGG +AGACTGCGGAGTATTGGTCAAAACAAGATATCAAGGGCATTGATGACTCAAGACTAAGAG +CATTACTAACCCTTTGTGCCGTCATGACGAGGAAATTCTCAAAATCCCAGCTTAGTCTAT +TGTGTGAGAGTCATCTACGACGAGAAGGGCTAGGACAGGATCAATCAGAATCTGTTCTTG +AAGTGTATCAGCGCTTACATAGCGACAAAGGCGGAAATTTTGAGGCAGCCCTATGGCAAC +AATGGGACCGACAGTCCTTGATCATGTTTATAACAGCATTTCTTAATATTGCTTTACAAT +TACCCTGTGAAAGTTCATCTGTTGTTATTTCAGGATTAAGGCTGCTAGTGCCTCAATCAG +AAGATACCGAGACCTCAACCTACACCGAGACACGTGCATGGTCAGAGGAAGGTGGCCCCC +ATTAACATCTTCCACAGTCGAATCTACCATAATTTCCCTATTCAACGCAGATAAGAATCA +GTACTAAACCACAAGTGCAAAAATTAACAAAACACCAGCATAAGTGAAATCCTGTCTGTG +ATTAGCAACACGAATGATCTTCAATCCTGTTGCAATTCGCCAGTGATAATTGTATTCACA +TTGTGGCCACAATATACTGTCTTTTCCCATTGAAAAATAAGGCTGAATCTATTACGCTAC +ACAAACTTACAGGATTAGCACCACGACGGCTCAATACTATACCTATTGGTCACGGCTCGA +TGTGTTAATCACTTATATTGTATTCATTTGAAATTACTCATTAGGCAAATACTTTGATTA +AGAAAAAATAATTGGAAAACCAGAAAATCCCTAGGTATTTAAATTCCTATCTCCGGAGAT +CCGAGATAATTAATCAAGCAATGAGGGAACAATGGTGAACAACAACATATTGTTGCCCCC +TTTAGATTGGTCAGTTCCAAAAACAAGTGATGAAGATTAATGCAGATGTCCAAGGAACAC +ATATTTGTGATTTAAACGTTCCAGTTAGACTCTGTTCAAGGATCTTCATCTTTTGTAGCT +CCACTCTGAGTCACAACATAATTGAGTTTTTGCTCAGAACAGTTATCAGGATTAAATTCT +CTCAAATAACTGAAACTACTAGCATCACTCTCAATTTCATTACTTACGACAATCATTATC +TTAATAATATTTCTCTAAATTACTGACTTAATTAGCTTGTAATCAGATAATATCGAAACC +AATTTATCATAAGGCATAATTTGTATAAGTGATTTAGGATTTACCCCAGAAGTGAAATAA +TTCTTAGAATAAAAGACCGACTAGAATATCCTTAAGGCTGTCTAACGTGCCACACAGCTA +GGGTTAGCCTGACATCTGGAACAAGATCGATACTAATATAGGGATTTGTTTCATACTAGC +TCTCTGCAAACACAATGGCTAAGGCAACAGGTAGGTACAACTTGGTTTCACCTAAAAAGG +ACCTCGAGAGGGGGCTTGTTTTGAGTGATTTGTGCACGTTTTTAGTTGATCAGACTATCC +AGGGGTGGCGGGTGACTTGGGTTGGGATTGAATTTGACATCGCCCAGAAAGGGATGGCTC +TACTGCATCGGTTAAAAACTGCTGACTTCGCTCCTGCATGGTCGATGACAAGGAATTTAT +TTCCTCATTTATTTCAAAATTCAAATTCTACTATTGAGTCTCCCCTCTGGGCATTACGAG +TGATTCTGGCAGCTGGTATTCAAGACCAGTTAATTGACCAATCCTTGGTAGAACCGTTGG +CCGGAGCCCTGAGCTTAGTCTCCGATTGGCTTCTTACAACAAACACAAACCATTTTCAAA 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\ No newline at end of file diff --git a/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/ebov/unreleased/CHANGELOG.md b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/ebov/unreleased/CHANGELOG.md new file mode 100644 index 000000000..478840da0 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/ebov/unreleased/CHANGELOG.md @@ -0,0 +1,11 @@ +## Unreleased + +- Add example mutation patterns for ADAR-like RNA editing (A>G on both strands) and C>T in CpG context (on both strands) + +## 2026-04-14T11:55:23Z + +- Align `pathogen.json` metadata with the current Nextclade schema layout. + +## 2025-09-24T07:29:03Z + +Initial release of this dataset. diff --git a/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/ebov/unreleased/README.md b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/ebov/unreleased/README.md new file mode 100644 index 000000000..2eee15c76 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/ebov/unreleased/README.md @@ -0,0 +1,47 @@ +# Nextclade dataset for Ebola virus (formerly Zaire Ebola virus) + +| Key | Value | +| ---------------------- | ------------------------------------------------------------------------------- | +| authors | [Eddy Lusamaki, Institut National de Recherche Biomédicale](https://inrb.net), [Nextstrain](https://nextstrain.org) | +| data source | Pathoplexus and Genbank | +| nextclade dataset path | nextstrain/orthoebolavirus/ebov | +| annotation | [NC_002549.1](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_002549) | + +This dataset allows users to assign Ebola virus (EBOV) sequences to known EBOV outbreaks for which high-quality genomes are available. +Ebola virus was formerly known as Ebola virus Zaire, but has been [renamed as Ebola virus (EBOV) in the genus Orthoebolavirus by ICTV](https://ictv.global/report/chapter/filoviridae/filoviridae/orthoebolavirus). + + +## Data provenance and Acknowledgements + +The reference tree in this dataset sources data from Pathoplexus and includes RESTRICTED sequences. +These sequences were generously shared pre-publication by the authors to aid public health response. +It is not allowed to use these sequences in preprints or publications without permission of the authors, see [Pathoplexus data use terms](https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/data-use-terms) for details. + +This work is made possible by the open sharing of genetic data among research groups led by the Ministry of Public Health of DRC, Hygiene and Prevention through INRB (DRC), all technical outbreak response teams within the INSP-COUSP and health division of the affected provinces. + +Data are shared via [Pathoplexus](https://pathoplexus.org), and analysis via [virological.org](https://virological.org) and Nextstrain, and will be continuously updated as new sequences are generated. If you intend to use these sequences before final publication of papers describing them, please contact Prof.~Placide Mbala-Kingebeni for request and coordination. + +#### Partner institutions and consortia + +Sequence data were generated by the Pathogen Genomics Laboratory at INRB in the DRC in partnership with: + +* Africa Centres for Disease Control and Prevention, Addis Ababa, Ethiopia +* Biosurv international +* Culmen International +* Institute of Ecology and Evolution, University of Edinburgh, Edinburgh EH9 3FL, UK +* Institute of Tropical Medicine, Antwerp, Belgium +* TransVIHMI, Université de Montpellier, INSERM, IRD, Montpellier, France +* University of Birmingham, Birmingham, UK +* University of California Los-Angeles (UCLA), Los-Angeles, USA +* University of Manitoba, Winnipeg, Manitoba, Canada +* University of Bern, Switzerland +* US Department of Agriculture, Manhattan, KS, USA +* Viral Special Pathogens, US Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, GA, USA +* World Health Organization Country Office, Kinshasa, Democratic Republic of the Congo +* World Health Organization, Geneva, Switzerland + +##### List of abbreviations: + +DRC: Democratic Republic of the Congo; DSE: Direction de la Surveillance Epidémiologique; IRD: Institut de Recherche pour le Développement; INRB: Institut National de Recherche Biomédicale; INSERM: Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale; INSP-COUSP: Institut National de Santé Publique - Centre des Opérations des Urgences de Santé Publique; PNLFHMPX: Programme National de Lutte contre les Fièvres Hémorragiques et le Mpox; UCLA: University of California Los -Angeles; WHO: World Health Organization; USDA: United States Department of Agriculture + + diff --git a/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/ebov/unreleased/dataset.zip b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/ebov/unreleased/dataset.zip new file mode 100644 index 000000000..b37444a59 Binary files /dev/null and b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/ebov/unreleased/dataset.zip differ diff --git a/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/ebov/unreleased/example_sequences.fasta b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/ebov/unreleased/example_sequences.fasta new file mode 100644 index 000000000..1efceff33 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/ebov/unreleased/example_sequences.fasta @@ -0,0 +1,11168 @@ +>PP_000LCGH +ATGGGTATTACAGGAATATTGCAGTTACCTCGTGATCGATTCAAGAGGACATCATTCTTT +CTTTGGGTAATTATCCTTTTCCAAAGAACATTTTCCATCCCACTTGGAATCATCCACAAT +AGCACATTACAAGTTAGTGATGTCGACAAACTAGTTTGTCGTGACAAACTGTCATCCACA +AATCAATTGAGATCAGTTGGACTGAATCTCGAAGGGAATGGAGTGGCAACTGACGTGCCA +TCTGCAACTAAAAGATGGGGCTTCAGGTCCGGTGTCCCTCCAAAGGTGGTCAATTATGAA +GCTGGTGAATGGGCTGAAAACTGCTACAATCTTGAAATCAAAAAACCTGACGGGAGTGAG +TGTCTACCAGCAGCGCCAGACGGGATTCGGGGCTTCCCCCGGTGCCGGTATGTGCACAAA +GTATCAGGAACGGGACCGTGTGCCGGAGACTTTGCCTTCCACAAAGAGGGTGCTTTCTTC +CTGTATGATCGACTTGCTTCCACAGTTATCTACCGAGGAACGACTTTCGCTGAAGGTGTC +GTTGCATTTCTGATACTGCCCCAAGCTAAGAAGGACTTCTTCAGCTCACACCCCTTGAGA +GAGCCGGTCAATGCAACGGAGGACCCGTCCAGTGGCTACTATTCTACCACAATTAGATAT +CAGGCTACCGGTTTTGGAACCAATGAGACGGAGTACTTGTTCGAGGTTGACAATTTGACC +TACGTCCAACTTGAATCAAGATTCACGCCACAGTTTTTGCTCCAGCTGAATGAGACAATA +TATGCAAGTGGGAAAAGGAGCAACACCACGGGAAAACTAATTTGGAAGGTCAACCCCGAA +ATTGATACTACAATCGGGGAGTGGGCTTTCTGGGAAACTAAAAATACCTCACTAGAAAAA +TTCGCAGTGAAGAGTTGTCTTTCACAGCTGTATCAAACGGAGCCAAAGACATCAGTGGTC +AGAGTCCGGCGCGAACTTCTTCCGACCCAGAGACGTACACAACATCTGGAGACCACAAAA +TCATGGCTTCAGAAAATTCCTCTGCAATGGTTCAAGTGCACAATCAAGGAAGGGAAGCTG +CAGTGTCGCATCTGATAACCTTTGCCACAATCTCCACGAGTCCTCAATCCCCTACAACCA +AACCAGGTCAGGACAACAGCACCCATAATACACCCGTGTATAAACTTGACATCTCTGAGG +CAACTCAAGTTGAACAACATCATCGCAGAACAGACAACGACAGCACAGCCTCCGACACTC +CCCCCGCCACGACCGCAGCCGGACCCCCAAAAGCAGAGAACATCAACACGAGCAAGAGCG +CTGACTCCCTGGACCCCGCCACCACGACAAGTCCCCAAAACTACAGCGAGACCGCTGGCA +ACAACAACACTCATCACCAAGATACCGGAGAAGAGAGTGCCGGCAGCGGGAAGCTGGGCT +TGATTGCCAATACTATTGCTGGAGTCGCAGGGCTGATCACAGGCGGGAGAAGAACTCGAA +GAGAAGCAATTGTCAATGCTCAACCCAAATGCAACCCCAATCTACATTACTGGACTACTC +AGGATGAAGGTGCTGCAATCGGATTGGCCTGGATACCATATTTCGGGCCAGCAGCCGAGG +GAATTTACACAGAGGGGCTAATGCACAATCAAGATGGTTTAATCTGTGGATTGAGGCAGC +TGGCCAATGAGACGACTCAAGCTCTTCAACTGTTCCTGAGAGCCACAACTGAGCTACGCA +CCTTTTCAATCCTCAACCGTAAGGCAATTGATTTCTTGCTGCAGCGATGGGGCGGCACAT +GCCACATTTTGGGACCGGACTGCTGTATCGAACCACATGATTGGACCAAGAACATAACAG +ACAAAATTGATCAGATTATTCATGATTTTGTTGATAAAACCCTTCCGGACCAGGGGGACA +ATGACAATTGGTGGACTGGATGGAGACAATGGATACCGGCAGGTATTGGAGTTACAGGCG +TTATAATTGCAGTTATTGCTTTATTCTGTATATGCAAATTTGTCTTTTAG +>PP_000LCJC +ATGGGTATTACAGGGATATTGCAGTTACCTCGTGATCGATTCAAGAGGACATCATTCTTT +CTTTGGGTAATTATCCTTTTCCAAAGAACATTTTCCATCCCACTTGGAGTCATCCACAAT +AGCACATTACAAGTTAGTGATGTCGACAAACTAGTTTGTCGTGACAAACTGTCATCCACA +AATCAATTGAGATCAGTTGGACTGAATCTCGAAGGGAATGGAGTGGCAACTGACGTGCCA +TCTGCAACTAAAAGATGGGGCTTCAGGTCCGGTGTCCCTCCAAAGGTGGTCAATTATGAA +GCTGGTGAATGGGCTGAAAACTGCTACAATCTTGAAATCAAAAAACCTGACGGGAGTGAG +TGTCTACCAGCAGCGCCAGACGGGATTCGGGGCTTCCCCCGGTGCCGGTATGTGCACAAA +GTATCAGGAACGGGACCGTGTGCCGGAGACTTTGCCTTCCACAAAGAGGGTGCTTTCTTC +CTGTATGATCGACTTGCTTCCACAGTTATCTACCGAGGAACGACTTTCGCTGAAGGTGTC +GTTGCATTTCTGATACTGCCCCAAGCTAAGAAGGACTTCTTCAGCTCACACCCCTTGAGA +GAGCCGGTCAATGCAACGGAGGACCCGTCCAGTGGCTACTATTCTACCACAATTAGATAT +CAGGCTACCGGTTTTGGAACCAATGAGACGGAGTACTTGTTCGAGGTTGACAATTTGACC +TACGTCCAACTTGAATCAAGATTCACGCCACAGTTTTTGCTCCAGCTGAATGAGACAATA +TATGCAAGTGGGAAAAGGAGCAACACCACGGGAAAACTAATTTGGAAGGTCAACCCCGAA +ATTGATACAACAATCGGGGAGTGGGCCTTCTGGGAAACTAAAAAAACCTCACTAGAAAAA +TTCGCAGTGAAGAGTTGTCTTTCACAGCTGTATCAAACGGAGCCAAAGACATCAGTGGTC +AGAGTCCGGCGCGAACTTCTTCCGACCCAGAGACCTACACAACAACTGAAGACCACAAAA +TCATGGCTTCAGAAAATTCCTCTGCAATGGTTCAAGTGCACAATCAAGGAAGGGAAGCTG +CAGTGTCGCATCTGATAACCCTTGCCACAATCTCCACGAGTCCTCAATCCCCTACAACCA +AACCAGGTCAGGACAACAGCACCCATAATACACCCGTGTATAAACTTGACATCTCTGAGG +CAACTCAAGTTGAACAACATCATCGCAGAACAGACAACGACAGCACAGCCTCCGACACTC +CCCCCGCCACGACCGCAGCCGGACCCCCAAAAGCAGAGAACATCAACACGAGCAAGAGCG +CTGACTCCCTGGACCCCGCCACCACGACAAGTCCCCAAAACTACAGCGNGACCGCTGGCA +ACAACAACACTCATCACCAAGATACCGGAGAAGAGAGTGCCGGCAGCGGGAAGCTGGGCT +TGATTGCCAATACTATTGCTGGAGTCGCAGGGCTGATCACAGGCGGGAGAAGAACTCGAA +GAGAAGCAATTGTCAATGCTCAACCCAAATGCAACCCCAATCTACATTACTGGACTACTC +AGGATGAAGGTGCTGCAATCGGATTGGCCTGGATACCATATTTCGGGCCAGCAGCCGAGG +GAATTTACACAGAGGGGCTAATGCACAATCAAGATGGTTTAATCTGTGGATTGAGGCAGC +TGGCCAATGAGACGACTCAAGCTCTTCAACTGTTCCTGAGAGCCACAACTGAGCTACGCA +CCTTTTCAATCCTCAACCGTAAGGCAATTGATTTCTTGCTGCAGCGATGGGGCGGCACAT +GCCACATTTTGGGACCGGACTGCTGTATCGAACCACATGATTGGACCAAGAACATAACAG +ACAAAATTGATCAGATTATTCATGATTTTGTTGATAAAACCCTTCCGGACCAGGGGGACA +ATGACAATTGGTGGACTGGATGGAGACAATGGATACCGGCAGGTATTGGAGTTACAGGCG +TTATAATTGCAGTTATTGCTTTATTCTGTATATGCAAATTTGTCTTTTAG +>PP_000LCKA +ATGGGTATTACAGGAATATTGCAGTTACCTCGTGATCGATTCAAGAGGACATCATTCTTT +CTTTGGGTAATTATCCTTTTCCAAAGAACATTTTCCATCCCACTTGGAGTCATCCACAAT +AGCACATTACAAGTTAGTGATGTCGACAAACTAGTTTGTCGTGACAAACTGTCATCCACA +AATCAATTGAGATCAGTTGGACTGAATCTCGAAGGGAATGGAGTGGCAACTGACGTGCCA +TCTGCAACTAAAAGATGGGGCTTCAGGTCCGGTGTCCCTCCAAAGGTGGTCAATTATGAA 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Lusamaki, Institut National de Recherche Biom\u00e9dicale","url":"https://inrb.net/"},{"name":"Nextstrain","url":"http://nextstrain.org"}],"display_defaults":{"color_by":"clade_membership","geo_resolution":"country"},"genome_annotations":{"GP":{"segments":[{"end":6923,"start":6039},{"end":8068,"start":6923}],"seqid":"../shared/zaire/reference.gb","strand":"+","type":"CDS"},"L":{"end":18219,"seqid":"../shared/zaire/reference.gb","start":11581,"strand":"+","type":"CDS"},"NP":{"end":2689,"seqid":"../shared/zaire/reference.gb","start":470,"strand":"+","type":"CDS"},"VP24":{"end":11100,"seqid":"../shared/zaire/reference.gb","start":10345,"strand":"+","type":"CDS"},"VP30":{"end":9375,"seqid":"../shared/zaire/reference.gb","start":8509,"strand":"+","type":"CDS"},"VP35":{"end":4151,"seqid":"../shared/zaire/reference.gb","start":3129,"strand":"+","type":"CDS"},"VP40":{"end":5459,"seqid":"../shared/zaire/reference.gb","start":4479,"strand":"+","type":"CDS"},"nuc":{"end":18959,"start":1,"strand":"+","type":"source"},"sGP":{"end":7133,"seqid":"../shared/zaire/reference.gb","start":6039,"strand":"+","type":"CDS"},"ssGP":{"segments":[{"end":6922,"start":6039},{"end":6933,"start":6924}],"seqid":"../shared/zaire/reference.gb","strand":"+","type":"CDS"}},"description":"## Data provenance, Terms and Conditions, and Acknowledgements\n\nThe reference tree in this dataset sources data from Pathoplexus and includes RESTRICTED sequences.\nThese sequences were generously shared pre-publication by the authors to aid public health response.\nIt is not allowed to use these sequences in preprints or publications without permission of the authors, see [Pathoplexus data use terms](https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/data-use-terms) for details.\n\nThis work is made possible by the open sharing of genetic data among research groups led by the Ministry of Public Health of DRC, Hygiene and Prevention through INRB (DRC), all technical outbreak response teams within the INSP-COUSP and health division of the affected provinces.\n\nData are shared via [Pathoplexus](https://pathoplexus.org), and analysis via [virological.org](https://virological.org) and Nextstrain, and will be continuously updated as new sequences are generated. If you intend to use these sequences before final publication of papers describing them, please contact Prof.~Placide Mbala-Kingebeni for request and coordination.\n\n#### Partner institutions and consortia\n\nSequence data were generated by the Pathogen Genomics Laboratory at INRB in the DRC in partnership with:\n\n* Africa Centres for Disease Control and Prevention, Addis Ababa, Ethiopia\n* Biosurv international\n* Culmen International\n* Institute of Ecology and Evolution, University of Edinburgh, Edinburgh EH9 3FL, UK\n* Institute of Tropical Medicine, Antwerp, Belgium\n* TransVIHMI, Universit\u00e9 de Montpellier, INSERM, IRD, Montpellier, France\n* University of Birmingham, Birmingham, UK\n* University of California Los-Angeles (UCLA), Los-Angeles, USA\n* University of Manitoba, Winnipeg, Manitoba, Canada\n* University of Bern, Switzerland\n* US Department of Agriculture, Manhattan, KS, USA\n* Viral Special Pathogens, US Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, GA, USA\n* World Health Organization Country Office, Kinshasa, Democratic Republic of the Congo\n* World Health Organization, Geneva, Switzerland\n\n##### List of abbreviations:\n\nDRC: Democratic Republic of the Congo; DSE: Direction de la Surveillance Epid\u00e9miologique; IRD: Institut de Recherche pour le D\u00e9veloppement; INRB: Institut National de Recherche Biom\u00e9dicale; INSERM: Institut National de la Sant\u00e9 et de la Recherche M\u00e9dicale; INSP-COUSP: Institut National de Sant\u00e9 Publique - Centre des Op\u00e9rations des Urgences de Sant\u00e9 Publique; PNLFHMPX: Programme National de Lutte contre les Fi\u00e8vres H\u00e9morragiques et le Mpox; UCLA: University of California Los -Angeles; WHO: World Health Organization; USDA: United States Department of Agriculture\n\n","colorings":[{"key":"clade_membership","title":"Clade","type":"categorical"},{"key":"gt","title":"Genotype","type":"categorical"},{"key":"author","title":"Author","type":"categorical"},{"key":"country","title":"Country","type":"categorical"},{"key":"division","title":"Division","type":"categorical"},{"key":"dataUseTerms","title":"Data use terms","type":"categorical"},{"key":"year","title":"year","type":"continuous"}],"filters":["country","division","author"],"geo_resolutions":[{"key":"country","demes":{"Sierra Leone":{"latitude":8.6400349,"longitude":-11.8400269},"Liberia":{"latitude":5.7499721,"longitude":-9.3658524},"Gabon":{"latitude":-0.8999695,"longitude":11.6899699},"Democratic Republic of the Congo":{"latitude":-4.0383,"longitude":21.7587},"Guinea":{"latitude":10.7226226,"longitude":-10.7083587}}},{"key":"division","demes":{"Equateur":{"latitude":0.564,"longitude":20.3309},"Gueckedou":{"latitude":8.561649,"longitude":-10.132821},"Nord Kivu":{"latitude":-0.5645647,"longitude":28.7061945},"Nzerekore Region":{"latitude":8.372084107777571,"longitude":-8.834666578951598}}}],"panels":["tree","map","entropy"]},"tree":{"name":"NODE_0000000","node_attrs":{"div":0,"clade_membership":{"value":"unassigned"}},"branch_attrs":{"mutations":{"nuc":["C149T","C230T","G360A","T377C","G381A","A388G","T392C","A491G","G500A","A619G","G721A","A852G","A895G","C1094T","C1198T","T1456C","A1495G","C1552T","G1843A","G1879A","T1969C","G1996A","T2019C","T2049C","A2070G","C2086T","G2095T","G2242A","C2338T","G2341A","T2399C","A2536G","T2584C","T2612C","G2641A","G2699T","C2702T","C2715T","G2739A","A2753C","T2927C","C2928T","A2931G","C3163T","C3620T","A3738G","A4055G","A4182C","G4255A","G4277A","T4301C","G4388A","G4417A","A4562G","G4610A","C4643T","C4664T","C4838T","T4913C","A5258T","T5489C","A5520T","C5535T","C5547T","T5593C","T5643C","G5650A","A5672G","T5748C","G5773A","A5815G","G5971A","G5991A","C6007T","C6044T","G6476A","T6500C","A6822G","T6842C","T6966C","G6980C","G7029A","A7132G","C7162T","T7166C","T7170C","T7301C","T7303C","A7358G","T7365C","A7384G","C7622T","T7668C","A7714G","C7847T","A8092C","C8119T","T8139C","T8190C","T8263C","C8267A","C8372A","A8538C","G8787A","T9243C","G9513A","G9519A","C9526T","G9535A","T9564C","C9703T","A9762C","C9772T","G9785C","T9873A","G10001A","T10021C","C10026T","C10081T","A10157T","T10191C","T10192C","A10241G","T10270-","T10307C","C10440T","G10452A","G10461A","T10464C","C10569A","T10979A","A11043G","G11106A","A11108G","T11170C","C11308T","T11377A","A11418G","C11439A","C11499T","A11560C","T11613C","G11739A","C11745T","G11769A","G11815A","A11844G","A11970C","T12042C","C12213T","A12355G","T12519C","A12573G","G12591A","C12804T","C12828A","G12891A","C12978T","T13113C","A13185G","C13221T","C13266T","T13434C","A13440G","A13629G","G13647A","T13821C","T14208C","G14214A","C14547T","C14553T","T14670C","G14673A","C14829T","T14916C","T14937A","A14952G","T15004G","A15057T","A15600G","G15728A","T15774C","A15897G","T16071C","G16347T","T16356C","T16360C","T16410A","A16494G","A16518G","C16731A","C16783A","T16805C","G16821A","C16935T","A16995G","C17061T","A17079G","A17336G","A17370G","T17439C","T17484C","T17512C","A17649G","A17688G","T17730C","G17733T","A17877G","C18075T","C18248T","T18262C","C18319T","C18328T","C18355T","T18365C","A18375G","T18447C","A18579G","T18646A","C18655T","C18704T","G18767T"],"GP":["T262A","V310A","G331E","S377P","L378P","P382T","S422P","T441A","F443S","I544T"],"L":["V79I","E130D","I259V","F1142V","S1383N","Y1594H","F1610L","A1656T","F1742S","K1919R","E2051D"],"NP":["I8V","A11T","K128R","I517T","R525T","I527T","H534R","S644P","K728R"],"VP24":["M212K"],"VP35":["A12V","N204D"],"sGP":["T262A","G331R"],"ssGP":["T262A"]},"labels":{"aa":"GP: T262A, V310A, G331E, S377P, L378P, P382T, S422P, T441A, F443S, I544T; 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\ No newline at end of file diff --git a/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/sudv/unreleased/CHANGELOG.md b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/sudv/unreleased/CHANGELOG.md new file mode 100644 index 000000000..4763aa37d --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/sudv/unreleased/CHANGELOG.md @@ -0,0 +1,11 @@ +## Unreleased + +- Add an example mutation pattern for ADAR-like RNA editing (A>G on both strands) + +## 2026-04-14T11:55:23Z + +- Align `pathogen.json` metadata with the current Nextclade schema layout. + +## 2025-09-24T07:29:03Z + +Initial release of this dataset. diff --git a/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/sudv/unreleased/README.md b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/sudv/unreleased/README.md new file mode 100644 index 000000000..5ec15bd50 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/sudv/unreleased/README.md @@ -0,0 +1,11 @@ +# Nextclade dataset for Sudan virus (formerly Ebola virus Sudan) + +| Key | Value | +| ---------------------- | ------------------------------------------------------------------------------- | +| authors | [Cornelius Roemer](https://neherlab.org), [Richard Neher](https://neherlab.org) | +| data source | Genbank | +| nextclade dataset path | nextstrain/orthoebolavirus/sudv | +| annotation | [NC_006432.1](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_006432) | + +Sudan virus was formerly known as Ebola virus Sudan, but has been [renamed as Sudan virus (SUDV) in the genus Orthoebolavirus by ICTV](https://ictv.global/report/chapter/filoviridae/filoviridae/orthoebolavirus). + diff --git a/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/sudv/unreleased/dataset.zip b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/sudv/unreleased/dataset.zip new file mode 100644 index 000000000..ccadb737e Binary files /dev/null and b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/sudv/unreleased/dataset.zip differ diff --git a/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/sudv/unreleased/examples.fasta b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/sudv/unreleased/examples.fasta new file mode 100644 index 000000000..9e8cd315b --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/orthoebolavirus/sudv/unreleased/examples.fasta @@ -0,0 +1,32 @@ +>AY729654.1 ||Sudan ebolavirus|Uganda +CGGACACACAAAAAGAAAGAAAAGTTTTTTATACTTTTTGTGTGCGAATAACTATGAGGAAGATTAATCATTTTCCTCAAACTCAAACTAATATTAACATTGAGATTGATCTCATCATTTACCAATTGGAGACAATTTAACTAGTCAATCCCCCATTTGGGGGCATTCCTAAAGTGTTGCAAAGGTATGTGGGTCGTATTGCTTTGCCTTTTCCTAACCTGGCTCCTCCTACAATTCTAACCTGCTTGATAAGTGTGATTACCTGAGTAATAGACTAATTTCGTCCTGGTAATTAGCATTTTCTAGTAAAACCAATACTATCTCAAGTCCTAAGAGAAGGTGAGAAGAGGGTCCCGAGGTATCCCTCCAGTCCACAAAATCTAGCTAATTTTAGCTGAGTGGACTGATTACTCTCATCACACGCTAACTACTAAGGGTTTACCTGAGAGCCTACAACATGGATAAACGGGTGAGAGGTTCATGGGCCCTGGGAGGACAATCTGAAGTTGATCTTGACTACCACAAAATATTAACAGCCGGGCTTTCGGTCCAACAAGGGATTGTGCGACAAAGAGTCATCCCGGTATATGTTGTGAGTGATCTTGAGGGTATTTGTCAACATATCATTCAGGCCTTTGAAGCAGGCGTAGATTTCCAAGATAATGCTGACAGCTTCCTTTTACTTTTATGTTTACATCATGCTTACCAAGGAGATCATAGGCTCTTCCTCAAAAGTGATGCAGTTCAATACTTAGAGGGCCATGGTTTCAGGTTTGAGGTCCGAGAAAAGGAGAATGTGCACCGTCTGGATGAATTGTTGCCCAATGTCACCGGTGGAAAAAATCTTAGGAGAACATTGGCTGCAATGCCTGAAGAGGAGACAACAGAAGCTAATGCTGGTCAGTTTTTATCCTTTGCCAGTTTGTTTCTACCCAAACTTGTCGTTGGGGAGAAAGCGTGTCTGGAAAAAGTACAAAGGCAGATTCAGGTCCATGCAGAACAAGGGCTCATTCAATATCCAACTTCCTGGCAATCAGTTGGACACATGATGGTGATCTTCCGTTTGATGAGAACAAACTTTTTAATCAAGTTCCTACTAATACATCAGGGGATGCACATGGTCGCAGGCCATGATGCGAATGACACAGTAATATCTAATTCTGTTGCCCAAGCAAGGTTCTCTGGTCTTCTGATTGTAAAGACTGTTCTGGACCACATCCTACAAAAAACAGATCTTGGAGTACGACTTCATCCACTGGCCAGGACAGCAAAAGTCAAGAATGAGGTCAGTTCATTCAAGGCAGCTCTTGGCTCACTTGCCAAGCATGGAGAATATGCTCCATTTGCACGTCTCCTCAATCTTTCTGGAGTCAACAACTTGGAACATGGGCTTTATCCACAACTCTCAGCCATTGCTTTGGGTGTTGCAACTGCCCACGGGAGCACGCTGGCTGGTGTTAATGTAGGGGAGCAATATCAGCAACTGCGTGAGGCTGCTACTGAAGCTGAAAAGCAACTCCAACAATATGCTGAAACACGTGAGTTGGACAACCTTGGGCTTGATGAACAGGAAAAGAAGATTCTCATGAGCTTCCACCAGAAGAAGAATGAGATCAGCTTCCAGCAAACTAACGCAATGGTAACCCTGAGGAAAGAGCGGCTGGCCAAACTGACCGAAGCCATCACGACTGCATCAAAGATCAAGGTTGGAGATCGTTATCCTGATGACAATGATATTCCATTTCCCGGGCCGATCTATGATGAAACCCACCCCAACCCTTCTGATGATAATCCTGATGATTCACGTGATACAACTATCCCAGGTGGTGTTGTTGACCCGTATGATGATGAGAGTAATAATTATCCTGACTACGAGGATTCGGCTGAAGGCACCACAGGAGATCTTGATCTCTTCAATTTGGACGACGACGATGACGACAGCCAACCAGGACCACCAGACAGGGGGCAGAGCAAGGAAAGAGCGGCTCGGACACATGGCCTCCAAGATCCGACCTTGGACGGAGCGAAAAAGGTGCCGGAGTTGACCCCAGGTTCCCACCAACCAGGCAACCTCCACATCACCAAGCCGGGTTCAAACACCAACCAACCACAAGGCAATATGTCATCTACTCTCCAGAGTATGACCCCTATACAGGAAGAATCAGAGCCCGATGATCAGAAAGATGATGATGACGAGAGTCTCACATCCCTTGACTCTGAAGGTGACGAAGATGTTGAGAGCGTATCAGGGGAGAACAACCCAACTGTAGCTCCACCAGCACCAGTCTACAAAGATACTGGAGTAGACACTAATCAGCAAAATGGACCAAGCAATGCTGTAGATGGTCAAGGTTCTGAAAGTGAAGCTCTCCCAATCAACCCCGAAAAGGGATCTGCACTGGAAGAAACATATTATCATCTCCTAAAAACACAGGGTCCATTTGAGGCAATCAATTATTATCACCTAATGAGTGATGAGCCCATTGCTTTTAGCACTGAAAGTGGCAAGGAATATATCTTCCCAGATTCTCTTGAAGAAGCCTACCCGCCTTGGTTGAGTGAGAAGGAGGCCTTAGAGAAAGAAAATCGTTATCTGGTCATTGATGGCCAGCAATTCCTCTGGCCAGTAATGAGCCTACAGGACAAGTTCCTTGCTGTTCTTCAACATGACTGAGGACCCATGATTAGTAGATTTTGTTTATTCTGAGCTTGATTATAATTGTTTTGATAATTCAAGTATGAGCAACCAACCCGAAATATAAACCCTATTTTAGTTATGAGGAAATTAAATAAATAATCTGTAAGTTGTAGGACTATGAAGAGCTGCTTGTGTCAATTTATCACGGGCTAATACCCATACCGCAAGAATAATTATTTAGTAATTTTGATCAGCTTATGATATGTACCAATAGGAAAACATTATAGCATTAAAACATAAAGTATCCTTCGATGAGCTTAGGAGGATAATATCCTGATGAATTCTATAGAACTTAGGATTAAGAAAAAATTCATGATGAAGATTAAAACCTTCATCATCCTTTAAAAAGAGAGCTATTCTTTATCTGAATGTCCTTATTAATGTCTAAGAGCTATTATTTTGTACCCTCTTAGCCTAGACACTGCCCAGCATATAAGCCATGCAGCAGGATAGGACTTATAGACATCATGGACCCGAAGTGTCTGGCTGGTTTTCTGAGCAATTAATGACCGGCAAAATACCGCTAACAGAGGTGTTTGTTGATGTTGAAAACAAACCAAGTCCTGCCCCGATAACCATTATTAGTAAGAATCCCAAGACAACACGTAAAAGTGATAAGCAAGTCCAAACAGATGATGCCAGTAGCTTATTGACAGAAGAAGTCAAGGCTGCCATAAATTCGGTGATATCAGCTGTGCGTCGGCAAACCAATGCTATTGAATCACTAGAAGGTCGAGTAACAACTCTTGAGGCCAGCTTAAAACCCGTTCAAGACATGGCAAAGACCATATCATCCCTGAATCGCAGCTGTGCCGAAATGGTTGCAAAATACGACCTACTGGTGATGACCACTGGGCGAGCAACTGCCACTGCTGCAGCAACAGAAGCATATTGGAATGAACATGGACAAGCACCTCCAGGCCCATCATTGTACGAGGATGATGCTATTAAGGCTAAATTGAAAGATCCGAACGGGAAGGTTCCAGAAAGTGTCAAACAGGCCTACATAAATCTAGATAGCACAAGTGCCCTCAATGAGGAAAATTTCGGGCGACCTTACATTTCAGCAAAAGATCTCAAGGAAATCATCTATGACCATCTCCCAGGATTTGGGACAGCTTTTCATCAGTTGGTGCAGGTTATCTGCAAAATTGGTAAGGATAATAATATCCTAGACATAATTCATGCAGAATTCCAAGCAAGCTTGGCTGAGGGAGACTCCCCCCAGTGTGCATTAATCCAGATAACAAAACGGATCCCTGCTTTCCAAGATGCCTCTCCTCCAATTGTGCATATCAAGTCTCGAGGAGATATACCCAAAGCCTGTCAGAAAAGCCTCCGGCCGGTCCCACCGTCACCAAAGATCGATAGAGGTTGGGTCTGTATTTTTCAATTCCAAGACGGGAAGGCCCTTGGGCTAAAAATATGATACAGAAGCAAGGTAAGCTCATTTTGCGATGGCCAAATGATACTTATGACTGTTTAAAATCAAGTTAGACTAATAGTCTATTGTGTCATAAGCTTATAAGTCAGTTTTAAATTTCCCCTCTATCCTAATCAATTGATAATGCTGTCAATAGGGAAATTCCCCTGTATTGTAATAAGACCTCATTAACATATTTCCCCTGCTTAGTACTATGCAGAAACCCCCGAGCAAATTAAAATTGATGAAGATTAAGAAAAAGAGGGATTTTCTCAGGAAAAATCTTTTTTCTTACCTTCATCTCATTTAAACAAATTTAGGACTCAGGAAAAATGAGAAGGGTCACTGTGCCGACTGCACCACCTGCCTATGCTGACATTGGCTATCCTATGAGCATGCTTCCCATCAAGTCAAGCAGGGCTGTGAGTGGAATTCAACAGAAACAAGAGGTCCTTCCTGGAATGGATACACCATCAAATTCTATGAGACCTGTTGCTGATGATAACATTGATCATACAAGTCATACCCCGAACGGAGTGGCCTCAGCATTCATCTTGGAGGCAACTGTCAATGTGATCTCGGGGCCCAAAGTCCTCATGAAACAAATCCCTATTTGGTTGCCACTCGGAATTGCTGACCAAAAAACGTACAGTTTTGACTCAACAACAGCAGCAATTATGCTCGCATCTTATACGATCACCCATTTTGGAAAGGCCAACAACCCCCTCGTTAGAGTGAATCGACTTGGTCAGGGAATACCGGATCACCCACTCAGATTGCTCAGGATGGGGAACCAGGCTTTCCTTCAAGAGTTTGTGCTACCACCAGTTCAACTGCCGCAATATTTCACTTTTGATCTGACTGCACTCAAACTAGTG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+>OQ672995.1 |2022-10-28|Sudan ebolavirus|Uganda 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+>OQ672986.1 |2022-10-25|Sudan ebolavirus|Uganda 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+>OQ672954.1 |2022-09-23|Sudan ebolavirus|Uganda 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+>OQ672978.1 |2022-09-25|Sudan ebolavirus|Uganda 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+>OQ672958.1 |2022-10-13|Sudan ebolavirus|Uganda 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+>OQ672985.1 |2022-10-23|Sudan ebolavirus|Uganda 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+>OQ673054.1 |2022-09-20|Sudan ebolavirus|Uganda 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+>MT583345.1 |2000|Sudan ebolavirus|Uganda 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+>MH121163.1 |2000|Sudan ebolavirus|Uganda 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