From efc9fd2dabe888924678a5f39e8f4e2c75006b44 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andree Valle Campos Date: Fri, 7 Nov 2025 17:23:57 +0000 Subject: [PATCH 1/5] change table from markdown to latex format --- learners/files/out_fr.qmd | 40 +++++++++++++++++++++++---------------- 1 file changed, 24 insertions(+), 16 deletions(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 8ea5b729..c801b6f5 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -172,22 +172,30 @@ Un paramètre dans un modèle de transmission correspond à une propriété biol Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. De plus, notez que nous exécuterons la simulation pendant 120 jours. -| Paramètre | Valeur | Définition | -|:------------------------:|:------:|:-----------:| -| `bf_pop` | ___ | Taille de la population | -| `S/N` | ___ | Proportion de personnes sensibles | -| `E/N` | ___ | Proportion de personnes exposées | -| `I/N` | ___ | Proportion de personnes infectieuses | -| `R/N` | ___ | Proportion de personnes rétablies | -| `V/N` | ___ | Proportion de personnes vaccinées | -| `r0` | ___ | Nombre de reproduction de base | -| `latent_period` | ___ | Temps entre l'infection et le début de la contagiosité (jours) | -| `infectious_period` | ___ | Durée de la période de contagion (jours) | -| `transmission_rate` | ___ | Taux auquel les individus infectieux infectent les personnes sensibles (r0 / infectious_period) | -| `infectiousness_rate` | ___ | Taux de progression des exposés vers les infectieux (1 / latent_period) | -| `recovery_rate` | ___ | Taux de progression des infectieux vers les rétablis (1 / infectious_period) | -| `time_end` | ___ | Nombre maximal d'unités de temps pour la simulation (jours) | -| `increment` | ___ | Taille de l'incrément de temps (jours) | +\begin{table}[htb] + \centering + \addtolength{\leftskip} {-2cm} + \addtolength{\rightskip}{-2cm} + \begin{tabular}{@{}lll@{}} + \toprule + Paramètre & Valeur & Définition \\ \midrule + bf\_pop & \underline{\hspace{1cm}} & Taille de la population \\ + S/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes sensibles \\ + E/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes exposées \\ + I/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes infectieuses \\ + R/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes rétablies \\ + V/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes vaccinées \\ + r0 & \underline{\hspace{1cm}} & Nombre de reproduction de base \\ + latent\_period & \underline{\hspace{1cm}} & Temps entre l'infection et le début de la contagiosité (jours) \\ + infectious\_period & \underline{\hspace{1cm}} & Durée de la période de contagion (jours) \\ + transmission\_rate & \underline{\hspace{1cm}} & Taux auquel les individus infectieux infectent les sensibles (r0/infectious\_period) \\ + infectiousness\_rate & \underline{\hspace{1cm}} & Taux de progression des exposés vers les infectieux (1 / latent\_period) \\ + recovery\_rate & \underline{\hspace{1cm}} & Taux de progression des infectieux vers les rétablis (1 / infectious\_period) \\ + time\_end & \underline{\hspace{1cm}} & Nombre maximal d'unités de temps pour la simulation (jours) \\ + increment & \underline{\hspace{1cm}} & Taille de l'incrément de temps (jours) \\ \bottomrule + \end{tabular} +\end{table} + From 05f7d8f68c3202bc8e17be66503252e63bb28b0f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andree Valle Campos Date: Fri, 7 Nov 2025 17:25:23 +0000 Subject: [PATCH 2/5] fix translation --- learners/files/out_fr.qmd | 4 ++-- 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index c801b6f5..ef02d0e0 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -180,7 +180,7 @@ Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. \toprule Paramètre & Valeur & Définition \\ \midrule bf\_pop & \underline{\hspace{1cm}} & Taille de la population \\ - S/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes sensibles \\ + S/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes susceptibles \\ E/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes exposées \\ I/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes infectieuses \\ R/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes rétablies \\ @@ -188,7 +188,7 @@ Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. r0 & \underline{\hspace{1cm}} & Nombre de reproduction de base \\ latent\_period & \underline{\hspace{1cm}} & Temps entre l'infection et le début de la contagiosité (jours) \\ infectious\_period & \underline{\hspace{1cm}} & Durée de la période de contagion (jours) \\ - transmission\_rate & \underline{\hspace{1cm}} & Taux auquel les individus infectieux infectent les sensibles (r0/infectious\_period) \\ + transmission\_rate & \underline{\hspace{1cm}} & Taux auquel les individus infectieux infectent les susceptibles (r0/infectious\_period) \\ infectiousness\_rate & \underline{\hspace{1cm}} & Taux de progression des exposés vers les infectieux (1 / latent\_period) \\ recovery\_rate & \underline{\hspace{1cm}} & Taux de progression des infectieux vers les rétablis (1 / infectious\_period) \\ time\_end & \underline{\hspace{1cm}} & Nombre maximal d'unités de temps pour la simulation (jours) \\ From 863e1d28b65e44f444d13b98606f4da741e498b9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andree Valle Campos Date: Fri, 7 Nov 2025 17:59:20 +0000 Subject: [PATCH 3/5] fix format section number and length of spaces --- learners/files/hands-on.tex | 6 +++--- learners/files/out_fr.qmd | 16 +++++++++------- 2 files changed, 12 insertions(+), 10 deletions(-) diff --git a/learners/files/hands-on.tex b/learners/files/hands-on.tex index d9e3799f..ec2d84f6 100644 --- a/learners/files/hands-on.tex +++ b/learners/files/hands-on.tex @@ -44,15 +44,15 @@ \section{SEIR Model} \section{\( R_0 \)} \( R_0 \) helps project the potential size of an epidemic and calculate the herd immunity threshold. -It is defined as the average number of secondary \underline{\hspace{2cm}} generated from a primary case in a completely -\underline{\hspace{3cm}} population. +It is defined as the average number of secondary \underline{\hspace{2cm}} generated from a primary infection in a completely +\underline{\hspace{2.5cm}} population. \section{\( R_t \)} \( R_t \) helps monitor the progress of the epidemic. When the population is no longer \underline{\hspace{2cm}}, the instantaneous reproduction number \( R_t \) is used. This is defined as the average number -of s\underline{\hspace{2cm}} in a population composed of +of \underline{\hspace{3cm}} in a population composed of \underline{\hspace{2cm}} and non-\underline{\hspace{2cm}} individuals at time \( t \). \section{A Diagram for Measles outbreak} diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index ef02d0e0..ecafdcdd 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -5,6 +5,7 @@ license: "CC-BY" format: pdf: toc: false + number-sections: true include-in-header: text: | \usepackage{fancyhdr} @@ -28,26 +29,27 @@ Cet exercice vise à évaluer votre compréhension des principes fondamentaux de Il y a quatre compartiments dans un modèle SEIR: ($S$, $E$, $I$, $R$) : -- $S$ signifie ____, ce qui veut dire ____. +- $S$ signifie ________, ce qui veut dire ________. + Le paramètre qui décrit la transition du compartiment ($S$) vers ($E$) est ____. -- $E$ signifie ____, ce qui veut dire qu’il peut ____. +- $E$ signifie ________, ce qui veut dire qu’il peut ____. Le taux qui décrit la transition de ($E$) vers ($I$) est le taux de ____. -- $I$ signifie ____, ce qui veut dire qu’il peut ____. +- $I$ signifie ________, ce qui veut dire qu’il peut ____. Le taux qui décrit la transition de ($I$) vers ($R$) est le taux de ____. -- $R$ signifie ____. Ce compartiment inclut les individus qui ont cessé d’être infectieux et ont acquis une immunité contre l’infection, quel que soit le cours clinique. +- $R$ signifie ________. Ce compartiment inclut les individus qui ont cessé d’être infectieux et ont acquis une immunité contre l’infection, quel que soit le cours clinique. # $R_0$ $R_0$ aide à projeter la taille potentielle d’une épidémie et à calculer le seuil d’immunité collective. -Il est défini comme le nombre moyen de ____ cas secondaires générés par un cas primaire dans une population complètement ____. +Il est défini comme le nombre moyen de ________ secondaires générés par un infection primaire dans une population complètement ________. # $R_t$ $R_t$ aide à suivre la progression de l’épidémie. -Lorsque la population n’est plus ____, on utilise le nombre de reproduction instantané $R_t$. -Il est défini comme le nombre moyen de ____ dans une population composée d’individus ____ et non ____ au temps $t$. +Lorsque la population n’est plus ________, on utilise le nombre de reproduction instantané $R_t$. +Il est défini comme le nombre moyen de ____________ dans une population composée d’individus ________ et non ________ au temps $t$. # Un diagramme du modèle SEIR From e6a6607d7dd1f26c9f20e5b83cd583ae57a6d56e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andree Valle Campos Date: Fri, 7 Nov 2025 18:07:24 +0000 Subject: [PATCH 4/5] add date and format --- learners/files/out_fr.qmd | 5 +++-- 1 file changed, 3 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index ecafdcdd..5ad26542 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -2,6 +2,8 @@ title: "Introduction simple à la modélisation mathématique des maladies infectieuses" author: "Andree Valle Campos et Abdoelnaser M Degoot \nÉquipe Epiverse-TRACE @ LSHTM" license: "CC-BY" +date: last-modified +date-format: long format: pdf: toc: false @@ -48,8 +50,7 @@ Il est défini comme le nombre moyen de ________ secondaires générés par un i # $R_t$ $R_t$ aide à suivre la progression de l’épidémie. -Lorsque la population n’est plus ________, on utilise le nombre de reproduction instantané $R_t$. -Il est défini comme le nombre moyen de ____________ dans une population composée d’individus ________ et non ________ au temps $t$. +Lorsque la population n’est plus ________, on utilise le nombre de reproduction instantané $R_t$. Il est défini comme le nombre moyen de ____________ dans une population composée d’individus ________ et non ________ au temps $t$. # Un diagramme du modèle SEIR From 2f140740dabddff4e5a1c74d9c613676a182f9af Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andree Valle Campos Date: Fri, 7 Nov 2025 18:22:11 +0000 Subject: [PATCH 5/5] increase size inside table --- learners/files/hands-on.tex | 1 + learners/files/out_fr.qmd | 1 + 2 files changed, 2 insertions(+) diff --git a/learners/files/hands-on.tex b/learners/files/hands-on.tex index ec2d84f6..46b0d5ba 100644 --- a/learners/files/hands-on.tex +++ b/learners/files/hands-on.tex @@ -187,6 +187,7 @@ \section{Table of parameters} % \usepackage{booktabs} \begin{table}[htb] \centering + \renewcommand{\arraystretch}{1.3} \addtolength{\leftskip} {-2cm} \addtolength{\rightskip}{-2cm} \begin{tabular}{@{}lll@{}} diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 5ad26542..d237a912 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -177,6 +177,7 @@ Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. \begin{table}[htb] \centering + \renewcommand{\arraystretch}{1.3} \addtolength{\leftskip} {-2cm} \addtolength{\rightskip}{-2cm} \begin{tabular}{@{}lll@{}}