diff --git a/learners/files/hands-on.tex b/learners/files/hands-on.tex index d9e3799f..46b0d5ba 100644 --- a/learners/files/hands-on.tex +++ b/learners/files/hands-on.tex @@ -44,15 +44,15 @@ \section{SEIR Model} \section{\( R_0 \)} \( R_0 \) helps project the potential size of an epidemic and calculate the herd immunity threshold. -It is defined as the average number of secondary \underline{\hspace{2cm}} generated from a primary case in a completely -\underline{\hspace{3cm}} population. +It is defined as the average number of secondary \underline{\hspace{2cm}} generated from a primary infection in a completely +\underline{\hspace{2.5cm}} population. \section{\( R_t \)} \( R_t \) helps monitor the progress of the epidemic. When the population is no longer \underline{\hspace{2cm}}, the instantaneous reproduction number \( R_t \) is used. This is defined as the average number -of s\underline{\hspace{2cm}} in a population composed of +of \underline{\hspace{3cm}} in a population composed of \underline{\hspace{2cm}} and non-\underline{\hspace{2cm}} individuals at time \( t \). \section{A Diagram for Measles outbreak} @@ -187,6 +187,7 @@ \section{Table of parameters} % \usepackage{booktabs} \begin{table}[htb] \centering + \renewcommand{\arraystretch}{1.3} \addtolength{\leftskip} {-2cm} \addtolength{\rightskip}{-2cm} \begin{tabular}{@{}lll@{}} diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 8ea5b729..d237a912 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -2,9 +2,12 @@ title: "Introduction simple à la modélisation mathématique des maladies infectieuses" author: "Andree Valle Campos et Abdoelnaser M Degoot \nÉquipe Epiverse-TRACE @ LSHTM" license: "CC-BY" +date: last-modified +date-format: long format: pdf: toc: false + number-sections: true include-in-header: text: | \usepackage{fancyhdr} @@ -28,26 +31,26 @@ Cet exercice vise à évaluer votre compréhension des principes fondamentaux de Il y a quatre compartiments dans un modèle SEIR: ($S$, $E$, $I$, $R$) : -- $S$ signifie ____, ce qui veut dire ____. +- $S$ signifie ________, ce qui veut dire ________. + Le paramètre qui décrit la transition du compartiment ($S$) vers ($E$) est ____. -- $E$ signifie ____, ce qui veut dire qu’il peut ____. +- $E$ signifie ________, ce qui veut dire qu’il peut ____. Le taux qui décrit la transition de ($E$) vers ($I$) est le taux de ____. -- $I$ signifie ____, ce qui veut dire qu’il peut ____. +- $I$ signifie ________, ce qui veut dire qu’il peut ____. Le taux qui décrit la transition de ($I$) vers ($R$) est le taux de ____. -- $R$ signifie ____. Ce compartiment inclut les individus qui ont cessé d’être infectieux et ont acquis une immunité contre l’infection, quel que soit le cours clinique. +- $R$ signifie ________. Ce compartiment inclut les individus qui ont cessé d’être infectieux et ont acquis une immunité contre l’infection, quel que soit le cours clinique. # $R_0$ $R_0$ aide à projeter la taille potentielle d’une épidémie et à calculer le seuil d’immunité collective. -Il est défini comme le nombre moyen de ____ cas secondaires générés par un cas primaire dans une population complètement ____. +Il est défini comme le nombre moyen de ________ secondaires générés par un infection primaire dans une population complètement ________. # $R_t$ $R_t$ aide à suivre la progression de l’épidémie. -Lorsque la population n’est plus ____, on utilise le nombre de reproduction instantané $R_t$. -Il est défini comme le nombre moyen de ____ dans une population composée d’individus ____ et non ____ au temps $t$. +Lorsque la population n’est plus ________, on utilise le nombre de reproduction instantané $R_t$. Il est défini comme le nombre moyen de ____________ dans une population composée d’individus ________ et non ________ au temps $t$. # Un diagramme du modèle SEIR @@ -172,22 +175,31 @@ Un paramètre dans un modèle de transmission correspond à une propriété biol Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. De plus, notez que nous exécuterons la simulation pendant 120 jours. -| Paramètre | Valeur | Définition | -|:------------------------:|:------:|:-----------:| -| `bf_pop` | ___ | Taille de la population | -| `S/N` | ___ | Proportion de personnes sensibles | -| `E/N` | ___ | Proportion de personnes exposées | -| `I/N` | ___ | Proportion de personnes infectieuses | -| `R/N` | ___ | Proportion de personnes rétablies | -| `V/N` | ___ | Proportion de personnes vaccinées | -| `r0` | ___ | Nombre de reproduction de base | -| `latent_period` | ___ | Temps entre l'infection et le début de la contagiosité (jours) | -| `infectious_period` | ___ | Durée de la période de contagion (jours) | -| `transmission_rate` | ___ | Taux auquel les individus infectieux infectent les personnes sensibles (r0 / infectious_period) | -| `infectiousness_rate` | ___ | Taux de progression des exposés vers les infectieux (1 / latent_period) | -| `recovery_rate` | ___ | Taux de progression des infectieux vers les rétablis (1 / infectious_period) | -| `time_end` | ___ | Nombre maximal d'unités de temps pour la simulation (jours) | -| `increment` | ___ | Taille de l'incrément de temps (jours) | +\begin{table}[htb] + \centering + \renewcommand{\arraystretch}{1.3} + \addtolength{\leftskip} {-2cm} + \addtolength{\rightskip}{-2cm} + \begin{tabular}{@{}lll@{}} + \toprule + Paramètre & Valeur & Définition \\ \midrule + bf\_pop & \underline{\hspace{1cm}} & Taille de la population \\ + S/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes susceptibles \\ + E/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes exposées \\ + I/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes infectieuses \\ + R/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes rétablies \\ + V/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes vaccinées \\ + r0 & \underline{\hspace{1cm}} & Nombre de reproduction de base \\ + latent\_period & \underline{\hspace{1cm}} & Temps entre l'infection et le début de la contagiosité (jours) \\ + infectious\_period & \underline{\hspace{1cm}} & Durée de la période de contagion (jours) \\ + transmission\_rate & \underline{\hspace{1cm}} & Taux auquel les individus infectieux infectent les susceptibles (r0/infectious\_period) \\ + infectiousness\_rate & \underline{\hspace{1cm}} & Taux de progression des exposés vers les infectieux (1 / latent\_period) \\ + recovery\_rate & \underline{\hspace{1cm}} & Taux de progression des infectieux vers les rétablis (1 / infectious\_period) \\ + time\_end & \underline{\hspace{1cm}} & Nombre maximal d'unités de temps pour la simulation (jours) \\ + increment & \underline{\hspace{1cm}} & Taille de l'incrément de temps (jours) \\ \bottomrule + \end{tabular} +\end{table} +