From 61604c6806a5edac2704ccb829ede56a022ea8ac Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andree Valle Campos Date: Thu, 30 Oct 2025 12:27:12 +0000 Subject: [PATCH 01/20] add translation of handout to fr --- learners/files/out_fr.qmd | 221 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 221 insertions(+) create mode 100644 learners/files/out_fr.qmd diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd new file mode 100644 index 00000000..847fc49c --- /dev/null +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -0,0 +1,221 @@ +--- +title: "Introduction simple à la modélisation mathématique des maladies infectieuses" +author: "Andree Valle Campos et Abdoelnaser M Degoot \nÉquipe Epiverse-TRACE @ LSHTM" +license: "CC-BY" +format: + pdf: + toc: false + include-in-header: + text: | + \usepackage{fancyhdr} + \pagestyle{fancy} + \fancyfoot[R]{\thepage} + \fancyfoot[C]{\textbf{License:} CC-BY. \textbf{Copyright:} Andree \& Degoot, 2024} + \usepackage{tikz} + \usetikzlibrary{arrows.meta, positioning} + \usepackage{amsmath} + \usepackage{booktabs} +--- + +# Introduction + +# Introduction + +Ce travail pratique vise à évaluer votre compréhension des principes fondamentaux de la modélisation mathématique, tout en vous guidant dans la construction de modèles à l’aide d’un cadre SEIR simple pour les épidémies de maladies infectieuses. + +**Remarque :** Veuillez remplir les champs vides. + +# Modèle SEIR + +Dans le modèle SEIR, nous avons quatre compartiments ($S$, $E$, $I$, $R$) : + +- $S$ signifie ____, ce qui veut dire ____. + Le paramètre qui décrit la transition du compartiment ($S$) vers ($E$) est ____. +- $E$ signifie ____, ce qui veut dire qu’il peut ____. + + Le taux qui décrit la transition de ($E$) vers ($I$) est le taux de ____. +- $I$ signifie ____, ce qui veut dire qu’il peut ____. + + Le taux qui décrit la transition de ($I$) vers ($R$) est le taux de ____. +- $R$ signifie ____. Ce compartiment inclut les individus qui ont cessé d’être infectieux et ont acquis une immunité contre l’infection, quel que soit le cours clinique. + +# $R_0$ + +$R_0$ aide à projeter la taille potentielle d’une épidémie et à calculer le seuil d’immunité collective. +Il est défini comme le nombre moyen de ____ cas secondaires générés par un cas primaire dans une population complètement ____. + +# $R_t$ + +$R_t$ aide à suivre la progression de l’épidémie. +Lorsque la population n’est plus ____, le nombre de reproduction instantané $R_t$ est utilisé. +Il est défini comme le nombre moyen de ____ dans une population composée d’individus ____ et non ____ au temps $t$. + +# Un diagramme du modèle SEIR + + +Ci-dessous se trouve un modèle SEIR typique avec démographie (naissances et décès). +Il s’agit d’un modèle simple, applicable aux infections de personne à personne dans une population à mélange homogène. + +Veuillez observer attentivement le modèle et examiner ses interactions avec les équations de la section [Equations](#equations). Utilisez des codes de couleur ou des flèches pour relier le diagramme aux équations. + +```{=latex} +\begin{center} +\begin{tikzpicture}[ + node distance=2cm, + every node/.style={fill=blue!10, draw, minimum size=1cm, text centered}, + arrow/.style={-Stealth, thick} +] +\node [circle, fill=green!75](S) {$S$}; +\node [circle, fill=orange!75](E) [right=of S] { $E$}; +\node [circle, fill=red!75](I) [right=of E] {$I$}; +\node [circle, fill=blue!75](R) [right=of I] {$R$}; + +\draw[arrow] (S) -- node[above, draw=none] {$\beta S \frac{I}{N}$} (E); +\draw[arrow] (E) -- node[above, draw=none] {$\alpha E$} (I); +\draw[arrow] (I) -- node[above, draw=none] {$\gamma I$} (R); + +\draw[arrow] (-2,0.0) -- node[above, draw=none] {$\Lambda N$} (S); +\draw[arrow] (S) -- +(0,-1.2) node[below, draw=none] {$\mu$}; +\draw[arrow] (E) -- +(0,-1.2) node[below, draw=none] {$\mu$ }; +\draw[arrow] (I) -- +(0,-1.2) node[below, draw=none] {$\mu$ }; +\draw[arrow] (R) -- +(0,-1.2) node[below, draw=none] {$\mu$}; +\end{tikzpicture} +\end{center} + +**Où**: + +- $\beta$ : Taux de transmission +- $\alpha$ : Taux d’infectiosité, ou taux de progression de l’état exposé à l’état infectieux +- $\gamma$ : Taux de guérison +- $\mu$ : Taux de mortalité naturelle +- $N$ : Taille totale de la population, $N = S + E + I + R$ + + +Le paramètre $\beta$, défini comme le taux moyen auquel les individus infectieux peuvent infecter les individus susceptibles, est dérivé de: + +$$ +\beta = p \times c +$$ + +où $p$ est la probabilité de transmission lors d’un contact, et $c$ est le taux de contact, défini comme le nombre moyen de contacts par unité de temps. + +Si le taux de transmission $\beta = 3$, cela signifie que chaque individu infectieux provoque trois nouvelles infections par unité de temps dans une population entièrement susceptible. + +Les paramètres du modèle sont souvent (mais pas toujours) exprimés sous forme de taux. +Le taux auquel un événement se produit est l’inverse du temps moyen avant que cet événement ne se produise. + +Par exemple, dans le modèle SEIR, le taux de guérison $\gamma$ est l’inverse de la durée moyenne de la période infectieuse: + +$$ +\gamma = \frac{1}{\text{Période infectieuse}} +$$ + +Si les personnes sont en moyenne contagieuses pendant 8 jours, alors dans le modèle, un huitième des individus actuellement infectieux se rétabliraient chaque jour — c’est-à-dire, + +$$ +\gamma = \frac{1}{8} = 0.125 +$$ + + +## Équations {#eqs} + +Notez que dans le diagramme, les flèches entrant dans les compartiments sont exprimées comme des termes positifs dans les équations, tandis que les flèches sortant des compartiments sont représentées par des termes négatifs. En vous basant sur le diagramme ci-dessus, déduisez les équations suivantes qui décrivent ce système: + +### Équations des compartiments + +**Compartiment S:** + +$$ +\frac{dS}{dt} = +$$ + +**Compartiment E:** + +$$ +\frac{dE}{dt} = +$$ + +**Compartiment I:** + +$$ +\frac{dI}{dt} = +$$ + +**Compartiment R:** + +$$ +\frac{dR}{dt} = +$$ + + + +## Parameters for the Measles outbreak + +Un paramètre dans un modèle de transmission correspond à une propriété biologique ou sociale d’un système dynamique dans un contexte spécifique. Dans cette section, nous fournirons les éléments nécessaires pour alimenter les paramètres d’un modèle SEIR dans le cadre d’une épidémie de rougeole au Burkina Faso. + +- La période de latence moyenne (ou pré-infectieuse) pour la rougeole est d’environ 8 jours (Masters et al., 2023). +- La période infectieuse moyenne dure 5 jours (Masters et al., 2023). +- Pour la rougeole, le nombre de reproduction de base ($R_0$) varie généralement entre 12 et 18, voire plus (Fiona et al., 2017). +- Un seul cas infectieux est introduit dans la population. +- Toute la population, à l’exception de ce cas, est initialement susceptible. Cette hypothèse simplifie le modèle et permet d’explorer la propagation de l’infection en l’absence d’immunité. Bien que dans la réalité, les populations aient généralement une certaine immunité due à la vaccination ou à une infection antérieure. De plus, aucun individu n’est exposé ou rétabli à ce moment-là. +- La population du Burkina Faso est d’environ 22,67 millions d’habitants. +- La structure par âge du Burkina Faso est caractéristique d’une population jeune, avec une majorité de personnes âgées de moins de 25 ans. Selon des estimations récentes (United Nations, 2023; Central Intelligence Agency, 2023; World Bank, 2023), la structure par âge se décompose comme suit: + + - $[0\to15)$ years: $\sim 44 \, (43\text{–}45)\%$ de la population + - $[15\to 25)$ years: $\sim 19.5 \, (19\text{–}20)\%$ + - $[25\to 55)$ years: $\sim 29 \, (28\text{–}30)\%$ + - $[55\to 65)$ years: $\sim 5 \, (3\text{–}5)\%$ + - $65+$ years : $\sim 2.5 \, (2\text{–}3)\%$ + + + +## Tableau des paramètres +Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. De plus, notez que nous exécuterons la simulation pendant 120 jours. + + +| Parametre | Valeur | Definition | +|:------------------------:|:------:|:-----------:| +| `bf_pop` | ___ | Taille de la population | +| `S/N` | ___ | Proportion de personnes sensibles | +| `E/N` | ___ | Proportion de personnes expose9es | +| `I/N` | ___ | Proportion de personnes infectieuses | +| `R/N` | ___ | Proportion de personnes re9tablies | +| `V/N` | ___ | Proportion de personnes vaccine9es | +| `r0` | ___ | Nombre de reproduction de base | +| `latent_period` | ___ | Temps entre l'infection et le de9but de la contagiosite (jours) | +| `infectious_period` | ___ | Duree de la periode de contagion (jours) | +| `transmission_rate` | ___ | Taux auquel les individus infectieux infectent les personnes sensibles (r0 / infectious_period) | +| `infectiousness_rate` | ___ | Taux de progression des exposes vers les infectieux (1 / latent_period) | +| `recovery_rate` | ___ | Taux de progression des infectieux vers les re9tablis (1 / infectious_period) | +| `time_end` | ___ | Nombre maximal de unites de temps pour la simulation (jours) | +| `increment` | ___ | Taille de leincrement de temps (jours) | + + + + + +## Calcul de $R_0$ + +L'expression du nombre de reproduction de base (\(R_0\)) dans le système ci-dessus est: + +$$ +R_0 = \frac{\mu}{(\mu + \alpha)} \cdot \frac{\beta}{(\mu + \gamma)}. +$$ + +Écrivez une fonction `Measles_R0` qui implémente cette formule en utilisant les valeurs par défaut suivantes: + +- $\mu = \frac{1}{75}$ (taux de mortalité naturelle) +- $\alpha = \frac{1}{10}$ (taux de passage de exposé → infectieux)) +- $\gamma = 1/8$ (taux de guérison) +- $\beta = 1.8$ (taux de transmission) + + + +## À propos de ce document +Ce matériel a été adapté "de Pratique: Construire un modèle compartimental simple pour le Zika", par Zulma Cucunubá, Pierre Nouvellet et José M. Velasco-España +(Version 1.0.3, 10 janvier 2024). +Publié sous licence CC-BY 4.0 par les auteurs originaux. + + +Pour plus d'informations, visitez: +[https://epiverse-trace.github.io/tutorials-late/LICENSE.html](https://epiverse-trace.github.io/tutorials-late/LICENSE.html) From 3882c664a297a5da89e79c4c13d80e3adad5e46a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:36:44 +0000 Subject: [PATCH 02/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 1 - 1 file changed, 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 847fc49c..f5ca40d0 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -17,7 +17,6 @@ format: \usepackage{booktabs} --- -# Introduction # Introduction From 4c5bb46576e7cd16b29b35f0986e5fdc26dc5a6d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:37:10 +0000 Subject: [PATCH 03/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index f5ca40d0..ed61c1e5 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -20,7 +20,7 @@ format: # Introduction -Ce travail pratique vise à évaluer votre compréhension des principes fondamentaux de la modélisation mathématique, tout en vous guidant dans la construction de modèles à l’aide d’un cadre SEIR simple pour les épidémies de maladies infectieuses. +Cet exercice vise à évaluer votre compréhension des principes fondamentaux de la modélisation mathématique, tout en vous guidant dans la construction de modèles de type SEIR simple pour les épidémies de maladies infectieuses. **Remarque :** Veuillez remplir les champs vides. From b017f0be60e95226fb76dfe8648955de636d2092 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:40:53 +0000 Subject: [PATCH 04/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index ed61c1e5..3fce73b6 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -26,7 +26,7 @@ Cet exercice vise à évaluer votre compréhension des principes fondamentaux de # Modèle SEIR -Dans le modèle SEIR, nous avons quatre compartiments ($S$, $E$, $I$, $R$) : +Il y a quatre compartiments dans un modèle SEIR: ($S$, $E$, $I$, $R$) : - $S$ signifie ____, ce qui veut dire ____. Le paramètre qui décrit la transition du compartiment ($S$) vers ($E$) est ____. From 1a868fa00ad73ea303be80352010efc91eac3fe8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:41:12 +0000 Subject: [PATCH 05/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 3fce73b6..a8e77d8f 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -46,7 +46,7 @@ Il est défini comme le nombre moyen de ____ cas secondaires générés par un c # $R_t$ $R_t$ aide à suivre la progression de l’épidémie. -Lorsque la population n’est plus ____, le nombre de reproduction instantané $R_t$ est utilisé. +Lorsque la population n’est plus ____, on utilise le nombre de reproduction instantané $R_t$. Il est défini comme le nombre moyen de ____ dans une population composée d’individus ____ et non ____ au temps $t$. # Un diagramme du modèle SEIR From 0e83051683b27512f176144fc239a8136e665e44 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:41:32 +0000 Subject: [PATCH 06/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index a8e77d8f..5cb948e5 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -184,7 +184,7 @@ Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. | `latent_period` | ___ | Temps entre l'infection et le de9but de la contagiosite (jours) | | `infectious_period` | ___ | Duree de la periode de contagion (jours) | | `transmission_rate` | ___ | Taux auquel les individus infectieux infectent les personnes sensibles (r0 / infectious_period) | -| `infectiousness_rate` | ___ | Taux de progression des exposes vers les infectieux (1 / latent_period) | +| `infectiousness_rate` | ___ | Taux de progression des exposés vers les infectieux (1 / latent_period) | | `recovery_rate` | ___ | Taux de progression des infectieux vers les re9tablis (1 / infectious_period) | | `time_end` | ___ | Nombre maximal de unites de temps pour la simulation (jours) | | `increment` | ___ | Taille de leincrement de temps (jours) | From 74485c5254c17944434927b479f004c1be30fadd Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:42:07 +0000 Subject: [PATCH 07/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 5cb948e5..9681fb65 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -185,7 +185,7 @@ Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. | `infectious_period` | ___ | Duree de la periode de contagion (jours) | | `transmission_rate` | ___ | Taux auquel les individus infectieux infectent les personnes sensibles (r0 / infectious_period) | | `infectiousness_rate` | ___ | Taux de progression des exposés vers les infectieux (1 / latent_period) | -| `recovery_rate` | ___ | Taux de progression des infectieux vers les re9tablis (1 / infectious_period) | +| `recovery_rate` | ___ | Taux de progression des infectieux vers les rétablis (1 / infectious_period) | | `time_end` | ___ | Nombre maximal de unites de temps pour la simulation (jours) | | `increment` | ___ | Taille de leincrement de temps (jours) | From ec3dd9787fe7bcdca5df909555a6166d025f7605 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:42:25 +0000 Subject: [PATCH 08/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 9681fb65..29ae9072 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -186,7 +186,7 @@ Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. | `transmission_rate` | ___ | Taux auquel les individus infectieux infectent les personnes sensibles (r0 / infectious_period) | | `infectiousness_rate` | ___ | Taux de progression des exposés vers les infectieux (1 / latent_period) | | `recovery_rate` | ___ | Taux de progression des infectieux vers les rétablis (1 / infectious_period) | -| `time_end` | ___ | Nombre maximal de unites de temps pour la simulation (jours) | +| `time_end` | ___ | Nombre maximal d'unités de temps pour la simulation (jours) | | `increment` | ___ | Taille de leincrement de temps (jours) | From 1ffa4b9a7cfce78a40253f233f69483e72f01db8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:43:24 +0000 Subject: [PATCH 09/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 29ae9072..2a966a3f 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -187,7 +187,7 @@ Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. | `infectiousness_rate` | ___ | Taux de progression des exposés vers les infectieux (1 / latent_period) | | `recovery_rate` | ___ | Taux de progression des infectieux vers les rétablis (1 / infectious_period) | | `time_end` | ___ | Nombre maximal d'unités de temps pour la simulation (jours) | -| `increment` | ___ | Taille de leincrement de temps (jours) | +| `increment` | ___ | Taille de l'incrément de temps (jours) | From 10858f17746092a2b86e4b0e2ef7af2e549cc262 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:43:39 +0000 Subject: [PATCH 10/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 2a966a3f..832abc13 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -211,7 +211,7 @@ $$ ## À propos de ce document -Ce matériel a été adapté "de Pratique: Construire un modèle compartimental simple pour le Zika", par Zulma Cucunubá, Pierre Nouvellet et José M. Velasco-España +Ce document a été adapté à partir de "Practical: Building a Simple Compartmental Model for Zika", par Zulma Cucunubá, Pierre Nouvellet et José M. Velasco-España (Version 1.0.3, 10 janvier 2024). Publié sous licence CC-BY 4.0 par les auteurs originaux. From d00c72027fb4abe21024c027c7ff0ea58f95356a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:45:48 +0000 Subject: [PATCH 11/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 832abc13..9ad5cf16 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -52,7 +52,7 @@ Il est défini comme le nombre moyen de ____ dans une population composée d’i # Un diagramme du modèle SEIR -Ci-dessous se trouve un modèle SEIR typique avec démographie (naissances et décès). +Le schéma ci-dessous montre un modèle SEIR typique avec démographie (naissances et décès). Il s’agit d’un modèle simple, applicable aux infections de personne à personne dans une population à mélange homogène. Veuillez observer attentivement le modèle et examiner ses interactions avec les équations de la section [Equations](#equations). Utilisez des codes de couleur ou des flèches pour relier le diagramme aux équations. From 032cdeb3c1a967d6d2b855b59cb3230628aea87b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:46:04 +0000 Subject: [PATCH 12/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 9ad5cf16..bb807798 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -148,7 +148,7 @@ $$ -## Parameters for the Measles outbreak +## Paramètres d'une epidémie de rougeole Un paramètre dans un modèle de transmission correspond à une propriété biologique ou sociale d’un système dynamique dans un contexte spécifique. Dans cette section, nous fournirons les éléments nécessaires pour alimenter les paramètres d’un modèle SEIR dans le cadre d’une épidémie de rougeole au Burkina Faso. From e43c4ddcaa06695727bceaff257defe3805364f9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:46:17 +0000 Subject: [PATCH 13/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index bb807798..7eaf0c69 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -156,7 +156,7 @@ Un paramètre dans un modèle de transmission correspond à une propriété biol - La période infectieuse moyenne dure 5 jours (Masters et al., 2023). - Pour la rougeole, le nombre de reproduction de base ($R_0$) varie généralement entre 12 et 18, voire plus (Fiona et al., 2017). - Un seul cas infectieux est introduit dans la population. -- Toute la population, à l’exception de ce cas, est initialement susceptible. Cette hypothèse simplifie le modèle et permet d’explorer la propagation de l’infection en l’absence d’immunité. Bien que dans la réalité, les populations aient généralement une certaine immunité due à la vaccination ou à une infection antérieure. De plus, aucun individu n’est exposé ou rétabli à ce moment-là. +- Toute la population, à l’exception de ce cas, est initialement susceptible. Cette hypothèse simplifie le modèle et permet d’explorer la propagation de l’infection en l’absence d’immunité. Bien que dans la réalité, certains individus de la population ont généralement une certaine immunité due à la vaccination ou à une infection antérieure. De plus, aucun individu n’est exposé ou rétabli à ce moment-là. - La population du Burkina Faso est d’environ 22,67 millions d’habitants. - La structure par âge du Burkina Faso est caractéristique d’une population jeune, avec une majorité de personnes âgées de moins de 25 ans. Selon des estimations récentes (United Nations, 2023; Central Intelligence Agency, 2023; World Bank, 2023), la structure par âge se décompose comme suit: From 9b38c9e5928cafca96d70af22201f3a89d701d84 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:46:32 +0000 Subject: [PATCH 14/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 7eaf0c69..70fa997e 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -172,7 +172,7 @@ Un paramètre dans un modèle de transmission correspond à une propriété biol Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. De plus, notez que nous exécuterons la simulation pendant 120 jours. -| Parametre | Valeur | Definition | +| Paramètre | Valeur | Définition | |:------------------------:|:------:|:-----------:| | `bf_pop` | ___ | Taille de la population | | `S/N` | ___ | Proportion de personnes sensibles | From 98044cb494eee776e2a5c96ad85c3c8a5b4826c6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:46:44 +0000 Subject: [PATCH 15/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 70fa997e..bc9f2245 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -176,7 +176,7 @@ Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. |:------------------------:|:------:|:-----------:| | `bf_pop` | ___ | Taille de la population | | `S/N` | ___ | Proportion de personnes sensibles | -| `E/N` | ___ | Proportion de personnes expose9es | +| `E/N` | ___ | Proportion de personnes exposées | | `I/N` | ___ | Proportion de personnes infectieuses | | `R/N` | ___ | Proportion de personnes re9tablies | | `V/N` | ___ | Proportion de personnes vaccine9es | From 85694126e907e0c6f4963541ae09708b6c266116 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:46:59 +0000 Subject: [PATCH 16/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index bc9f2245..fa58d87a 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -178,7 +178,7 @@ Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. | `S/N` | ___ | Proportion de personnes sensibles | | `E/N` | ___ | Proportion de personnes exposées | | `I/N` | ___ | Proportion de personnes infectieuses | -| `R/N` | ___ | Proportion de personnes re9tablies | +| `R/N` | ___ | Proportion de personnes rétablies | | `V/N` | ___ | Proportion de personnes vaccine9es | | `r0` | ___ | Nombre de reproduction de base | | `latent_period` | ___ | Temps entre l'infection et le de9but de la contagiosite (jours) | From 685885ddd5302cd0f276f0d85667d88baa442ca4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:47:10 +0000 Subject: [PATCH 17/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index fa58d87a..fc097875 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -181,7 +181,7 @@ Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. | `R/N` | ___ | Proportion de personnes rétablies | | `V/N` | ___ | Proportion de personnes vaccine9es | | `r0` | ___ | Nombre de reproduction de base | -| `latent_period` | ___ | Temps entre l'infection et le de9but de la contagiosite (jours) | +| `latent_period` | ___ | Temps entre l'infection et le début de la contagiosité (jours) | | `infectious_period` | ___ | Duree de la periode de contagion (jours) | | `transmission_rate` | ___ | Taux auquel les individus infectieux infectent les personnes sensibles (r0 / infectious_period) | | `infectiousness_rate` | ___ | Taux de progression des exposés vers les infectieux (1 / latent_period) | From 8b52e39b8fbdd53e39dc2b5333fc0991c04725ef Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:47:21 +0000 Subject: [PATCH 18/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index fc097875..11368ccc 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -179,7 +179,7 @@ Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. | `E/N` | ___ | Proportion de personnes exposées | | `I/N` | ___ | Proportion de personnes infectieuses | | `R/N` | ___ | Proportion de personnes rétablies | -| `V/N` | ___ | Proportion de personnes vaccine9es | +| `V/N` | ___ | Proportion de personnes vaccinées | | `r0` | ___ | Nombre de reproduction de base | | `latent_period` | ___ | Temps entre l'infection et le début de la contagiosité (jours) | | `infectious_period` | ___ | Duree de la periode de contagion (jours) | From 6a66f664a1cde8fcfa75ecc4ab500aae0f9aa683 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:49:40 +0000 Subject: [PATCH 19/20] Update learners/files/out_fr.qmd Co-authored-by: Karim MANE <84502011+Karim-Mane@users.noreply.github.com> --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index 11368ccc..ced1cef0 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -182,7 +182,7 @@ Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. | `V/N` | ___ | Proportion de personnes vaccinées | | `r0` | ___ | Nombre de reproduction de base | | `latent_period` | ___ | Temps entre l'infection et le début de la contagiosité (jours) | -| `infectious_period` | ___ | Duree de la periode de contagion (jours) | +| `infectious_period` | ___ | Durée de la période de contagion (jours) | | `transmission_rate` | ___ | Taux auquel les individus infectieux infectent les personnes sensibles (r0 / infectious_period) | | `infectiousness_rate` | ___ | Taux de progression des exposés vers les infectieux (1 / latent_period) | | `recovery_rate` | ___ | Taux de progression des infectieux vers les rétablis (1 / infectious_period) | From 2dc9a45682d322cff6055bf89e7fedff0ea7f8be Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Abdoelnaser M Degoot Date: Mon, 3 Nov 2025 08:50:26 +0000 Subject: [PATCH 20/20] Update learners/files/out_fr.qmd --- learners/files/out_fr.qmd | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/learners/files/out_fr.qmd b/learners/files/out_fr.qmd index ced1cef0..8ea5b729 100644 --- a/learners/files/out_fr.qmd +++ b/learners/files/out_fr.qmd @@ -211,7 +211,7 @@ $$ ## À propos de ce document -Ce document a été adapté à partir de "Practical: Building a Simple Compartmental Model for Zika", par Zulma Cucunubá, Pierre Nouvellet et José M. Velasco-España +Ce document a été adapté à partir de ["Practical: Building a Simple Compartmental Model for Zika"](https://epiverse-trace.github.io/epimodelac/ZIKAB.html), par Zulma Cucunubá, Pierre Nouvellet et José M. Velasco-España (Version 1.0.3, 10 janvier 2024). Publié sous licence CC-BY 4.0 par les auteurs originaux.