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@@ -44,15 +44,15 @@ \section{SEIR Model}
4444
\section{\( R_0 \)}
4545
\( R_0 \) helps project the potential
4646
size of an epidemic and calculate the herd immunity threshold.
47-
It is defined as the average number of secondary \underline{\hspace{2cm}} generated from a primary case in a completely
48-
\underline{\hspace{3cm}} population.
47+
It is defined as the average number of secondary \underline{\hspace{2cm}} generated from a primary infection in a completely
48+
\underline{\hspace{2.5cm}} population.
4949

5050
\section{\( R_t \)}
5151
\( R_t \)
5252
helps monitor the progress of the epidemic.
5353
When the population is no longer \underline{\hspace{2cm}}, the instantaneous
5454
reproduction number \( R_t \) is used. This is defined as the average number
55-
of s\underline{\hspace{2cm}} in a population composed of
55+
of \underline{\hspace{3cm}} in a population composed of
5656
\underline{\hspace{2cm}} and non-\underline{\hspace{2cm}} individuals at time \( t \).
5757

5858
\section{A Diagram for Measles outbreak}

‎files/out_fr.qmd‎

Lines changed: 34 additions & 23 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -2,9 +2,12 @@
22
title: "Introduction simple à la modélisation mathématique des maladies infectieuses"
33
author: "Andree Valle Campos et Abdoelnaser M Degoot \nÉquipe Epiverse-TRACE @ LSHTM"
44
license: "CC-BY"
5+
date: last-modified
6+
date-format: long
57
format:
68
pdf:
79
toc: false
10+
number-sections: true
811
include-in-header:
912
text: |
1013
\usepackage{fancyhdr}
@@ -28,26 +31,26 @@ Cet exercice vise à évaluer votre compréhension des principes fondamentaux de
2831

2932
Il y a quatre compartiments dans un modèle SEIR: ($S$, $E$, $I$, $R$) :
3033

31-
- $S$ signifie ____, ce qui veut dire ____.
34+
- $S$ signifie ________, ce qui veut dire ________.
35+
3236
Le paramètre qui décrit la transition du compartiment ($S$) vers ($E$) est ____.
33-
- $E$ signifie ____, ce qui veut dire qu’il peut ____.
37+
- $E$ signifie ________, ce qui veut dire qu’il peut ____.
3438

3539
Le taux qui décrit la transition de ($E$) vers ($I$) est le taux de ____.
36-
- $I$ signifie ____, ce qui veut dire qu’il peut ____.
40+
- $I$ signifie ________, ce qui veut dire qu’il peut ____.
3741

3842
Le taux qui décrit la transition de ($I$) vers ($R$) est le taux de ____.
39-
- $R$ signifie ____. Ce compartiment inclut les individus qui ont cessé d’être infectieux et ont acquis une immunité contre l’infection, quel que soit le cours clinique.
43+
- $R$ signifie ________. Ce compartiment inclut les individus qui ont cessé d’être infectieux et ont acquis une immunité contre l’infection, quel que soit le cours clinique.
4044

4145
# $R_0$
4246

4347
$R_0$ aide à projeter la taille potentielle d’une épidémie et à calculer le seuil d’immunité collective.
44-
Il est défini comme le nombre moyen de ____ cas secondaires générés par un cas primaire dans une population complètement ____.
48+
Il est défini comme le nombre moyen de ________ secondaires générés par un infection primaire dans une population complètement ________.
4549

4650
# $R_t$
4751

4852
$R_t$ aide à suivre la progression de l’épidémie.
49-
Lorsque la population n’est plus ____, on utilise le nombre de reproduction instantané $R_t$.
50-
Il est défini comme le nombre moyen de ____ dans une population composée d’individus ____ et non ____ au temps $t$.
53+
Lorsque la population n’est plus ________, on utilise le nombre de reproduction instantané $R_t$. Il est défini comme le nombre moyen de ____________ dans une population composée d’individus ________ et non ________ au temps $t$.
5154

5255
# Un diagramme du modèle SEIR
5356

@@ -172,22 +175,30 @@ Un paramètre dans un modèle de transmission correspond à une propriété biol
172175
Veuillez remplir le tableau ci-dessous avec les paramètres décrits ci-dessus. De plus, notez que nous exécuterons la simulation pendant 120 jours.
173176
174177
175-
| Paramètre | Valeur | Définition |
176-
|:------------------------:|:------:|:-----------:|
177-
| `bf_pop` | ___ | Taille de la population |
178-
| `S/N` | ___ | Proportion de personnes sensibles |
179-
| `E/N` | ___ | Proportion de personnes exposées |
180-
| `I/N` | ___ | Proportion de personnes infectieuses |
181-
| `R/N` | ___ | Proportion de personnes rétablies |
182-
| `V/N` | ___ | Proportion de personnes vaccinées |
183-
| `r0` | ___ | Nombre de reproduction de base |
184-
| `latent_period` | ___ | Temps entre l'infection et le début de la contagiosité (jours) |
185-
| `infectious_period` | ___ | Durée de la période de contagion (jours) |
186-
| `transmission_rate` | ___ | Taux auquel les individus infectieux infectent les personnes sensibles (r0 / infectious_period) |
187-
| `infectiousness_rate` | ___ | Taux de progression des exposés vers les infectieux (1 / latent_period) |
188-
| `recovery_rate` | ___ | Taux de progression des infectieux vers les rétablis (1 / infectious_period) |
189-
| `time_end` | ___ | Nombre maximal d'unités de temps pour la simulation (jours) |
190-
| `increment` | ___ | Taille de l'incrément de temps (jours) |
178+
\begin{table}[htb]
179+
\centering
180+
\addtolength{\leftskip} {-2cm}
181+
\addtolength{\rightskip}{-2cm}
182+
\begin{tabular}{@{}lll@{}}
183+
\toprule
184+
Paramètre & Valeur & Définition \\ \midrule
185+
bf\_pop & \underline{\hspace{1cm}} & Taille de la population \\
186+
S/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes susceptibles \\
187+
E/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes exposées \\
188+
I/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes infectieuses \\
189+
R/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes rétablies \\
190+
V/N & \underline{\hspace{1cm}} & Proportion de personnes vaccinées \\
191+
r0 & \underline{\hspace{1cm}} & Nombre de reproduction de base \\
192+
latent\_period & \underline{\hspace{1cm}} & Temps entre l'infection et le début de la contagiosité (jours) \\
193+
infectious\_period & \underline{\hspace{1cm}} & Durée de la période de contagion (jours) \\
194+
transmission\_rate & \underline{\hspace{1cm}} & Taux auquel les individus infectieux infectent les susceptibles (r0/infectious\_period) \\
195+
infectiousness\_rate & \underline{\hspace{1cm}} & Taux de progression des exposés vers les infectieux (1 / latent\_period) \\
196+
recovery\_rate & \underline{\hspace{1cm}} & Taux de progression des infectieux vers les rétablis (1 / infectious\_period) \\
197+
time\_end & \underline{\hspace{1cm}} & Nombre maximal d'unités de temps pour la simulation (jours) \\
198+
increment & \underline{\hspace{1cm}} & Taille de l'incrément de temps (jours) \\ \bottomrule
199+
\end{tabular}
200+
\end{table}
201+
191202
192203
193204

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