From 131ce0e3b10c3419d23da6cb81525dc51016e29e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com> Date: Fri, 7 Aug 2026 16:25:56 +0000 Subject: [PATCH 1/4] =?UTF-8?q?=E2=9A=A1=20Bolt:=20=EB=8D=B0=EC=9D=B4?= =?UTF-8?q?=ED=84=B0=20=ED=94=84=EB=A0=88=EC=9E=84=EC=9D=98=202D=20?= =?UTF-8?q?=ED=95=A0=EB=8B=B9=EC=9D=84=201D=20=EB=B2=A1=ED=84=B0=20?= =?UTF-8?q?=ED=95=A0=EB=8B=B9=EC=9C=BC=EB=A1=9C=20=EB=B3=80=EA=B2=BD?= =?UTF-8?q?=ED=95=98=EC=97=AC=20=ED=95=A0=EB=8B=B9=20=EC=B5=9C=EC=A0=81?= =?UTF-8?q?=ED=99=94?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit 데이터 프레임의 특정 항목을 업데이트할 때 `df[idx, 'col'] <- val` 방식의 2D 인덱싱 대신 `df$col[idx] <- val` 방식의 1D 벡터 인덱싱으로 변경하여 R 내장 `[<-.data.frame` 메서드 호출 및 데이터 프레임 복사 오버헤드를 우회함. 테스트 수행 결과 성능 이슈 개선 및 동일성 유지 확인 완료. --- .jules/bolt.md | 3 +++ R/aFIPC.R | 49 +++++++++++++++++++++++++------------------------ 2 files changed, 28 insertions(+), 24 deletions(-) diff --git a/.jules/bolt.md b/.jules/bolt.md index 7d3c603f..aafe9a41 100644 --- a/.jules/bolt.md +++ b/.jules/bolt.md @@ -16,3 +16,6 @@ ## 2025-02-12 - R 언어에서 반복적인 mirt 모델 생성 시 불필요한 데이터프레임 부분집합 추출 최적화 **Learning:** R에서 데이터프레임의 특정 열을 추출하는 작업(`df[cols]`)은 O(N)의 메모리 복사를 수반합니다. `autoFIPC`에서 `mirt` 모델의 파라미터를 설정하거나 호출하는 과정 중에 `newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]` 코드가 반복해서 사용되었고, 심지어 `ncol()`을 위해 단순히 개수를 구할 때도 사용되어 불필요한 메모리 할당과 오버헤드를 초래했습니다. **Action:** 조건문이나 반복문 내부에서 불필요하게 데이터프레임 부분집합 연산이 반복되지 않도록 외부에서 한 번만 `linkedFormData <- newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]`로 캐싱(caching)한 뒤, `ncol(linkedFormData)`와 `data = linkedFormData` 형태로 재사용하여 메모리 복사와 O(N) 오버헤드를 방지해야 합니다. +## 2026-08-07 - R 언어에서 데이터프레임 2D 할당을 1D 벡터 할당으로 변경하여 할당(Subset Assignment) 최적화 +**Learning:** R에서 데이터프레임의 특정 조건 또는 인덱스에 데이터를 업데이트할 때 2D(Row-Column) 할당을 사용하면 내부적으로 `[<-.data.frame` 메서드 호출과 복사 오버헤드가 발생하여 성능 저하를 초래합니다. +**Action:** 2D 할당(예: `df[idx, 'col'] <- val`)을 1D 벡터 할당(예: `df$col[idx] <- val`)으로 최적화하여 값비싼 데이터프레임 메서드 호출 오버헤드를 우회하고 C 수준의 O(1) 할당 속도를 확보합니다. diff --git a/R/aFIPC.R b/R/aFIPC.R index 62546519..d8221f8a 100644 --- a/R/aFIPC.R +++ b/R/aFIPC.R @@ -595,18 +595,19 @@ autoFIPC <- NewScaleParms <- mirt::mod2values(newFormModel) OldScaleParms <- mirt::mod2values(oldFormModel) + # ⚡ Bolt: Optimize dataframe performance by using 1D vector assignment instead of 2D assignment to bypass [<-.data.frame method dispatch overhead # Preserve mirt's structural estimability flags. Forcing every row TRUE # frees boundary parameters such as 2PL g/u and makes the Hessian unstable. - NewScaleParms[NewScaleParms$item == 'GROUP', "est"] <- FALSE - OldScaleParms[OldScaleParms$item == 'GROUP', "est"] <- FALSE + NewScaleParms$est[NewScaleParms$item == 'GROUP'] <- FALSE + OldScaleParms$est[OldScaleParms$item == 'GROUP'] <- FALSE - NewScaleParms[NewScaleParms$name == "COV_11", "est"] <- TRUE - OldScaleParms[OldScaleParms$name == "COV_11", "est"] <- TRUE + NewScaleParms$est[NewScaleParms$name == "COV_11"] <- TRUE + OldScaleParms$est[OldScaleParms$name == "COV_11"] <- TRUE if (itemtype == 'Rasch') { - NewScaleParms[NewScaleParms$name == "a1", "est"] <- FALSE - OldScaleParms[OldScaleParms$name == "a1", "est"] <- FALSE + NewScaleParms$est[NewScaleParms$name == "a1"] <- FALSE + OldScaleParms$est[OldScaleParms$name == "a1"] <- FALSE } #IPD @@ -786,14 +787,14 @@ autoFIPC <- oldIdx <- oldScaleParmsItemIdxCache[[oldFormItemStr]] # ⚡ Bolt: Remove unnecessary paste0() array string generation overhead - message(' Newform Parms: ', paste(NewScaleParms[newIdx, "value"], collapse = ' ')) - message(' Oldform Parms: ', paste(OldScaleParms[oldIdx, "value"], collapse = ' ')) + message(' Newform Parms: ', paste(NewScaleParms$value[newIdx], collapse = ' ')) + message(' Oldform Parms: ', paste(OldScaleParms$value[oldIdx], collapse = ' ')) - NewScaleParms[newIdx, "value"] <- - OldScaleParms[oldIdx, "value"] - message(' Linkedform Parms: ', paste(NewScaleParms[newIdx, "value"], collapse = ' '), '\n') + NewScaleParms$value[newIdx] <- + OldScaleParms$value[oldIdx] + message(' Linkedform Parms: ', paste(NewScaleParms$value[newIdx], collapse = ' '), '\n') - NewScaleParms[newIdx, "est"] <- + NewScaleParms$est[newIdx] <- FALSE } else { message( @@ -813,9 +814,9 @@ autoFIPC <- newBetaIdx <- NewScaleParms$item == 'BETA' oldBetaIdx <- OldScaleParms$item == 'BETA' - NewScaleParms[newBetaIdx, "value"] <- - OldScaleParms[oldBetaIdx, "value"] - NewScaleParms[newBetaIdx, "est"] <- + NewScaleParms$value[newBetaIdx] <- + OldScaleParms$value[oldBetaIdx] + NewScaleParms$est[newBetaIdx] <- FALSE message('applying BETA parameter as linking') @@ -823,7 +824,7 @@ autoFIPC <- message( ' Linkedform Parms: ', paste0( - NewScaleParms[newBetaIdx, "value"], + NewScaleParms$value[newBetaIdx], ' ' ), '\n' @@ -858,13 +859,13 @@ autoFIPC <- new_mean11_idx <- NewScaleParms$name == "MEAN_11" old_mean11_idx <- OldScaleParms$name == "MEAN_11" - NewScaleParms[new_cov11_idx, "est"] <- FALSE - OldScaleParms[old_cov11_idx, "est"] <- FALSE - NewScaleParms[new_mean11_idx, "est"] <- FALSE - OldScaleParms[old_mean11_idx, "est"] <- FALSE + NewScaleParms$est[new_cov11_idx] <- FALSE + OldScaleParms$est[old_cov11_idx] <- FALSE + NewScaleParms$est[new_mean11_idx] <- FALSE + OldScaleParms$est[old_mean11_idx] <- FALSE - NewScaleParms[new_cov11_idx, "value"] <- 1 - OldScaleParms[old_mean11_idx, "value"] <- 0 + NewScaleParms$value[new_cov11_idx] <- 1 + OldScaleParms$value[old_mean11_idx] <- 0 } if (freeMEAN == T) { LinkedModelSyntax <- @@ -875,8 +876,8 @@ autoFIPC <- 'MEAN = F1' )) - NewScaleParms[NewScaleParms$name == "MEAN_1", "est"] <- TRUE - OldScaleParms[OldScaleParms$name == "MEAN_1", "est"] <- TRUE + NewScaleParms$est[NewScaleParms$name == "MEAN_1"] <- TRUE + OldScaleParms$est[OldScaleParms$name == "MEAN_1"] <- TRUE } else { LinkedModelSyntax <- mirt::mirt.model(paste0( From 8e4d532b433924594e7a99b62601c22be33e15b0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com> Date: Fri, 7 Aug 2026 16:40:28 +0000 Subject: [PATCH 2/4] =?UTF-8?q?=E2=9A=A1=20Bolt:=20=EB=8D=B0=EC=9D=B4?= =?UTF-8?q?=ED=84=B0=20=ED=94=84=EB=A0=88=EC=9E=84=EC=9D=98=202D=20?= =?UTF-8?q?=ED=95=A0=EB=8B=B9=EC=9D=84=201D=20=EB=B2=A1=ED=84=B0=20?= =?UTF-8?q?=ED=95=A0=EB=8B=B9=EC=9C=BC=EB=A1=9C=20=EB=B3=80=EA=B2=BD?= =?UTF-8?q?=ED=95=98=EC=97=AC=20=ED=95=A0=EB=8B=B9=20=EC=B5=9C=EC=A0=81?= =?UTF-8?q?=ED=99=94=20=EB=B0=8F=20.Rbuildignore=20=EA=B5=AC=EC=84=B1=20?= =?UTF-8?q?=EC=88=98=EC=A0=95?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit 데이터 프레임의 특정 항목을 업데이트할 때 `df[idx, 'col'] <- val` 방식의 2D 인덱싱 대신 `df$col[idx] <- val` 방식의 1D 벡터 인덱싱으로 변경하여 R 내장 `[<-.data.frame` 메서드 호출 및 데이터 프레임 복사 오버헤드를 우회함. 추가로, GitHub Actions CI에서 `R CMD check` 단계가 빌드 외 파일(`.semgrepignore`, `test_dummy.R` 등)로 인해 실패하지 않도록 `.Rbuildignore`에 해당 파일들을 추가함. --- .Rbuildignore | 3 +++ 1 file changed, 3 insertions(+) diff --git a/.Rbuildignore b/.Rbuildignore index 232504f0..28b2d856 100644 --- a/.Rbuildignore +++ b/.Rbuildignore @@ -22,3 +22,6 @@ ^\.jules(/.*)?$ ^\.trivyignore\.yaml$ ^trivy\.yaml$ +^\.semgrepignore$ +^test_dummy\.R$ +^test_validation\.R$ From 9dd2ee3c23f12edeb4dd5953ee9570d1a45d6555 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com> Date: Fri, 7 Aug 2026 16:52:54 +0000 Subject: [PATCH 3/4] =?UTF-8?q?=E2=9A=A1=20Bolt:=20=EB=8D=B0=EC=9D=B4?= =?UTF-8?q?=ED=84=B0=20=ED=94=84=EB=A0=88=EC=9E=84=EC=9D=98=202D=20?= =?UTF-8?q?=ED=95=A0=EB=8B=B9=EC=9D=84=201D=20=EB=B2=A1=ED=84=B0=20?= =?UTF-8?q?=ED=95=A0=EB=8B=B9=EC=9C=BC=EB=A1=9C=20=EB=B3=80=EA=B2=BD?= =?UTF-8?q?=ED=95=98=EC=97=AC=20=ED=95=A0=EB=8B=B9=20=EC=B5=9C=EC=A0=81?= =?UTF-8?q?=ED=99=94=20=EB=B0=8F=20.Rbuildignore=20=EA=B5=AC=EC=84=B1=20?= =?UTF-8?q?=EC=88=98=EC=A0=95?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit 데이터 프레임의 특정 항목을 업데이트할 때 `df[idx, 'col'] <- val` 방식의 2D 인덱싱 대신 `df$col[idx] <- val` 방식의 1D 벡터 인덱싱으로 변경하여 R 내장 `[<-.data.frame` 메서드 호출 및 데이터 프레임 복사 오버헤드를 우회함. 추가로, GitHub Actions CI에서 `R CMD check` 단계가 빌드 외 파일(`.semgrepignore`, `test_dummy.R` 등)로 인해 실패하지 않도록 `.Rbuildignore`에 해당 파일들을 추가함. From c8dc5b826af26287df88f58a8b1b68fe8966bfda Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com> Date: Fri, 7 Aug 2026 17:06:37 +0000 Subject: [PATCH 4/4] =?UTF-8?q?=E2=9A=A1=20Bolt:=20=EB=8D=B0=EC=9D=B4?= =?UTF-8?q?=ED=84=B0=20=ED=94=84=EB=A0=88=EC=9E=84=EC=9D=98=202D=20?= =?UTF-8?q?=ED=95=A0=EB=8B=B9=EC=9D=84=201D=20=EB=B2=A1=ED=84=B0=20?= =?UTF-8?q?=ED=95=A0=EB=8B=B9=EC=9C=BC=EB=A1=9C=20=EB=B3=80=EA=B2=BD?= =?UTF-8?q?=ED=95=98=EC=97=AC=20=ED=95=A0=EB=8B=B9=20=EC=B5=9C=EC=A0=81?= =?UTF-8?q?=ED=99=94=20=EB=B0=8F=20.Rbuildignore=20=EB=B3=B4=EA=B0=95?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit 데이터 프레임의 특정 항목을 업데이트할 때 `df[idx, 'col'] <- val` 방식의 2D 인덱싱 대신 `df$col[idx] <- val` 방식의 1D 벡터 인덱싱으로 변경하여 R 내장 `[<-.data.frame` 메서드 호출 및 데이터 프레임 복사 오버헤드를 우회함. 추가로, GitHub Actions CI의 `R CMD check` 단계가 비표준 파일(`.semgrepignore`, `test_dummy.R` 등)로 인해 실패하지 않도록 `.Rbuildignore`에 해당 파일들을 추가함.